ward's method是分层聚类凝聚法的一种常见的度量cluster之间距离的方法，其基本过程是这样的（参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-2827057-921772.html ）

  1. 计算每个cluster的ESS

  2. 计算总的ESS

  3. 枚举所有二项cluster【N个cluster是N*(N-1)/2个二项集】，计算合并这两个cluster后的总ESS值

  4. 选择总ESS值增长最小的那两个cluster合并

  5. 重复以上过程直到N减少到1

这个方法其实效率比较低，特别是算cluster的ESS值还要先求均值点，然后算距离的平方再求和，不过有一个快速的计算方法叫Lance-Williams Algorithm可以大大简化ward method的计算。先来一个图（来源：https://www.youtube.com/watch?v=aXsaFNVzzfI

ward's method分层聚类凝聚法的更多相关文章

  1. 凝聚法层次聚类之ward linkage method

    凝聚法分层聚类中有一堆方法可以用来算两点(pair)之间的距离:欧式,欧式平方,manhattan等,还有一堆方法可以算类(cluster)与类之间的距离,什么single-linkage.compl ...

  2. Python 实现分层聚类算法

    ''' 1.将所有样本都看作各自一类 2.定义类间距离计算公式 3.选择距离最小的一堆元素合并成一个新的类 4.重新计算各类之间的距离并重复上面的步骤 5.直到所有的原始元素划分成指定数量的类 程序要 ...

  3. 机器学习：Python实现聚类算法(三)之总结

    考虑到学习知识的顺序及效率问题,所以后续的几种聚类方法不再详细讲解原理,也不再写python实现的源代码,只介绍下算法的基本思路,使大家对每种算法有个直观的印象,从而可以更好的理解函数中参数的意义及作 ...

  4. 数学建模及机器学习算法（一）：聚类-kmeans（Python及MATLAB实现，包括k值选取与聚类效果评估）

    一.聚类的概念 聚类分析是在数据中发现数据对象之间的关系,将数据进行分组,组内的相似性越大,组间的差别越大,则聚类效果越好.我们事先并不知道数据的正确结果(类标),通过聚类算法来发现和挖掘数据本身的结 ...

  5. （数据科学学习手札09）系统聚类算法Python与R的比较

    上一篇笔者以自己编写代码的方式实现了重心法下的系统聚类(又称层次聚类)算法,通过与Scipy和R中各自自带的系统聚类方法进行比较,显然这些权威的快捷方法更为高效,那么本篇就系统地介绍一下Python与 ...

  6. 15、R语言聚类树的绘图原理

    聚类广泛用于数据分析.去年研究了一下R语言聚类树的绘图原理.以芯片分析为例,我们来给一些样品做聚类分析.聚类的方法有很多种,我们选择Pearson距离.ward方法. 选择的样品有: "GS ...

  7. 易百教程人工智能python修正-人工智能无监督学习（聚类）

    无监督机器学习算法没有任何监督者提供任何指导. 这就是为什么它们与真正的人工智能紧密结合的原因. 在无人监督的学习中,没有正确的答案,也没有监督者指导. 算法需要发现用于学习的有趣数据模式. 什么是聚 ...

  8. SAS笔记

    SAS基础知识 SAS里面的PROC一览 The ACECLUS Procedure : 聚类的协方差矩阵近似估计(approximate covariance estimation for clus ...

  9. matlab中的linkage和cluster函数

    Linkage: Agglomerative hierarchical cluster tree(凝聚成层次聚类树) 语法: 解释: Z=linkage(x),返回Z,是一个X矩阵中行的分层聚类树(用 ...

随机推荐

  1. 阶段1 语言基础+高级_1-3-Java语言高级_06-File类与IO流_02 递归_4_练习_递归打印多级目录

    递归所有的文件夹,并把文件都输出出来. 在最上面打印目录的名称

  2. 测开之路一百零三：jquery元素和标签的插入与删除

    标签内插入 标签外插入 给标签加标签 !DOCTYPE html><html lang="en"><head> <meta charset=&q ...

  3. 常用模块random/os/sys/time/datatime/hashlib/pymysql等

    一.标准模块 1.python自带的,import random,json,os,sys,datetime,hashlib等 ①.正常按照命令:打开cmd,执行:pip install rangdom ...

  4. Week 7 - 714. Best Time to Buy and Sell Stock with Transaction Fee & 718. Maximum Length of Repeated Subarray

    714. Best Time to Buy and Sell Stock with Transaction Fee - Medium Your are given an array of intege ...

  5. 应用安全-web安全-WebShell整理

    shellcode.aspx <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" Inherits="S ...

  6. vue 父子component生命周期

    如今前端框架都流行组件化,页面元素都可以使用组件进行高度概括,那么处理组件之间的关系就如同处理页面架构一样重要.正确理解组件之间的关系,才能让代码按照我们与预料方式工作.最近参与了一个Vue.js的项 ...

  7. Java基础/发起http和https请求

    Java中发起http和https请求 一般调用外部接口会需要用到http和https请求. 本案例为:前后端完全分离,前端框架(React+Mobx+Nornj),后端(Go语言). 面临问题:跨域 ...

  8. docker--docker架构

    4 docker 架构 Docker uses a client-server architecture. The Docker client talks to the Docker daemon, ...

  9. 实现atoi

    1. 去掉首位空格 2. 判断首位是否有正负号 3. 判断各位是否是0~9,有其他字符直接返回当前结果   public class Solution { public int atoi(String ...

  10. python中pycharm中.py文件调用一个.py文件的函数

    在相同文件夹内调用函数: file1.py def add(x,y): print('和为:%d'%(x+y)) file2.py import A A.add(1,2)