samtools faidx

$ samtools faidx t1.fa && echo "faidx built"

$ cat t1.fa.fai
scaffold332
scaffold322
scaffold342
scaffold191
scaffold1157               

$ samtools faidx t1.fa scaffold332 > scaffold332.fa

$ cat scaffold332.fa |head -
>scaffold332
TTCTGTGAGATCTCTCTGAAAAATAATTGAGAAATCAAGATATTTCAAGCTTTCAGTAAA
AAGGTGAGGCGGAGAATGGAAAAGTGAAAAATTCAGAAGGAACTTGTTCCTAGATTACAG
AGCAGTTTTAAAAATGAGGTAGACATCGGATAAGAAAACAGACCTCAGAAATGCCTAGGA

 $ cat scaffold332.fa |tail -
 CATTTGAGAGTAATTTCTAATACATGCAAGCCTTTGAACAGATGCTACATAAGACAGTCA
 GAAGCAATTTCTTAAAAAAAATAAAACAAGCACCCCCCAAACCCCAAAGCACCCACTGAG
 ACCTCAGTACGGCACAATGCTTAAGCATCTGCTCGAGCTTAGTTTCAGTACTTGTTAGGT
CACACTGA

第一列 NAME   :   序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；

第二列 LENGTH:   序列的长度， 单位为bp；

第三列 OFFSET :   第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；gff文件中的mRNA start那一列的值

第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；

第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；