mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
- mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
- >1
- AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
- >1
- GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- 【Java】自动类型转换规则
自动类型转换遵循下面的规则: 若参与运算的数据类型不同,则先转换成同一类型,然后进行运算. 转换按数据长度增加的方向进行,以保证精度不降低.例如int型和long型运算时,先把int量转成long型后 ...
- refiling失败报错Invalid function: org-preserve-local-variables
refiling失败报错Invalid function: org-preserve-local-variables,原因: elc,不太清楚 解决办法: 删除org??目录下的elc文件 https ...
- model number
// test.cpp : Defines the entry point for the console application. // #include "stdafx.h" ...
- Node.js学习笔记(6)--异步变同步
说明(2017-5-3 14:59:03): 1. 异步变同步: var fs = require("fs"); var documents = []; fs.readdir(&q ...
- PHPUnit 手册(转)
PHPUnit 手册 PHPUnit 手册 Sebastian Bergmann 版权 © 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, ...
- windows 7 下安装 vagrant + Oracle VM VirtualBox
一.安装下准备 1.下载Oracle VM VirtualBox https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads (VirtualBox-4.3.22-98236 ...
- CentOS防SYN攻击
netstat -anp |awk '{print $6}'|sort|uniq -c |sort -rn 172 ESTABLISHED 59 CONNECTED 589 SYN_RECV 15 S ...
- symfony手动触发修饰html
symfony会修饰一些标签,如input[type=file],input[type=checkbox],input[type=radio]等 有时html是页面生成后插入的,需要手动使symfon ...
- spring框架中的@Import注解
spring框架中的@Import注解 Spring框架中的@Import注解 在之前的文章中,作者介绍了Spring JavaConfig. 这是除了使用传统的XML文件之外,spring带来的新的 ...
- PCL几种采样方法
(1)下采样 Downsampling 一般下采样是通过构造一个三维体素栅格,然后在每个体素内用体素内的所有点的重心近似显示体素中的其他点,这样体素内所有点就用一个重心点来表示,进行下采样的来达到滤 ...