使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析

Article from Blog of Alfred-Feng

http://blog.sina.com.cn/u/1706691033

现在使用在线的通路注释，一般使用DAVID、KOBAS等工具。不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号。下面举例操作一遍。

1 在gprofiler网站进行基因ID转换。
进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”，选择g:convert，将要转换的物种基因名列表贴进去，选择相应物种，然后选择输出格式，例如我选择“ENSG”，就是输出ensembl格式的ID。得到附件“基因ID转换.xls”
 
2. 进入kobas网站“http://kobas.cbi.pku.edu.cn/program.run.do”，该网站不能识别基因name，而可以识别ensembl ID，所以上面我就转换了一下。
如下图，进入“Annotate”，将上面转换得到的ensembl ID列表贴进去，选择相应的物种，进行run即可；
然后选择“use this file as identity input”;
然后选择注释的数据库，一般选择Gene ontology 和kegg pathway；
然后就能得到结果列表了，如下图所示。也可全部导出，如附件的KEGG、GO

KEGG and Gene Ontology Mapping in Bioinformatic Method的更多相关文章

  1. gene Ontology （基因本体论）

    gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找 ...

  2. Gene Ontology (GO) 注释

    Gene Ontology (GO) 注释  Posted on 2017-06-11 |  In 生信 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因 ...

  3. GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用

    RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析. ...

  4. （转）基因芯片数据GO和KEGG功能分析

    随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过 ...

  5. GO | KEGG的注释是怎么来的？

    但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意 ...

  6. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  7. OpenCASCADE Texture Mapping

    OpenCASCADE Texture Mapping eryar@163.com Abstract. 纹理贴图技术的出现和流行是图形显示技术的一个非常重要的里程碑,直接影响3D技术从工业进入娱乐领域 ...

  8. Ontology Relations

    Overview The following page documents the relations used in the filtered GO ontology. For informatio ...

  9. [转]Entity Framework Fluent API - Configuring and Mapping Properties and Types

    本文转自:https://msdn.microsoft.com/en-us/data/jj591617#1.2 When working with Entity Framework Code Firs ...

随机推荐

  1. [BZOJ2438]杀人游戏（缩点+特判）

    题目:http://www.lydsy.com:808/JudgeOnline/problem.php?id=2438 分析:如果出现了环,那么只要询问环上的一个人,那么环上其他的人的信息也就知道了, ...

  2. 理解Java接口

    作者:梅云罗链接:https://www.zhihu.com/question/20111251/answer/14760353来源:知乎著作权归作者所有,转载请联系作者获得授权. 接口只是一个规范, ...

  3. Win2008上.NET4.0部署出错HTTP 错误 500.21 - Internal Server Error的解决方法

    原因:在安装Framework v4.0之后,再启用IIS,导致Framework没有完全安装 解决:开始->所有程序->附件->鼠标右键点击“命令提示符”->以管理员身份运行 ...

  4. JavaScript学习笔记-商品管理新增/删除/修改功能

    <!DOCTYPE html> <html lang="en" xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> ...

  5. 39-tar 打包压缩

    将文件存储到归档文件中或者从归档文件中获取原始文件,以及为文件创建归档文件 tar [option] [modifiers] [file-list] 参数 file-list是tar进行归档和提取的文 ...

  6. ubuntu下启动、关闭tomcat，查看tomcat运行日志

    启动:一般是执行sh tomcat/bin/startup.sh 停止:一般是执行sh tomcat/bin/shutdown.sh查看:执行ps -ef |grep tomcat 输出如下 *** ...

  7. PHP中CURL方法curl_setopt()函数的参数

    PHP CURL curl_setopt 参数 bool curl_setopt (int ch, string option, mixed value)curl_setopt()函数将为一个CURL ...

  8. 【CodeVS 3289】【NOIP 2013】花匠

    http://codevs.cn/problem/3289/ dp转移,树状数组维护前缀max和后缀max进行优化,$O(nlogn)$. #include<cstdio> #includ ...

  9. 【TYVJ 1463】智商问题 (闲得无聊)

    老老实实写二分. #include<cstdio> #include<algorithm> using namespace std; int n, a[1000001], x; ...

  10. react.js 之 批量添加与删除功能

    最近做的CMS需要用到批量添加图片的功能:在添加文件的容器盒子内,有两个内容,分别是:添加按钮与被添加的选择文件组件. 结构分析: 被添加的组件,我们称为:UploadQiNiuFiles(七牛文件上 ...