pheatmap() 的热图制作
1、数据准备

2、画图

3、参数调整








(转自百迈克公众号)
关注下方公众号可获得更多精彩

pheatmap() 的热图制作的更多相关文章
- pheatmap绘制“热图”,你需要的都在这
热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可 ...
- pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图(pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类) ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclu ...
- gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot_tile ...
- 用R包中heatmap画热图
一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head ...
- 用Excel制作热图(heatmap)的方法
http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--& ...
- R语言学习 - 热图简化
绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数).gplots::heatmap.2等. 相比于gg ...
- 扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果. 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩 ...
- [R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图?
前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于K ...
- RNA_seq 热图绘制
若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet < ...
随机推荐
- Java:锁笔记
Java:锁笔记 本笔记是根据bilibili上 尚硅谷 的课程 Java大厂面试题第二季 而做的笔记 1. Java 锁之公平锁和非公平锁 公平锁 是指多个线程按照申请锁的顺序来获取锁,类似于排队买 ...
- AIApe问答机器人Scrum Meeting 5.5&5.6
Scrum Meeting 7 日期:2021年5月5日&2021年5月6日 会议主要内容概述:汇报近日工作,确定下一步计划,放弃"关键词提取"和"改进关键词&q ...
- seata整合nacos完成分布式的部署
seata整合nacos完成分布式的部署 一.背景 二.部署机器 三.部署步骤 1.在seata上创建命名空间 2.下载对应版本的seata 3.单机启动 1.修改seata配置文件 1.修改注册中心 ...
- Noip模拟47 2021.8.25
期望得分:55+24+53 实际得分:0+0+3 乐死 累加变量清零了吗? 打出更高的部分分暴力删了吗? 样例解释换行你看见了吗? T1 Prime 打出55分做法没删原来的暴力,结果就轻松挂55分 ...
- poj 2060 Taxi Cab Scheme(DAG图的最小路径覆盖)
题意: 出租车公司有M个订单. 订单格式: hh:mm a b c d 含义:在hh:mm这个时刻客人将从(a,b)这个位置出发,他(她)要去(c,d)这个位置. 规定1:从(a,b) ...
- Java项目中集成钉钉机器人推送消息提醒
前言: 项目中有一个需求,当有新订单产生的时候,希望能够及时通知到业务相关人员进行处理,整体考虑了一下,选用了钉钉机器人提醒功能(公司内部主要也是使用钉钉进行通讯). 操作: 主要分为两部分进行处理: ...
- ssl 原理和建立连接过程
ssl ("Secure Sockets Layer")加密原理 和https的关系https = http + ssl ssl 位置: SSL握手 证书主要作用是在SSL握手中, ...
- ELK集群之kafka(7)
原理待补充: kafka依赖于zookeeper集群. 都是基于java 由于源码安装jdk 未声明bin下java 在各自server配置文件中声明 JAVA_HOME=/usr/local/jdk ...
- Django开发 X-Frame-Options to deny 报错处理
本博客已停更,请转自新博客查看 https://www.whbwiki.com/318.html 错误提示 Refused to display 'http://127.0.0.1:8000/inde ...
- Vuex状态管理——任意组件间通信
核心概念 在Vue中实现集中式状态(数据)管理的一个Vue插件,对vue应用中多个组件的共享状态进行集中式的管理(读/写),也是一种组件间通信的方式,且适用于任意组件间通信. 每一个 Vuex 应用的 ...