reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列

用法:

mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"

input.fasta 的内容如下:

>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC

运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列

input.rc.fasta 的内容如下:

>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT

mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章

  1. C语言 序列反向互补函数

    1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...

  2. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  3. mothur trim.seqs 去除PCR引物

    trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...

  4. [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II

    Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...

  5. HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)

    Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...

  6. EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器

    https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...

  7. Reverse complement DNA

    用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...

  8. 文件格式——Sam&bam文件

    Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...

  9. bam/sam格式说明

    在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比 ...

随机推荐

  1. Spring boot下添加filter

    https://www.cnblogs.com/OnlyCT/p/7133639.html ****************************************************** ...

  2. Lintcode: Sort Colors II 解题报告

    Sort Colors II 原题链接: http://lintcode.com/zh-cn/problem/sort-colors-ii/# Given an array of n objects ...

  3. 【TensorFlow】CNN

    tf.nn.conv2d 这个函数的功能是:给定4维的input和filter,计算出一个2维的卷积结果.函数的定义为: def conv2d(input, filter, strides, padd ...

  4. maven copy jar 插件

     插件比较特殊 eclipse下的 首先声明插件 <pluginManagement> <plugin> <groupId>org.apache.maven.plu ...

  5. python3.5 连接mysql

      I did the steps below with Python 3.5.1 and it works: Download driver from here Driver installatio ...

  6. css中span元素的width属性无效果原因及多种解决方案

    先运行下程序看下: <span style='width:300px;'>123</span> 输出:123 可以看到 span会自动根据包含的内容来变化宽度 这是因为:对于内 ...

  7. iOS高德地图使用-搜索,路径规划

    项目中想加入地图功能,使用高德地图第三方,想要实现确定一个位置,搜索路线并且显示的方法.耗了一番功夫,总算实现了. 效果 WeChat_1462507820.jpeg 一.配置工作 1.申请key 访 ...

  8. [转]python进行中文文本聚类(切词以及Kmeans聚类)

    简介 查看百度搜索中文文本聚类我失望的发现,网上竟然没有一个完整的关于Python实现的中文文本聚类(乃至搜索关键词python 中文文本聚类也是如此),网上大部分是关于文本聚类的Kmeans聚类的原 ...

  9. <聪明的投资者(第四版点评)>读书笔记

    书在这里 企业的内在价值并不依赖于其股票价格 投资者的最大问题甚至最可怕的敌人,很可能就是他们自己 投资者不能指望通过买任何新股或“热门”股,而获得优于平均水平的收益.从长远来看,这几乎无疑会产生相反 ...

  10. 键盘 Input子系统

    应用层测试代码 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <unistd.h> #include <li ...