pheatmap() 的热图制作
1、数据准备
2、画图
3、参数调整
(转自百迈克公众号)
关注下方公众号可获得更多精彩
pheatmap() 的热图制作的更多相关文章
- pheatmap绘制“热图”,你需要的都在这
热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可 ...
- pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图(pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类) ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclu ...
- gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot_tile ...
- 用R包中heatmap画热图
一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head ...
- 用Excel制作热图(heatmap)的方法
http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--& ...
- R语言学习 - 热图简化
绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数).gplots::heatmap.2等. 相比于gg ...
- 扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果. 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩 ...
- [R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图?
前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于K ...
- RNA_seq 热图绘制
若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet < ...
随机推荐
- Abp VNext分表分库,拒绝手动,我们要happy coding
Abp VNext 分表分库 ShardingCore ShardingCore 易用.简单.高性能.普适性,是一款扩展针对efcore生态下的分表分库的扩展解决方案,支持efcore2+的所有版本, ...
- Spring Security中配置AccessDeniedHandler没有生效
现象 在 WebSecurityConfigurerAdapter 配置了如下代码: // 自定义未授权和未登录异常 http.exceptionHandling() .accessDeniedHan ...
- 0x04
二分: while(l<r) { int mid=(l+r)/2; if(符合条件) r=mid; else l=mid+1; } 固定下二分的写法: 终止条件:l==r: 取mid=(l+r) ...
- Oracle 19c 单机
环境 vm虚拟机 双磁盘 操作系统 Oracle Linux 7.9 操作系统安装带图形 选择中文,注意不要新建用户 关闭防火墙 selinux 配置好IP 挂载系统盘镜像 修改主机名 配置hosts ...
- Filter学习笔记
博客园的编辑器太丑了,所以我换用了别的Markdown编辑器,并用图片形式上传.
- Redis网络库源码分析(1)之介绍篇
一.前言 Redis网络库是一个单线程EPOLL模型的网络库,和Memcached使用的libevent相比,它没有那么庞大,代码一共2000多行,因此比较容易分析.其实网上已经有非常多有关这个网络库 ...
- 攻防世界 WEB 高手进阶区 HCTF 2018 warmup Writeup
攻防世界 WEB 高手进阶区 HCTF 2018 warmup Writeup 题目介绍 题目考点 PHP代码审计 Writeup 打开 http://220.249.52.134:37877 常规操 ...
- 完美解决Github网页打开超慢的问题
由于某些原因,国内访问Github会异常缓慢,在clone仓库时甚至只有10k以下的速度,下载半天有时还会失败需要从头再来,甚是让人恼火.本文介绍通过修改系统hosts文件的办法,绕过国内dns解析, ...
- 'pybot' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序 或批处理文件
在dos下运行pybot --version提示不是内部命令 这是pip list 打印信息: 解决方法: 在python/Scripts目录下加一个pybot.bat 文件 内容为: @Echo o ...
- MySQL之DDL数据定义语言:库、表的管理
库的管理 常用命令 #创建库 create database if not exists 库名 [ character set 字符集名]; create database if not exists ...