mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- Netty高性能之Reactor线程模型
Netty是一个高性能.异步事件驱动的NIO框架,它提供了对TCP.UDP和文件传输的支持,作为一个异步NIO框架,Netty的所有IO操作都是异步非阻塞的,通过Future-Listener机制,用 ...
- 【转】mysqldump的锁表的问题
今天凌晨,公司的一台MySQL生产库备份时间从2:30一直备份到8:30,正常情况下这个备份应该只会备份20分钟,3:00之前就会备份完毕,但是这次备份时间太长了,也影响了公司业务的使用.先写一下公司 ...
- Nginx缓存功能、防盗链、URL重写
nginx做为反向代理时,能够将来自upstream的响应缓存至本地,并在后续的客户端请求同样内容时直接从本地构造响应报文. nginx的缓存数据结构: 共享内存:存储键和缓存对象元数据 磁盘空间:存 ...
- xss绕过htmlspecialchars实体编码的姿势
倘若是在script.input标签当中,即可突破.Payload ' oninput=alert`1` // 当要在input中输入内容时触发事件' oninput=alert`1` ' ...
- shell中date使用总结-基于自动定期备份mysql实践
------------------------时间的格式 date [OPTION]... [+FORMAT] echo `date 空格 +'时间格式串'` 调用date必须加符号反引号``,表示 ...
- python使用selenium
首先安装 pip install selenium 测试抓取baidu,其中的chromedriver.exe需要自己下载,百度有很多的 import timefrom selenium import ...
- C语言 · 栅格打印问题
算法提高 栅格打印问题 时间限制:1.0s 内存限制:512.0MB 问题描述 编写一个程序,输入两个整数,作为栅格的高度和宽度,然后用“+”.“-”和“|”这三个字符来打印一个栅格 ...
- ElasticSearch 深度分页解决方案 {"index":{"number_of_replicas":0}}
常见深度分页方式 from+size es 默认采用的分页方式是 from+ size 的形式,在深度分页的情况下,这种使用方式效率是非常低的,比如 from = 5000, size=10, es ...
- mongoDB 删除集合后,空间不释放
mongoDB 删除集合后,空间不释放,添加新集合,没有重新利用之前删除集合所空出来的空间,也就是数据库大小只增不减. 方法有: 1.导出导入 dump & restore 2.修复数据库 r ...
- MySQL 5.7主从复制从零开始设置及全面详解——实现多线程并行同步,解决主从复制延迟问题!
MySQL 5.7主从复制从零开始设置及全面详解——实现多线程并行同步,解决主从复制延迟问题!2017年06月15日 19:59:44 蓝色-鸢尾 阅读数:2062版权声明:本文为博主原创文章,如需转 ...