做成像的你不能不了解的真相7-两分钟测算相机增益(Gain)
前几期真相文章得到了读者积极的反馈,其中提问最多的就是这个公式:
首先,大家觉得这个公式太有用了。以前只能定性地评价图像质量,现在一下子就能直接算出信噪比,瞬间高大上了许多有木有。然而,杯具的现实是,95%的人都找不到相机的出厂报告,也就是说并不知道自己相机的 Gain 是多少。不知道 Gain, 那这个公式岂不就成了浮云啊!
别急,本期我们就来披露两分钟测算相机增益的秘笈,大家准备好打赏哈!
01公式推导
哈哈,公式是烦人的,但也是必须的。
我们知道,当相机工作在光子散粒噪声(Shot Noise)限制区时:
相机拍到的图像,亮度是以灰度值(ADU)为单位的, 我们可以用图像分析软件(如我们用过的 Image J)计算出感兴趣区 (ROI) 的平均灰度值 Mean-ADU 和标准差 SD-ADU (即以 ADU 为单位的噪声)。
以上公式①变为:
这样,我们就可以计算出:
以上计算中,图像的标准差即代表噪声的前提是,图像区域内没有任何样品结构造成的亮度变化,否则标准差还包含这个结构信息。为此,我们可以连续拍摄两张同样场景的图像,然后把两张图像相减。相减后的图像就只包含光子散粒噪声了。如果以 SD-subtract 代表差值图像的标准差,SD-image1和SD-image2代表单张图像的标准差,则以下公式成立:
因为两张图像设置完全相同,SD-image1 = SD-image2,所以:
那么,以上公式最后变为:
这样算出的 Gain 单位为 e–/ADU。
02拍摄图像
太好了,公式终于结束了。现在就来拍摄图像,通过公式⑤,我们知道只需要拍摄3张图像,就可以计算出 Gain 了。
好的,两分钟计时开始哦~
01
拍摄一张短曝光时间的黑图像 (bias 图像) 以计算offset:我们知道,对同一台相机,偏置(offset)是一个常数。方法很简单,在相机完全无信号的情况下,(如显微镜设为全部光都到目镜,或者盖上镜头盖),将曝光时间设为0, 拍摄一帧图像。
02
拍摄两张平均亮度大概在相机动态范围中间区域的图像。如果您的相机是12bit的,有4096 灰度级,那么图像的平均亮度最好在 2000 左右。这个可以通过调整曝光时间,或照明光强度来实现。当然,其实要求并不那么严格,基本要求是图像上不能有接近饱和(>4000 ADU, 此时相机失去了线性度),或太暗( <200ADU, 此时相机没有工作在光子信号限制区, 我们计算的条件不满足)的区域。如果您的相机是 14bit 的,那么灰度级是16384, 上面的值需要按比例进行调整。
03计 算
1. 首先在 Image J 中打开 bias 图像,用 Analyze>measure, 得到图像的 mean 值即为 Offset。
2. 接下来,打开另外两张图片,选择 Analyze > Measure 得到两张图片的平均灰度值;然后再用 Analyze > Summarize 就可以得到平均值 Mean-Image1, Image2
3. 计算差异图像的标准差:选择 Analyze > Image Calculator,将两张图片进行 subtract,并勾选 32-bit (float) result,得到两张图片的差值图像。
选择 Analyze > Measure 即可看到差值图像的标准差 SD-substarct:
4. 然后代入前面的公式⑤,我们就可以算出系统增益啦!(表忘了减去偏置值哦~)
以上就是两分钟快速计算相机增益的方法啦!希望对大家有所帮助。另外我们总结了一些关于 Gain 的事实。
计时结束,完美!第一次可能慢一些,第二次做应该两分钟都不用吧!
CCD/CMOS 相机的 Gain 是出厂设置好的,不会改变;
EMCCD 的 EM Gain 会随着使用老化衰减,正常使用 7~10 年左右;我们推荐每隔一段时间校准一次;
根据厂家不同,Gain 有多种表示方式:有些相机只有一个 Gain ,有些有三个 Gain ,有些连续可调(如 0.5x-20x), 或 ISO100 – ISO1200 等等。以上测试,只对应当时设定的那个 Gain 有效;如果实际使用时,因为样品或成像方式变化,需要改变 Gain 的设置,对每个 Gain 都需要测量。建议在保存图像时,在文件名上反映出 Gain 的设置;
同一台相机,Gain 的倍数越大,相机的满阱容量越小(更早饱和);
同一台相机,在软件中调节 Gain 的设置,图像亮度会变化,但实际探测到的电子数不变,因此信噪比变化不大;
Binning 不影响 Gain;
行行好,把测算出的 Gain 值记在小纸片上贴起来供大家使用吧!
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