在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错:

java  -jar picard.jar SortVcf \
I=hg19.sites.vcf \
O=hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  出现这种报错说明内存不足。因此我们可以加上“-Xmx”参数

java  -Xmx60g -jar picard.jar SortVcf \
I=hg19.sites.vcf \
O=hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  

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