在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错:

java  -jar picard.jar SortVcf \
I=hg19.sites.vcf \
O=hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  出现这种报错说明内存不足。因此我们可以加上“-Xmx”参数

java  -Xmx60g -jar picard.jar SortVcf \
I=hg19.sites.vcf \
O=hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  

Linux运行Java出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错的更多相关文章

  1. idea中使用scala运行spark出现Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: scala/collection/GenTraversableOnce$class

    idea中使用scala运行spark出现: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: scala/co ...

  2. Java FAQ -- "Exception in thread 'main' java.lang.UnsupportedClassVersionError:"

    OS:Ubuntu 最近重新学习Java,写了一段很小的程序,如下: public class Hello{ public static void main(String args[]){ Syste ...

  3. 【JAVA】Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError

    java新手经常会遇到这个问题. 环境变量配置正确,eclipse下可以正常编译运行,命令行下可以使用javac生成.class文件,但是在当前目录运行的时候提示: 分析报错,可以发现系统从Pack文 ...

  4. Java 控制台执行带自定义包定义的类,出现“Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: ConnectSQLServer (wrong name: sine/ConnectSQLServer)”

    1.先说明一下代码实现:自定义package sine, 源代码保存路径为:E:\JSP\HibernateDemo\HibernateDemoProject\src\sine\ConnectSQLS ...

  5. Java常见异常:Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError

    在某一路径下执行编译好的class文件出错. 异常如下: E:\liwy>java Test98 Exception in thread "main" java.lang.N ...

  6. Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: org.testng.TestNG.configure(Lorg/testng/CommandLineArgs;)V

    TestNG运行时报以下错误: Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: org.testng.TestNG. ...

  7. xml出现Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException

    运行代码出现Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException 可以看下这个链接:https://ask.csdn. ...

  8. 编译运行java程序出现Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: M : Unsupported major.minor version 51.0

    用javac编译了一个M.java文件, 然后用java M执行,可是出现了下面这个错误. Exception in thread "main" java.lang.Unsuppo ...

  9. 在dos中运行java程序,若出现Exception in thread “main" java.lang.NoClassDefFoundError

    在dos中运行java程序,若出现Exception in thread “main" java.lang.NoClassDefFoundError,可以检查一下几项: 环境变量配置: 注意 ...

随机推荐

  1. 20135327--linux内核分析 实践二

    内核模块编译 1.实验原理 Linux模块是一些可以作为独立程序来编译的函数和数据类型的集合.之所以提供模块机制,是因为Linux本身是一个单内核.单内核由于所有内容都集成在一起,效率很高,但可扩展性 ...

  2. 广商博客冲刺第六七天new

    第四五天沖刺傳送門 第一版的網頁已經放到 云服務器(估計快到期了) 傳送門. (不怎么會玩服務器啊..求指教..目前問題如下: 1.我的電腦mysql密碼跟服務器的密碼不一樣..上傳的時候要把代碼里面 ...

  3. 第三个spring冲刺第2天

    今天我们有了计时功能的实现,并且在考虑如何使得计时器美观好看达到我们的要求,对此我们换了不同的背景,时钟框,效果还有待查看.

  4. php开启curl不成功原因

    1. 在php.ini中找到 ;extension=php_curl.dll, 如果前面有分号, 去掉 2. php_curl.dll (ext目录下, 如果没有, 请下载) , libeay32.d ...

  5. shell脚本--数值计算

    原生bash不支持简单的数学运算,即使是最简单的加减乘除 但是,可以使用$[]和expr来实现整数运算 如果要实现小数运算,可以使用bc命令 使用$[]来实现: #!/bin/bash #文件名:te ...

  6. C++Primer中for(auto it=s.cbegin(); iter!=s.cend() && !it->empty(); ++it){ cout<<*it<<endl; }有错误

    在C++ Primer 中文版 第五版的 98页 ,有这么一段代码 for(auto it=text.cbegin(); it!=text.cend() && !it->empt ...

  7. SyntaxHighlighter行号显示错误问题解决方案

    SyntaxHighlighter是根据代码中的换行符分配行号的.但是,如果一行代码或者注释比较长,在页面显示时需要分成多行显示,会出现行号对不上的问题,像这样: 通过设置CSS强制不换行,可以保证行 ...

  8. Oracle 数据库启动过程

    一 启动数据库 Oracle启动过程涉及几种模式,这些模式涉及不同的文件,每个状态下数据库做不同的事情,同时这些模式适用于不同的维护需求,主要的模式有三种:NOMOUNT.MOUNT.OPEN. 1 ...

  9. 关于python format()用法详解

    str.format() 这个特性从python2.6而来 其实实现的效果和%有些类似 不过有些地方更方便 通过位置映射: In [1]: '{0},{1}'.format('kzc',18) Out ...

  10. linux 下端口close_wait 过多问题

    情景描述:系统产生大量“Too many open files” 原因分析:在服务器与客户端通信过程中,因服务器发生了socket未关导致的closed_wait发生,致使监听port打开的句柄数到了 ...