转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html
https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344
软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz

1、该软件是二进制的，解压后可以直接用，加压后可看到2bwt-builder，soap两个可以执行的文件
1.1 用2bwt-builder对fa文件建立索引

使用方法：2bwt-builder

1.2. 将reads与序列进行比对

SE:/Soap/soap2.21release/soap –a -D -o
PE:/Soap/soap2.21release/soap –a -b -D -o -2 -m -x

1.3 *.pe *se的比对文件格式类似; *ue是未比对上的read,以fa的格式保存。

从左到右
1. 编号: read 的编号
2. read的序列.如果read比对上参考序列的负链，会被反向互补为正链
3. 质量值:序列的质量值，和序列顺序一致，如果read反向互补，质量值也会随着改变
4. 比对上的次数: 最优比对的次数。没有比对上的read将被忽略
5. a/b:pair-end比对的标记, 表示read属于来自哪个文件
6. 长度: read长度,如果是容缺失的比对，长度将是加上缺失片断的长度
7. +/-: 比对上参考序列的正链或负链
8. 染色体名称:参考序列的染色体名称
9. 位点:第一个碱基在染色体上的位置，从1开始
10. 错配的个数
11. 错配的详细信息
12. 比对上的数目
13. 对比的细节

19、SOAP安装，运用与比对结果解释的更多相关文章

  1. MySQL5.7.19 免安装配置 + Navicat for MySQL安装和破解（附全部资源）

    近段时间因为工作原因安装了好多次本地MySQL,安装过程也是时有曲折,索性记录一下. 环境: Win10 家庭版 MySQL5.7.19   (链接:https://pan.baidu.com/s/1 ...

  2. VMware Ubuntu 19最新安装详细过程

    ubuntu可以说是目前最流行的Linux改造版了(如果安卓不算的话),现在的很多服务器都是linux系统的,而自己属于那种前端也搞,后台也搞,对框架搭建也感兴趣,但是很多生产上的框架和工具都是安装在 ...

  3. 在 Linux Mint 19 上安装 zsh 和设置小键盘一步到位

    在 Linux Mint 19 上安装 zsh 和设置小键盘 安装 zsh 并设置 zsh 为默认 shell 安装 sudo apt install zsh 设置 zsh 为默认 shell,注意没 ...

  4. Linux Mint 19.1 安装 Docker 过程笔记

    Linux Mint 19.1 安装 Docker 过程笔记 参考了很多教程,可能有很多教程已经过时. 综合记录一下. 首先修改一下系统的源,使用国内的源. 然后安装 docker sudo apt ...

  5. Centos7 php 5.6.19编译安装

    0x01  前言 在php官网下载php-5.6.19.tar.gz源代码(php7虽然说性能提升很大,但是小菜菜还是先用着这个先吧),解压后根目录有个INSTALL文件,里面有安装教程了,目录如下: ...

  6. MySQL 5.6.19编译安装

    1.创建mysql安装目录.mysql用户 [root@serv19 ~]# mkdir -p /u01/mysql/data [root@serv19 ~]# groupadd mysql [roo ...

  7. MySQL 5.6.19 二进制安装

    1.        操作系统 CentOS release 6.2 (Final) 2.        创建用户和组 [root@mymaster1 ~]# groupadd mysql [root@ ...

  8. CentOS6.5内 MySQL5.7.19编译安装

    作为博主这样的Linux菜鸟,CentOS下最喜欢的就是yum安装.但有时候因为特殊情况(例如被墙等),某些软件可能没办法直接通过yum来安装,这时候我们可以使用编译安装或者直接二进制文件安装. 本博 ...

  9. Ubuntu 19.10 安装 jupyter

    安装pip3 ubuntu 19.10 已经没有python了,取代的是python3. 执行sudo apt install python3-pip安装pip3 安装jupyter 执行sudo p ...

随机推荐

  1. Struts2 级联下拉框 详解析

    目录(?)[+] 运行环境:myeclipse8.6+jboss5.1+jvm1.6 先看最后目录结构: 直接上源码: complexFormTag.jsp: <%@ page language ...

  2. __init__.py文件的作用

    原来在python模块的每一个包中,都有一个__init__.py文件(这个文件定义了包的属性和方法)然后是一些模块文件和子目录,假如子目录中也有 __init__.py 那么它就是这个包的子包了.当 ...

  3. Angular2使用boostrap和ng-bootstrap总结

    Angular2使用bootstrap有几种方式,本文主要介绍两种方式进行Boostrap样式的使用: 一.直接通过静态文件的方式进行引入: 通过命令新建一个Bootstrap的工程 ng new B ...

  4. ajax同步异步

    test.html <a href="javascript:void(0)" onmouseover="testAsync()"> asy.js f ...

  5. python中的configparse学习笔记

    configparse主要用于在python中进行配置文件的读取. 基本的读取配置文件: -read(filename) 直接读取ini文件内容 -sections() 得到所有的section,并以 ...

  6. nginx学习资源

    在了解nginx的时候 看到的一些资源: https://www.cnblogs.com/EdwinChan/p/8350984.html http://tengine.taobao.org/book ...

  7. git的操作

    学习源头: https://www.cnblogs.com/yaoxc/p/3946280.html https://www.cnblogs.com/jeremylee/p/5715289.html ...

  8. FPGA层次结构和复位策略

    FPGA设计中,层次结构设计和复位策略影响着FPGA的时序.在高速设计时,合理的层次结构设计与正确的复位策略可以优化时序,提高运行频率. 设计中,合理的层次结构是我们所追求的. 划分时,按照逻辑分区将 ...

  9. 【转】Jmeter 代理服务器录制脚本

    因为Badboy只支持IE浏览器,现在又不得不到到fireFox上录制脚本才能完成,再次重温下Jmeter自带的Http代理服务器,当然比起badboy,它稍稍麻烦点. 1  配置很简单 工作台--& ...

  10. 记一次oralce 11g r2 rac安装问题

    环境:虚拟机[root@rac1 ~]# lsb_release -aLSB Version:        :base-4.0-amd64:base-4.0-noarch:core-4.0-amd6 ...