它支持各种各样的数据类型,包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。整合基因组浏览器(IGV,Integrative Genomics Viewer)进行可视化浏览,它支持各种各式的数据类型,包括基于芯片测序、二代测序数据和基因。IGV具有以下特点:

  (1) 能在不同尺度下显示单个或多个Reads在参考基因组上的位置,包括Reads在各个染色体上的分布情况和在注释的外显子、内含子、剪接接合区、基因间区的分布情况等;

  (2) 能在不同尺度下显示不同区域的Reads丰度,以反映不同区域的转录水平;

  (3) 能显示基因及其剪接异构体的注释信息;

  (4) 能显示其他注释信息;

  (5) 既可以从远程服务器端下载各种注释信息,又可以从本地加载注释信息。

  安装可参考:http://www.wtoutiao.com/p/x2dFKv.html

IGV软件的更多相关文章

  1. 可视化工具之 IGV 使用方法

    整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释. IGV这个工具很牛,发了NB: ...

  2. IGV解读

    复制于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/5603481.html 整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据 ...

  3. RNA-seq 数据文件处理

    http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文 ...

  4. mac osx App store 安装软件 发生错误

    app store 安装软件时发生错误 解决办法: 1. 进入如下目录: sh-3.2# cd Library/Application\ Support/App\ Store/ sh-3.2# pwd ...

  5. PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx

    生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对. PSI-BLAST最灵敏的BLAST,选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白. PHI-BLAST找氨基 ...

  6. DBImport V3.7版本发布及软件稳定性(自动退出问题)解决过程分享

    DBImport V3.7介绍: 1:先上图,再介绍亮点功能: 主要的升级功能为: 1:增加(Truncate Table)清表再插入功能: 清掉再插,可以保证两个库的数据一致,自己很喜欢这个功能. ...

  7. nw.js桌面软件开发系列 第0.1节 HTML5和桌面软件开发的碰撞

    第0.1节 HTML5和桌面软件开发的碰撞 当我们谈论桌面软件开发技术的时候,你会想到什么?如果不对技术本身进行更为深入的探讨,在我的世界里,有这么多技术概念可以被罗列出来(请原谅我本质上是一个Win ...

  8. 标准产品+定制开发:专注打造企业OA、智慧政务云平台——山东森普软件,交付率最高的技术型软件公司

    一.公司简介山东森普信息技术有限公司(以下简称森普软件)是一家专门致力于移动互联网产品.企业管理软件定制开发的技术型企业.公司总部设在全国五大软件园之一的济南齐鲁软件园.森普SimPro是由Simpl ...

  9. JAVA程序员常用软件整理下载

    ********为了大家学习方便,特意整理软件下载如下:*************Java类软件:-------------------------------JDK7.0:http://pan.ba ...

随机推荐

  1. appium+java+junit demo运行

    对java熟悉一些,所以想用java把appium给做起来.今天用myeclipse给环境和Demo弄了一下,网上没有一篇全套资料的. 各块环境的搭建: 1.安装appium客户端,省略下载和安装步骤 ...

  2. POJ3659 [usaco2008jan_gold]电话网络

    校内OJ上的题,刚开始做的时候以为是道SB题10分钟就能搞完.. 然后准备敲了才发现自己是个SB.. 刚开始以为是个很裸的TreeDP,然后就只设了两个状态,但是怎么想怎么不对.复杂度好像要爆炸.改成 ...

  3. shell 中 &&和||的方法

    Shell && 和 || shell 在执行某个命令的时候,会返回一个返回值,该返回值保存在 shell 变量 $? 中.当 $? == 0 时,表示执行成功:当 $? == 1 时 ...

  4. redshift编译遇到的错误(ubuntu14.04)

    1. ./bootstrap: 6: ./bootstrap: autopoint: not found 解决方法: $ sudo apt-get install autopoint 2. autor ...

  5. HTML中<meta>标签如何正确使用

    HTML中<meta>标签如何正确使用 如果我们在浏览器中按下F12或者Ctrl+shift+J,便可以打开开发者工具,在element中即可看到<head>元素中有不少< ...

  6. 生成N个二进制位的组合

    #include "stdafx.h" #include "stdlib.h" #include "stdio.h" #include &l ...

  7. maven学习讲解

    参考链接:http://www.cnblogs.com/bigtall/archive/2011/03/23/1993253.html 1.前言 Maven,发音是[`meivin],"专家 ...

  8. orancle的安装和配置

    1.安装 Oracle 版本:Oracle Database 10g Release 2 (10.2.0.1) 下载地址: http://www.oracle.com/technology/softw ...

  9. .net4.0及Silverlight_Tools for vs2008sp1安装失败解决办法

    安装.net framework 4.0失败,出现HRESULT 0xc8000222错误代码 1.开始-运行-输入cmd,运行命令     net stop WuAuServ 2.开始-运行-输入  ...

  10. JavaWeb学习笔记——JSP标准标签库JSTL