转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html
https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344
软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz

1、该软件是二进制的，解压后可以直接用，加压后可看到2bwt-builder，soap两个可以执行的文件
1.1 用2bwt-builder对fa文件建立索引

使用方法：2bwt-builder

1.2. 将reads与序列进行比对

SE:/Soap/soap2.21release/soap –a -D -o
PE:/Soap/soap2.21release/soap –a -b -D -o -2 -m -x

1.3 *.pe *se的比对文件格式类似; *ue是未比对上的read,以fa的格式保存。

从左到右
1. 编号: read 的编号
2. read的序列.如果read比对上参考序列的负链，会被反向互补为正链
3. 质量值:序列的质量值，和序列顺序一致，如果read反向互补，质量值也会随着改变
4. 比对上的次数: 最优比对的次数。没有比对上的read将被忽略
5. a/b:pair-end比对的标记, 表示read属于来自哪个文件
6. 长度: read长度,如果是容缺失的比对，长度将是加上缺失片断的长度
7. +/-: 比对上参考序列的正链或负链
8. 染色体名称:参考序列的染色体名称
9. 位点:第一个碱基在染色体上的位置，从1开始
10. 错配的个数
11. 错配的详细信息
12. 比对上的数目
13. 对比的细节

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