R(三): R包原理及安装
包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用。越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装。包的生命周期一般会经历 source、bundled、binary、installed和in-memory五个阶段。参考资料 (http://r-pkgs.had.co.nz/intro.html)
目录:
- R包基本内容
- R的不同形式
- R包相关命令
R包基本内容:
包中包含的内容按重要程序递减顺序包含以下几个部分,(红色表示一个包中必须包含的元素)
- R代码(R/):位于R/文件夹,放置R代码文件,只有这一个目录的文件夹也是有用的包
- 包的元信息(DESCRIPTION):包描述文件,文件中一般还包含该包的功能说明、使用权限等
- 文档(man/):介绍如何使用该包
- Vignettes(Vignettes/):描述包中每个函数细节的文档,展示了包中各部分配合使用解决具体问题
- 测试集(tests/):确保包按设计工作,testthat包可将已完成的交互式测试转换为正式的自动化测试
- 命名空间(Namespace):定义该包的哪些函数可供其它包使用,以及需要哪些包的其它函数
- 外部数据(data/):data/目录为包提供数据,可以供R用户方便的使用,或者为文档提供令人信服的例子
- 其它部分:demo/、exec/、po/和tools/等
不同形式的R包: (参考 http://r-pkgs.had.co.nz/package.html)
- source包 : 开发时的源代码包,包含R/、DESCRIPTION等
- bundled包:将source包reduced成一个单个文件(.tar), 使用gzip(.gz)压缩成一个.tar.gz文件的包(在linux常看到的包名后缀),它和source包的区别在于:
- Vignettes被编译成了HTML和PDF文件
- 没有了source包中的临时文件 (source包中.Rbuildignore文件中标明的文件被排除在bundled包外)
- binary包:binary包可供没有编译环境的R用户使用,它也是单个文件,但是解压开和source包差别很大 (注意:binary包和平台相关,Mac的包.tgz和Windows的.zip不能通用)
- R/文件夹中并没有R文件,而是3个解析后可供高效调用的文件,这是加载R代码用save()函数保存的结果
- Meta/文件夹包含一些rd文件,这些是包相关的元数据缓存,可以用readRDS()查看文件内容,这些文件加速了包的加载
- html/文件夹包含了HTML帮助需要的文件
- src/目录变成libs/目录,包含了将源代码编译成的库
- inst/的内容被移到了顶层目录
- installed包:installed包是将binary包解压(安装)到特定的库目录,如下图展示了包的不同安装方法
- memory包:使用包之前,必须先加载到内存, 可使用library() 和 require() , 其中调用 library()函数时,如果包不存在,程序会中止并报错。调用requrie() 函数,当包不存在时,调给出警告,程序继续向后执行。
- 当包加载到内存后,使用包时不需要用包名,比如:用install() 而不用 devtools::install(),如图
- 小结:
- 从网上下载的R的包(package)通常有两种:binary package 和 Source package
- binary package:这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同
- Source package: 此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)
- 不同平台对应的不同的后缀名,分别为:
- linux环境编译运行:tar.gz文件
- windows 环境编译运行 :.zip文件
- MacOSg环境编译运行:.tgz文件
包相关命令:
- install.packages(): 连网时,在线安装发布在CRAN上的包。 如:install.packages("ape")
- install.packages(your.zip.files, repos=NULL): 安装下载到本地的R包
- .libPaths(): 查看包的安装目录
- installed.packages():查看已安装包信息
- .packages(all.available = TRUE):查看已安装包信息
- library(mypackage):载入mypackage包
- getOption("defaultPackages"):查看启动R时自动载入的包
- search():查看当前载入的包
- sessionInfo():查看R中载入的包
- Sys.getenv("R_HOME"):查询R HOME安装地址
- Sys.getenv("HOME"):查询用户HOME地址
- remove.packages("mypackage"):卸载package
- detach("package:demo"): 删除当前session内存中已加载的包
- update.packages( ):更新包
github程序包安装:
- 依赖 devtools 工具, 安装命令: install.packages("devtools")
- devtools包的install_github()函数用于从Github下载并在本地安装R包,安装示例代码如下:
library(devtools)
install_github('badbye/baidumap') 示例中发现:install.packages()和install_github()函数所需的参数是不同的。install.packages()只需包名即可,而install_github()需要提供Github的仓库名。这意味着当你想从Github上安装一个R包的时候你必须准确的记得它的仓库名称, 麻烦的是,我们往往很难记住Github的用户名
- githubinstall包提供了一种类似于install.packages()的方式,只需包名即可从github上安装R包,已发布至CRAN,安装命令如下:
install.packages("githubinstall")
当再安装github上的包时,示例代码如下:
library(githubinstall)
githubinstall("baidumap")
R(三): R包原理及安装的更多相关文章
- R+NLP︱text2vec包——四类文本挖掘相似性指标 RWMD、cosine、Jaccard 、Euclidean (三,相似距离)
要学的东西太多,无笔记不能学~~ 欢迎关注公众号,一起分享学习笔记,记录每一颗"贝壳"~ --------------------------- 在之前的开篇提到了text2vec ...
