mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- 【Socket】linux黑客之网络嗅探底层原理
1.mystery引入 1)网络嗅探属于网络攻防类的安全软件,其基于原始套接字技术开发的 2)原始套接字是一种套接字底层技术,它工作在网络层 3)谈到网络安全,刚好本学期学过这门课程,这里myst ...
- 【转&参考】MySQL利用frm和ibd文件进行数据恢复
MySQL利用frm和idb文件进行数据恢复 源MySQL现状: 版本:5.6.* 存储引擎:innodb存储引擎 要恢复数据库:skill 重点要恢复表:slot_value 已有的文件: 备份了所 ...
- 通过python-libvirt管理KVM虚拟机 源码
版本:0.9.13 libvirt库可真是大,先看看该版本里面都有哪些类和方法,验证过的方法我会用O开头,|开头的标示还没亲自验证过. <span style="font-size:1 ...
- ios CGRectGet...位置属性的基本介绍
UILabel *label = [[UILabel alloc]initWithFrame:CGRectMake(10, 10, 110, 150)]; label.backgroundColor ...
- java基础篇---Servlet过滤器
Servlet过滤器从字面上的字意理解为景观一层次的过滤处理才达到使用的要求,而其实Servlet过滤器就是服务器与客户端请求与响应的中间层组件,在实际项目开发中Servlet过滤器主要用于对浏览器的 ...
- centosmini7安装GNOME
1.在命令行下输入下面的命令来安装 Gnome 包 #:$sudo yum groupinstall "GNOME Desktop" "Graphical Admini ...
- python 全局变量的使用
我尝试使用 类似 C 语言的方式去调用 python 的全局变量,发现不行,后经过 尝试,要使用 global 进行调用 test_num = 0; # 首先声明一个全局变量 def test_fun ...
- 接口与virtual,override,new关键字
一,类继承接口 1,首先我们定义一个简单的ITeacher接口,并定义一个Professor类继承它. public interface ITeacher { void Print(); } publ ...
- jmx学习
原文地址:https://www.cnblogs.com/dongguacai/p/5900507.html 一.JMX的定义 JMX(Java Management Extensions)是一个为应 ...
- buzhoutiao
基于SUI前端框架 前台HTML: <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" " ...