比对工具之 BWA 使用方法

BWA算法简介：

• BWA-bactrack
• BWA-SW
• BWA-MEM

BWA安装：

# installing BWA
tar jxf ~/software/bwa-0.7.10.tar.bz2 -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/bwa-0.7.10/
make
echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

BWA使用步骤：

1. 使用BWA构建参考基因组的index数据库
2. BWA-MEM比对（BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少）

具体命令：

# 创建运行目录并进入
mkdir -p ~/train/05.reads_aligment/bwa
cd 05.reads_aligment/bwa/

# 为原始数据创建软链接，方便数据处理
ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/genome.fasta
ln -s ~/data/00.incipient_data/data_for_variants_calling/F2-19.?.fastq ./

# 创建参考基因组的索引
bwa index genome.fasta -p genome

# 比对创建sam文件
bwa mem -t 4 genome F2-19.1.fastq F2-19.2.fastq > F2-19.mem.sam

核心命令及其参数

bwa index $ref

bwa mem -t $NP -M -R "@RG\tID:$sample\tLB:$sample\tSM:$sample\tPL:illumina\tPU:$sample" $ref $fq1 $fq2 > $out/bwamem_$sample.sam
-t  # INT     Number of threads
-f  # 没找到
-M  # Mark shorter split hits as secondary（为了Picard兼容性）
-R  # Complete read group header line. ’\t’ can be used in STR and will be converted to a TAB in the output SAM. The read group ID will be attached to every read in the output. An example is ’@RG\tID:foo\tSM:bar’.

 

注意：我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数，目前所有的参数都是固定的。

 

参考资料：

BWA官方网站

NGS生物信息分析 V4.2

Manual Reference Pages  - bwa (1)

BWA参考手册（翻译）