- Ubuntu安装R及R包
安装R $sudo apt-get update $sudo apt-get install r-base $sudo apt-get install r-base-dev 安装一些可能的依赖包 $s ...
- 安装R语言的包的方法
安装R语言的包的方法: 1. 在线安装 在R的控制台,输入类似install.packages("TSA") # 安装 TSA install.packages("TS ...
- R 之 rJava 包安装错误的解决方案
前几天在Ubuntu上安装R中的xlsx包时一直卡在了rJava包的安装上,最终各种google都没能解决问题.直到最后,我回到了安装rJava时的错误记录....我用血的教训证明,错误日志是很重要很 ...
- conda清华源 pip 清华源ubuntu 清华镜像 R代理以及包的安装
vim ~/.condarc channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https:// ...
- 安装R的h5包
系统 redhat7 安装H5的包, 依赖系统hdf5包,如下安装完, 发现版本不一致, sudo yum install hdf5-devel 解决办法: 移花接木 sudo ln -s /opt/ ...
- Linux环境下R和R包安装及其管理
前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux ...
- 轻松创建R语言函数包
讲真,用R这么几年,始终未尝试过写自己的包,看来这就是我与真正程序员的差距了——编程习惯等于没有. 昨天一个偶然的机会想开始写自己的工具包,发现了前期教程的有一些过时.于是,写一个**windows* ...
- R语言-Knitr包的详细使用说明
R语言-Knitr包的详细使用说明 by 扬眉剑 来自数盟[总舵] 群:321311420 1.相关资料 1:自动化报告-谢益辉 https://github.com/yihui/r-ninja/bl ...
随机推荐
- centOS7 修改hostname
hostnamectl set-hostname 你要修改到的hostname localectl set-locale LANG=要修改的语言 介绍个Centos 7很不错的教程网站:h ...
- 图像金字塔及其在 OpenCV 中的应用范例(上)
前言 图像金字塔是计算机图形学中非常重要的一个概念. 本文将详细介绍这个概念,以及它的实现与应用. 图像金字塔的定义 图像金字塔是一组图像的集合,集合中的所有图像都是通过对某一图像连续降采样得到的一组 ...
- jqueryIFrame框架内元素操作
//获取框架内元素 $(document.getElementById('main').contentWindow.document.body).find("#txtRD_Num" ...
- eclipse 发布APK
在程序代码告一段落后,需要发布程序,以后还有后续版本更新,用户下载后自动提示更新. 但是平时测试都是debug的方式安装了,但是一个程序不可能是一个人在做,所以生成的密钥都是不一样的, 这就造成用户需 ...
- 111. Minimum Depth of Binary Tree
Given a binary tree, find its minimum depth. The minimum depth is the number of nodes along the shor ...
- c#部分---网吧充值系统;简易的闹钟;出租车计费;简单计算器;对战游戏;等额本金法计算贷款还款利息等;随机生成10个不重复的50以内的整数;推箱子;
网吧充值系统namespace ConsoleApplication1 { class Program { struct huiyuan { public string name; public st ...
- 2016 Sichuan Province Programming Contest
2016 Sichuan Province Programming Contest 代码 2016 Sichuan Province Programming Contest A. Nearest Ne ...
- linux环境进程的停止
使用 #ps auxf|grep 你想要获取的进程,如下,我想要获得的是nginx的进程号 图中黄色的便是进程号, 在此我们想kill掉主进程就要把后面有master字样的进程号kill掉 命令如下 ...
- UVALive4287 hdu2767 hdu3836 强连通
题意:有多个命题,需要证明他们可以互相推出,现在已经有一些证明关系即 A 可以证明 B,问至少还需要多少证明关系. 首先,如果某几个命题证明关系可以成环,那么这些命题必然可以相互证明,只要沿着环的边走 ...
- 计算机算法-C语言-统计字母数字个数解
Question:输入一串以“?”结尾的字符,分别统计其中字母数字的个数,输出字母及数字的个数. Solve: #include<stdio.h> #include<stdlib.h ...