mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- Up and running with Apache Spark on Apache Kudu
After the GA of Apache Kudu in Cloudera CDH 5.10, we take a look at the Apache Spark on Kudu integra ...
- Windows下使用MINGW编译ffplay
之前考虑到需要快速配置编译ffplay,使用了比较暴力的方法,具体可以参考编译ffplay.exe简化版. 这里介绍下相对规范的做法. 前提:已经安装了Windows下GCC开发环境--MINGW+m ...
- windows下使用mingw编译出ffplay(简化版)
之前编译FFmpeg直接使用dll.lib,默认的mingw也不会编译出ffplay.exe. 近期由于工作需要,需要验证下修改之后的FFmpeg版本是否正常,需要使用ffplay.exe. 比较暴力 ...
- LeetCode: Binary Tree Inorder Traversal 解题报告
Binary Tree Inorder Traversal Given a binary tree, return the inorder traversal of its nodes' values ...
- 【Python学习笔记】-冒泡排序、插入排序、二分法查找
原文出处:https://blog.csdn.net/yort2016/article/details/68065728 冒泡排序 主要是拿一个数与列表中所有的数进行比对,若比此数大(或者小),就交换 ...
- 移动app传统测试流程优化
[本文出自天外归云的博客园] 概述 在传统的软件测试流程中,每一期需求从开发到上线都要经历从需求分析与评审.测试用例评审.开发.测试.发布的流程.其中测试包含了后台测试.前端web测试.客户端测试.后 ...
- JS实现多行文本最后是省略号紧随其后还有个超链接在同一行的需求
1.布局及样式如下图: 2.js获得上图的div对象,然后判断div对象的高度,如果大于一行的高度了表示内容有两行了,再获得span标签里面的内容并用正则将后六个字符替换成“......”这里的实现代 ...
- Android VLC播放器二次开发2——CPU类型检查+界面初始化
上一篇讲了VLC整个程序的模块划分和界面主要使用的技术,今天分析一下VLC程序初始化过程,主要是初始化界面.加载解码库的操作.今天主要分析一下org.videolan.vlc.gui.MainActi ...
- Linux下nginx 的常用命令
启动 启动代码格式:nginx安装目录地址 -c nginx配置文件地址 例如: [root@LinuxServer sbin]# /usr/local/nginx/sbin/nginx -c /us ...
- [转]java中通过request获取路径中的不同信息
原文地址:http://blog.csdn.net/lv_shijun/article/details/40819859 aa为工程中的项目名 bb为webRoot下的文件夹 1.request.ge ...