在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换)。这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVIDbioDBnetEnsembl BiomartDAVID访问太慢,Ensembl Biomart参数配置太麻烦,推荐使用bioDBnet

bioDBnet RESET API

bioDBnet除支持web在线转换外,还提供了RESET API接口,允许程序语言(python、perl、R等)进行访问。

参考资料

DAVID

bioDBnet

Ensembl Biomart

geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换的更多相关文章

  1. org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID,symbol等之间的转换)

    1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(install ...

  2. JSON字符串和JS对象之间的转换

    JSON字符串和JS对象之间的转换 1 json字符串转换为js对象 1.1 标准json格式字符串转换为Js对象  JSON字符串 str JSON.parse(str) eval(str) eva ...

  3. C# Stream 和 byte[] 之间的转换

    一. 二进制转换成图片 MemoryStream ms = new MemoryStream(bytes); ms.Position = ; Image img = Image.FromStream( ...

  4. Java基础——基本类型和包装类、基本类型和字符串之间的转换

    基本类型和包装类之间的转换 基本类型和包装类之间经常需要互相转换,以 Integer 为例(其他几个包装类的操作雷同哦): 在 JDK1.5 引入自动装箱和拆箱的机制后,包装类和基本类型之间的转换就更 ...

  5. String类型和基本数据类型之间的转换

    Java 中基本类型和字符串之间的转换 在程序开发中,我们经常需要在基本数据类型和字符串之间进行转换. 其中,基本类型转换为字符串有三种方法: 1. 使用包装类的 toString() 方法 2. 使 ...

  6. Json与javaBean之间的转换工具类

    /**  * Json与javaBean之间的转换工具类  *  * {@code 现使用json-lib组件实现  *    需要  *     json-lib-2.4-jdk15.jar  * ...

  7. Stream 和 byte[] 之间的转换

    Stream 和 byte[] 之间的转换 一. 二进制转换成图片 ? 1 2 3 4 5 MemoryStream ms = new MemoryStream(bytes); ms.Position ...

  8. 百度坐标(BD09)、国测局坐标(火星坐标,GCJ02)、和WGS84坐标系之间的转换(JS版代码)

    /** * Created by Wandergis on 2015/7/8. * 提供了百度坐标(BD09).国测局坐标(火星坐标,GCJ02).和WGS84坐标系之间的转换 */ //定义一些常量 ...

  9. java中的字符,字符串,数字之间的转换

    string 和int之间的转换 string转换成int  :Integer.valueOf("12") int转换成string : String.valueOf(12) ch ...

随机推荐

  1. DEV开发之控件XtraTabbedMdiManager

    使用的时候要先设置窗体的IsMdiZContainer属性为True然后再窗体上新增XtraTabbedMdiManager控件 设置属性:HeaderLocation为bottomClosePage ...

  2. C#仿QQ设置界面导航

    效果预览,选择左边标签,右边内容会自动滚动到适当位置 public class AnchorPanel { List<PanelMenu> lst = new List<PanelM ...

  3. python链表的实现

    根据Problem Solving with Algorithms and Data Structures using Python 一书用python实现链表 书籍在线网址http://intera ...

  4. Delphi 的类型与指针

    Delphi 的指针分为 "类型指针" 和 "无类型指针" 两类.Delphi 中的类型, 常用的也得有几百个, 我们可以给每种类型定义相应的类型指针.其实 D ...

  5. 利用etcd及confd实现配置自动管理

    ETCD etcd 架设etcd集群 静态启动etcd集群需要每个成员在集群中知道另一个成员.在许多情况下,集群成员的IP可能提前未知.在这种情况下,可以使用etcd集群的自动发现服务.一旦etcd集 ...

  6. 《python基础教程(第二版)》学习笔记 类和对象(第7章)

    <python基础教程(第二版)>学习笔记 类和对象(第7章) 定义类class Person:    def setName(self,name):        self.name=n ...

  7. wget下载文件

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100n1k0.html 一.下载目录 #wget -r -np -nd http://example.com/pack ...

  8. Codeforces 455C Civilization:树的直径 + 并查集【合并树后直径最小】

    题目链接:http://codeforces.com/problemset/problem/455/C 题意: 给你一个森林,n个点,m条边. 然后有t个操作.共有两种操作: (1)1 x: 输出节点 ...

  9. angularjs 系列之$q和promise

    还是同一个项目,在项目中,发现多个controller之内有一个共同的服务器请求,当时只是不断的重复使用,如今,现在项目结束,代码开始走向了优化迭代的阶段: 首先,我的思路是把这个共同的请求,从con ...

  10. 数据库连接池(connection pool)

    1.JDBC数据库连接池的必要性  在使用开发基于数据库的web程序时,传统的模式基本是按以下步骤: –      在主程序(如servlet.beans)中建立数据库连接. –      进行sql ...