Cufflinks
Transcriptome assembly and differential expression analysis for RNA-Seq.
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one, taking into account biases in library preparation protocols.
Cufflinks was originally developed as part of a collaborative effort between the Laboratory for Mathematical and Computational Biology, led by Lior Pachter at UC Berkeley, Steven Salzberg’s computational genomics group at the Institute of Genetic Medicine at Johns Hopkins University, and Barbara Wold’s lab at Caltech. The project is now maintained by Cole Trapnell’s lab at the University of Washington.
Cufflinks is provided under the OSI-approved Boost License
Cufflinks的更多相关文章
- tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用
Cole Trapnell said: there are three strategies: 1) merge bams and assemble in a single run of Cuffli ...
- 如何用cufflinks 拼出一个理想的注释文件
后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary. Source code Linux x86_64 binary http://cu ...
- 使用Tophat+cufflinks分析差异表达
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...
- 转录组的组装Stingtie和Cufflinks
转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先这两款软件都是用 ...
- 用tophat和cufflinks分析RNAseq数据[转载]
转自:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 //今天看到一篇非常好 ...
- 生信-cufflinks输入输出文件分析
转自:https://wenku.baidu.com/view/8d6a95d20d22590102020740be1e650e52eacf2a.html 输出包含3个文件:转录组的组装.gtf ...
- 炫酷的可视化工具包——cufflinks
前言 学过Python数据分析的朋友都知道,在可视化的工具中,有很多优秀的三方库,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等.这些可视化库都有自己的特点 ...
- SAGE|DNA微阵列|RNA-seq|lncRNA|scripture|tophat|cufflinks|NONCODE|MA|LOWESS|qualitile归一化|permutation test|SAM|FDR|The Bonferroni|Tukey's|BH|FWER|Holm's step-down|q-value|
生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则,研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面,其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法,方方面面是指lncRNA的位置特征. Bac ...
- 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|
生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类 ...
随机推荐
- 【2016-11-1】【坚持学习】【Day16】【MongoDB】【复制集 分片】
Mongodb 两种集群方式 复制集 通常是一主一从,一主多从 mongodb的复制至少需要两个节点.其中一个是主节点,负责处理客户端请求,其余的都是从节点,负责复制主节点上的数据. mongodb各 ...
- UVA 11404 Palindromic Subsequence[DP LCS 打印]
UVA - 11404 Palindromic Subsequence 题意:一个字符串,删去0个或多个字符,输出字典序最小且最长的回文字符串 不要求路径区间DP都可以做 然而要字典序最小 倒过来求L ...
- 洛谷P2964 [USACO09NOV]硬币的游戏A Coin Game
题目描述 Farmer John's cows like to play coin games so FJ has invented with a new two-player coin game c ...
- 嵌入式Linux驱动学习之路(二十一)字符设备驱动程序总结和块设备驱动程序的引入
字符设备驱动程序 应用程序是调用C库中的open read write等函数.而为了操作硬件,所以引入了驱动模块. 构建一个简单的驱动,有一下步骤. 1. 创建file_operations 2. 申 ...
- 【C#】【Thread】Barrier任务并行
Barrier 是一个对象,它可以在并行操作中的所有任务都达到相应的关卡之前,阻止各个任务继续执行. 如果并行操作是分阶段执行的,并且每一阶段要求各任务之间进行同步,则可以使用该对象. --MSDN ...
- 通过xshell远程连接ubuntu
ubuntu开启sshd服务SSH分客户端openssh-client和openssh-server如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client(ubuntu有默认安装,如果 ...
- MVP之V和P的交互
三者之间的关系 在MVP初探里简单的描述了V和P之间是如何交互的. 无论是PV还是SC,M\V\P这三者之间的关系并没有发生改变,V只是前端的客户代理承现展显数据,P是如何处理客户交互行为的决策者. ...
- C/C++实践笔记 008
逗号运算符优先级最低逗号运算符的值是最后一个的值int a=(1,2);执行结果为2逗号运算符每一条语句都要执行,执行方向从左向右 三目运算符表达式1?表达式2:表达式3 C语言里只有0和非0的区别 ...
- ASP.NET SessionState 解惑
踩坑 近日在对一个ASP.NET WEBFORM项目进行调优过程中,偶然发现页面POSTBACK事件是串行处理的,甚至不同页面的请求都是串行处理的(一个页面加载完毕后,才开始加载第二个页面).但是网站 ...
- 订餐系统之微信支付,踩了官方demo的坑
最近一个项目要增加微信支付的功能,想来这个东西出来这么久了,按微信提供的应该可以很快搞定的,结果提供的demo( JS API网页支付)中各种坑,咨询他们的客服,态度倒是非常好,就是解决不了问 ...