pheatmap() 的热图制作
1、数据准备
2、画图
3、参数调整
(转自百迈克公众号)
关注下方公众号可获得更多精彩
pheatmap() 的热图制作的更多相关文章
- pheatmap绘制“热图”,你需要的都在这
热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可 ...
- pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图(pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类) ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclu ...
- gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot_tile ...
- 用R包中heatmap画热图
一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head ...
- 用Excel制作热图(heatmap)的方法
http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--& ...
- R语言学习 - 热图简化
绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数).gplots::heatmap.2等. 相比于gg ...
- 扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果. 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩 ...
- [R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图?
前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于K ...
- RNA_seq 热图绘制
若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet < ...
随机推荐
- Vite启动后提示Network: use `--host` to expose
当使用 Vite 构建项目后,发现只有localhost + 端口 服务,没有 IP + 端口服务. 运行npm run dev,终端提示Vite启动后提示Network: use '--host' ...
- 第五课第四周笔记2:Self-Attention 自注意力
Self-Attention 自注意力 让我们跳进去谈谈transformer的self-attention机制.如果您能了解本视频背后的主要思想,您就会了解变压器网络工作背后最重要的核心思想. 让我 ...
- [no_code][Beta]事后分析
设想和目标 我们的软件要解决什么问题?是否定义得很清楚?是否对典型用户和典型场景有清晰的描述? 我们要解决的目前的手写表单的电子化问题,办公电子化问题的一个key问题.定义十分清楚: 输入: 手写表单 ...
- [no code][scrum meeting] Alpha 14
项目 内容 会议时间 2020-04-22 会议主题 周中讨论会议 会议时长 45min 参会人员 全体成员 $( "#cnblogs_post_body" ).catalog() ...
- CSP/S 2020 退役记
上一次的AFO记 上上次的AFO记 Day -INF 一条咸鱼的垂死挣扎. RP+=INF Day 0 出发辣. 早上来到机房,带上了准备的面包和泡面....然而后来嫌太占地方就没拿...草了. 而且 ...
- 一次fork引发的惨案!
"你还有什么要说的吗?没有的话我就要动手了",kill程序最后问道. 这一次,我没有再回答. 只见kill老哥手起刀落,我短暂的一生就这样结束了··· 我是一个网络程序,一直以来都 ...
- 『动善时』JMeter基础 — 56、JMeter使用命令行模式生成HTML测试报告
目录 1.自动生成HTML图形化报告 2.使用已有的测试结果文件生成HTML报告 3.HTML图形化报告内容详解 (1)Dashboard页面:(重点查看) (2)Charts页面:(辅助分析) 4. ...
- docker 加入域名
先运行docker镜像 # 进入 docker 容器 mynginx 是容器名 docker exec -i -t mynginx /bin/bash #安装vim apt-get install v ...
- [转]技术往事:改变世界的TCP/IP协议
原文链接 : http://www.52im.net/thread-520-1-1.html 1.前言 作为应用层开发人员,接触最多的网络协议通常都是传输层的TCP(与之同处一层的另一个重要协议是UD ...
- PTA 6-1 求采用邻接矩阵作为存储结构的无向图各顶点的度 (6分)
PTA 6-1 求采用邻接矩阵作为存储结构的无向图各顶点的度 (6分) 函数接口定义: 函数接口为: void dgree(MGraph G); G为采用邻接矩阵作为存储结构的有向图 裁判测试程序样例 ...