前言

一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。

DAVID

DAVID地址

以前我会首选DAVID,原因是方便简单。有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去。至于运行速度我反而觉得比其他工具更快。

使用方法:





注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看GO和KEGG。



校正下超几何检验的Pvalue值,查看结果,结果都有链接,很方便查看。



但是DAVID没有可视化结果,临时看一看还行。

Metascape

Meatascape地址

Metascape是Cytoscape的一个插件,其数据更新快,覆盖面广泛。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据库,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。

默认分析Express Analysis

针对小白,直接生成一个简单明了的报告,图文并茂,结果包括富集总括、基因列表、基因注释、富集分析、蛋白互作富集等。并且可以下载excel表,ppt和zip压缩文件。

网络图还可保存为CYS格式,后续放到cytoscape中进行编辑。

定制分析CustomAnalysis

Annotation可以根据自己的需要,选择感兴趣的,想在结果中体现的基因注释查看与基因注释 相关的文章")项目来进行勾选。勾选完成之后,点击左上角的Apply按钮运行。

Membership支持用户自行选择通路富集、生物过程富集、功能相关和产物分析等每一个注释步骤所用到的数据集,并可以在搜索框中输入感兴趣的字段,比如GO中的某一个或某几个term,或者一些功能性的描述,以便进行更有针对性地分析。

输入完成感兴趣的字段之后,点击左侧的Search按钮进行查找,之后点击左上方Apply生成这一步骤的结果。

Enrichment支持用户选择通路和功能富集过程中的各项指标,以及蛋白质互作网络形成过程中的各项指标。用户可以根据自己的需求,来设定显著性阈值,网络中包含元素的最大或最小值,以及分析步骤中想用到的数据集等参数。

生成报告

报告形式同上。

Enrichr

Enrichr地址

除了支持gene list,还支持bed文件,但支持的gene ID种类比较少。

Enrichr结果将多个数据库进行比较。除了常用的富集分析,还可展示表观修饰、转录因子结合以及疾病和不同细胞类型中的表达。

但是它展示结果比较单一,各个数据库结果差异也较大,个人不是很喜欢。

ClueGO

ClueGO也是Cytoscape的插件,在cytoscape中本地化安装使用,除了做功能富集外,主要是具有强大的绘图功能,目前被很多文章引用。

以上工具中,DAVID和Metascape甚至clusterProfiler等R包的结果我都只作为参考,真正做分析的时候还是需要用最新的数据库。当然,Metascape和ClueGO可作为后期绘图补充。

富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO的更多相关文章

  1. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  2. 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  3. 利用GSEA对基因表达数据做富集分析

      image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a p ...

  4. R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

    1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirr ...

  5. GO富集分析

    GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的 ...

  6. OS Tools-GO富集分析工具的使用与解读详细教程

    我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称G ...

  7. GO富集分析示例【华为云技术分享】

    版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/detai ...

  8. webgestalt 通路富集分析

    http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html

  9. GSEA 基因集富集分析

    http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...

随机推荐

  1. TreeSet和TreeMap中“相等”元素可能并不相等

    TreeSet和TreeMap元素之间比较大小是借助Comparator对象的compare方法. 但有些时候,即便compare()返回0也不意味着这两个元素直观上相同. 比如元素是二元组[a,b] ...

  2. 如何使用远程工具连接Linux服务器

    大家好,今天我想和大家分享一下Linux如何连接远程控制工具我们都知道,Linux是著名的开源服务器操作系统,而在运维工程师的实际工作当中,我们不大可能时时刻刻都在服务器本地操作.因此这时,我们要用远 ...

  3. JVM:内存溢出OOM

    JVM:内存溢出OOM 本笔记是根据bilibili上 尚硅谷 的课程 Java大厂面试题第二季 而做的笔记 经典错误 JVM 中常见的两个 OOM 错误 StackoverflowError:栈溢出 ...

  4. [no_code团队]项目介绍 & 需求分析 & 发布预测

    项目 内容 2020春季计算机学院软件工程(罗杰 任健) 博客园班级博客 作业要求 团队项目选择 我们在这个课程的目标是 在团队合作中提升软件开发水平 这个作业在哪个具体方面帮助我们实现目标 进行项目 ...

  5. pyqgis环境配置

    配置pyqgis开发环境时,很多网上教程写的非常繁琐,这里仅仅找了一个最简单的配置方法,使用pycharm的IDE,安装QGIS软件后,在pycharm的ProjectInterpreter里面填写Q ...

  6. dfs初步模板解析

    #include<stdio.h> int a[10],book[10],n; //这里还有需要注意的地方C语言全局变量默认为0 void dfs(int step){ //此时在第ste ...

  7. TCP/IP参考模型(应用层、传输层、网际层、网络接口层)、五层参考模型(应用层、传输层、网络层、数据链路层、物理层)、OSI与TCP/IP参考模型比较

    文章转自:https://blog.csdn.net/weixin_43914604/article/details/104597450 学习课程:<2019王道考研计算机网络> 学习目的 ...

  8. MyBatis源码分析(五):MyBatis Cache分析

    一.Mybatis缓存介绍 在Mybatis中,它提供了一级缓存和二级缓存,默认的情况下只开启一级缓存,所以默认情况下是开启了缓存的,除非明确指定不开缓存功能.使用缓存的目的就是把数据保存在内存中,是 ...

  9. MyBatis源码分析(三):MyBatis初始化(配置文件读取和解析)

    一. 介绍MyBatis初始化过程 项目是简单的Mybatis应用,编写SQL Mapper,还有编写的SqlSessionFactoryUtil里面用了Mybatis的IO包里面的Resources ...

  10. MyBatis源码分析(一):从JDBC到MyBatis 介绍MyBatis的背景,为什么要用MyBatis

    一.介绍JDBC JDBC全称Java Database Connectivity,是Java语言规范客户端访问数据库的应用程序接口,所面向的数据库类型为关系型数据库. JDBC的三层架构图: JDB ...