reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列

用法：

mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"

input.fasta 的内容如下：

>1

AGCAGCATCGACGACGACGACTC

运行成功后，会输出一个 input.rc.fasta 文件，该文件中就是input.fasta 的反向互补序列

input.rc.fasta 的内容如下：

>1

GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT

mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章

  1. C语言 序列反向互补函数

    1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...

  2. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  3. mothur trim.seqs 去除PCR引物

    trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...

  4. [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II

    Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...

  5. HDOJ 1266 Reverse Number（数字反向输出题）

    Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...

  6. EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器

    https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...

  7. Reverse complement DNA

    用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...

  8. 文件格式——Sam&bam文件

    Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...

  9. bam/sam格式说明

    在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比 ...

随机推荐

  1. 扩展music-list.vue让列表前三名显示🏆奖杯

    1.在music-list.vue中写DOM <li @click="seletItem(song,index)" class="song-item" v ...

  2. git file mode change

    近期在做ffmpeg版本合并时发现,TortoiseGit的Check for Modifications的修改对话框中有未修改的问题,直接导出diff,会有类似下面的输出: compat/plan9 ...

  3. Ant编译android程序

    http://blog.csdn.net/xyz_lmn/article/details/7268582 这一篇主要做了创建android项目.update已存在项目.ant编译项目. 一,准备ant ...

  4. jsdoc注释规范工具（使用 JSDoc 3 自动生成 JavaScript API 文档）

    安装和使用规范见:http://moodpo.com/archives/jsdoc3-tutorial.html 实例: /** * 模块调用方法 * * * @param {string} modu ...

  5. WPF学习笔记（2）——动画效果按钮变长

    说明(2017-6-12 11:26:48): 1. 视频教程里是把一个按钮点击一下,慢慢变长: 注意几个方面: (1)RoutedEvent="Button.Click",这里面 ...

  6. 4. 文本相似度计算-CNN-DSSM算法

    1. 文本相似度计算-文本向量化 2. 文本相似度计算-距离的度量 3. 文本相似度计算-DSSM算法 4. 文本相似度计算-CNN-DSSM算法 1. 前言 之前介绍了DSSM算法,它主要是用了DN ...

  7. Eigen教程(3)

    整理下Eigen库的教程,参考:http://eigen.tuxfamily.org/dox/index.html 矩阵和向量的运算 提供一些概述和细节:关于矩阵.向量以及标量的运算. 介绍 Eige ...

  8. python 数据工程 and 开发工具Sublime

    数据工程采集.存储.清洗.分析.可视化 编程语言C++和Javapython大法Rweb:php.html.css.javascript 结合采集:python存储:python+数据库/.csv/t ...

  9. python 6种数据类型几及用法

    #!/usr/bin/python3 #python的基本语法和数据类型 #python3中 一行有多个语句,用分号分割(;) print("aaa") ;print(" ...

  10. [转]在MySQL中创建实现自增的序列（Sequence）的教程

    原文地址:https://www.jb51.net/article/76124.htm 项目应用中,曾有以下一个场景: 接口中要求发送一个int类型的流水号,由于多线程模式,如果用时间戳,可能会有重复 ...