使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析

Article from Blog of Alfred-Feng

http://blog.sina.com.cn/u/1706691033

现在使用在线的通路注释，一般使用DAVID、KOBAS等工具。不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号。下面举例操作一遍。

1 在gprofiler网站进行基因ID转换。
进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”，选择g:convert，将要转换的物种基因名列表贴进去，选择相应物种，然后选择输出格式，例如我选择“ENSG”，就是输出ensembl格式的ID。得到附件“基因ID转换.xls”
 
2. 进入kobas网站“http://kobas.cbi.pku.edu.cn/program.run.do”，该网站不能识别基因name，而可以识别ensembl ID，所以上面我就转换了一下。
如下图，进入“Annotate”，将上面转换得到的ensembl ID列表贴进去，选择相应的物种，进行run即可；
然后选择“use this file as identity input”;
然后选择注释的数据库，一般选择Gene ontology 和kegg pathway；
然后就能得到结果列表了，如下图所示。也可全部导出，如附件的KEGG、GO

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