转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html
https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344
软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz

1、该软件是二进制的，解压后可以直接用，加压后可看到2bwt-builder，soap两个可以执行的文件
1.1 用2bwt-builder对fa文件建立索引

使用方法：2bwt-builder

1.2. 将reads与序列进行比对

SE:/Soap/soap2.21release/soap –a -D -o
PE:/Soap/soap2.21release/soap –a -b -D -o -2 -m -x

1.3 *.pe *se的比对文件格式类似; *ue是未比对上的read,以fa的格式保存。

从左到右
1. 编号: read 的编号
2. read的序列.如果read比对上参考序列的负链，会被反向互补为正链
3. 质量值:序列的质量值，和序列顺序一致，如果read反向互补，质量值也会随着改变
4. 比对上的次数: 最优比对的次数。没有比对上的read将被忽略
5. a/b:pair-end比对的标记, 表示read属于来自哪个文件
6. 长度: read长度,如果是容缺失的比对，长度将是加上缺失片断的长度
7. +/-: 比对上参考序列的正链或负链
8. 染色体名称:参考序列的染色体名称
9. 位点:第一个碱基在染色体上的位置，从1开始
10. 错配的个数
11. 错配的详细信息
12. 比对上的数目
13. 对比的细节

19、SOAP安装，运用与比对结果解释的更多相关文章

  1. MySQL5.7.19 免安装配置 + Navicat for MySQL安装和破解（附全部资源）

    近段时间因为工作原因安装了好多次本地MySQL,安装过程也是时有曲折,索性记录一下. 环境: Win10 家庭版 MySQL5.7.19   (链接:https://pan.baidu.com/s/1 ...

  2. VMware Ubuntu 19最新安装详细过程

    ubuntu可以说是目前最流行的Linux改造版了(如果安卓不算的话),现在的很多服务器都是linux系统的,而自己属于那种前端也搞,后台也搞,对框架搭建也感兴趣,但是很多生产上的框架和工具都是安装在 ...

  3. 在 Linux Mint 19 上安装 zsh 和设置小键盘一步到位

    在 Linux Mint 19 上安装 zsh 和设置小键盘 安装 zsh 并设置 zsh 为默认 shell 安装 sudo apt install zsh 设置 zsh 为默认 shell,注意没 ...

  4. Linux Mint 19.1 安装 Docker 过程笔记

    Linux Mint 19.1 安装 Docker 过程笔记 参考了很多教程,可能有很多教程已经过时. 综合记录一下. 首先修改一下系统的源,使用国内的源. 然后安装 docker sudo apt ...

  5. Centos7 php 5.6.19编译安装

    0x01  前言 在php官网下载php-5.6.19.tar.gz源代码(php7虽然说性能提升很大,但是小菜菜还是先用着这个先吧),解压后根目录有个INSTALL文件,里面有安装教程了,目录如下: ...

  6. MySQL 5.6.19编译安装

    1.创建mysql安装目录.mysql用户 [root@serv19 ~]# mkdir -p /u01/mysql/data [root@serv19 ~]# groupadd mysql [roo ...

  7. MySQL 5.6.19 二进制安装

    1.        操作系统 CentOS release 6.2 (Final) 2.        创建用户和组 [root@mymaster1 ~]# groupadd mysql [root@ ...

  8. CentOS6.5内 MySQL5.7.19编译安装

    作为博主这样的Linux菜鸟,CentOS下最喜欢的就是yum安装.但有时候因为特殊情况(例如被墙等),某些软件可能没办法直接通过yum来安装,这时候我们可以使用编译安装或者直接二进制文件安装. 本博 ...

  9. Ubuntu 19.10 安装 jupyter

    安装pip3 ubuntu 19.10 已经没有python了,取代的是python3. 执行sudo apt install python3-pip安装pip3 安装jupyter 执行sudo p ...

随机推荐

  1. js实现tab页面不同内容切换显示

    效果      实现的思路如下: controller层同时把两个内容都查处理 前端html用js控制显示 (1)前端的tab代码 (2)tab内容的结构 (3)关键部分 js $(".hd ...

  2. win键盘映射成mac键盘

    在win7系统下安装了mac虚拟机,mac的快捷键与win的键盘不一样,所以ctrl+c,ctrl+v都用不了,于是找方法映射. 搜索到 keyremap4macbook,,进到官网Karabiner ...

  3. call、apply、bind用法区别

    call call() 方法调用一个函数, 其具有一个指定的 this 值和分别地提供的参数(参数的列表). <p class="danger"> 注意:该方法的作用和 ...

  4. java多线程:synchronized和lock比较浅析

    转载:http://www.toutiao.com/a6392135944652587266/?tt_from=weixin&utm_campaign=client_share&app ...

  5. 十三、python沉淀之路--文件操作

    一.文件的读操作 例1 f = open('学习',encoding='utf-8') #首先要打开文件,不然直接读,是读不出来的 data = f.read() #read后的括号里不添加任何东西 ...

  6. 一个工程实例来学习 Makefile

    March 3, 2015 8:19 PM Makefile 文件的编写 学习前的准备 需要准备的工程目录结构如下: . ├── add │   ├── add_float.c │   ├── add ...

  7. Array数组（PHP学习）

    什么是数组? 答:就是一组数. 数组的创建: <?php $Arr = array('姓名'=>'张三','身高'=>'174','家乡'=>'上海'); print_r($A ...

  8. Linux Change The I/O Scheduler For A Hard Disk

    ow do I change the I/O scheduler for a particular hard disk without rebooting my Linux server system ...

  9. EasyUI 读数据库图

    EasyUI 读数据库图 function edit_dg() { //选中一行,获取这一行的主键值 var idImg = $("#tbDeviceClassBrowstab") ...

  10. PL/SQL 训练10--io及文件操作

    多数程序只需要通过SQL和底层数据库进行交互--有些情况,不可避免的还是会有一些场景,需要从PL/SQL给外部环境发送信息--或是从一些外部的源读入信息 --这节课介绍下面这些内置包 dbms_out ...