mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- 【Acm】算法之美—Jugs
题目概述:Jugs In the movie "Die Hard 3", Bruce Willis and Samuel L. Jackson were confronted wi ...
- 【驱动】网卡驱动·linux内核网络分层结构
Preface Linux内核对网络驱动程序使用统一的接口,并且对于网络设备采用面向对象的思想设计. Linux内核采用分层结构处理网络数据包.分层结构与网络协议的结构匹配,既能简化数据包处理流程 ...
- Django admin 常用方法
1.调整页面头部显示内容和页面标题 #admin.py admin.site.site_header = '广告业务系统' admin.site.site_title = '广告业务系统'
- 【Java】HashTable和HashMap区别
①继承不同 public class Hashtable extends Dictionary implements Map public class HashMap extends Abstract ...
- idea 项目添加web支持
选中项目添加 add - web
- kvm libvirt 虚拟机管理
http://www.2cto.com/os/201203/123128.html kvm虚拟机管理一.环境role hostname ip O ...
- 经常遇到的http状态码
200 success成功 301 MovedPermanently 永久性跳转 302 Found 临时性跳转 304 Not modified 未修改,不返回任何响应主体 400 Bad Requ ...
- 【C#】使用user32.dll的MessageBox弹窗消息
要使用user32.dll的MessageBox弹窗消息,自然需要引入user32.dll到项目中. 一个最简单的实例如下: using System; using System.Runtime.In ...
- gSoap的“error LNK2001: 无法解析的外部符号 _namespaces”解决方法
错误 2 error LNK2001: 无法解析的外部符号 _namespaces 解决方法: 1. 在工程中定义 WITH_NONAMESPACES 宏 2.尝试 "#include &q ...
- Java并发编程:并发容器之CopyOnWriteArrayList<转>
原文链接: http://ifeve.com/java-copy-on-write/ Copy-On-Write简称COW,是一种用于程序设计中的优化策略.其基本思路是,从一开始大家都在共享同一个内容 ...