批量上传序列到Gisaid数据库

本文演示的是用Gisaid官网自带的Excel宏批量上传毒株信息和序列到Gisaid数据库，需要魔法。

1. 下载GISAID Batch Uploader

找到自己需要上传的病毒类型，我是Flu，在对应的选项卡下面找到Batch Upload，确认一下自己的Excel版本是否支持，然后点击右下角的Download GISAID Batch Upload即可。

下载到本地以后，右键下载的文件，选择属性，在安全下面勾选解除锁定选项，应用，确认，关闭。

此时点开excel文件，点一下启动宏，然后会弹出以下Banner信息。

2. 按照官网说明填写信息

官网具体的说明可以参见下载页面，我在这里简单说明一下，该文件一共有3张表，其中前2张是需要我们填的

Isolates表

1. 表头标红的除了第一列Isolate_Id(提交后官网返回)，其他均为必填项，当然，如果你只上传某个病毒的一个片段序列，则其他片段信息可以不填。

2. 故必填项分别为：

• Isolate_Name：毒株名称，自定，请尽量符合规范

• Subtype：毒株亚型

• Location：国家信息

• Host：宿主信息

• Seq_ID(HA)：以HA片段为例，这里填写自定的ID，没有什么具体要求，尽量是数字+字母组合，必须要和第二张表格的FASTA格式第一行的名称对应

• Originating_Lab_Id：实验室ID，在第三张表里找到自己所在实验室的ID

• Collection_date：毒株分离日期

Sequences表

推荐在notepad--等编辑器里，将自动换行关闭，然后直接粘贴过来。一个毒株序列分2行，第一行为>ID，第二行为序列，不要掺杂任何空格，序列里也不允许有-，要原始序列，需要注意的是，不允许有移码，不允许有提前终止（2个以上）的密码子。

3. 批量上传

开启魔法（TUN模式哦），在加载项里面执行批量上传的命令

等待一会儿之后，上传成功的序列会填充成绿色，并在第一列和第二列返回Isolate_ID信息，和对应的序列的EPI编号。

最后就可以去GISAID官网，my unreleased files里面查看自己上传的序列了，如果有问题的序列，会出现黄色的警示标志，点进去看一下具体问题再修改一下即可。