【WEGO】GO注释可视化

导入数据

BGI开发的一款web工具，用于可视化GO注释结果。自己平时不用，但要介绍给别人，简单记录下要点，避免每次授课前自己忘了又要摸索。

地址：http://wego.genomics.org.cn/

导入文件到灰色框中，可同时导入多个文件进行比较（点一次弹出一次）。支持多种文件格式导入，如果是自己导入，可另存为txt导入，通常我们做GO注释后，会有这样一个基因和GO对应关系的文件：

如果是要做个样本比较的话，每个样本一个文件导入，这样才好比较。

也可用Launch WEGO Demo直接用demo数据，默认GAF Format，这是InterProscan注释的结果文件，打开的话也是同上一个基因对应多个GO编号的格式。

WEGO目前支持常见9种物种的可视化。一般导入文件后，系统会自动根据GO编号识别，无需选择物种。如果选择物种，系统会将物种全部GO注释结果作为一个样本可导入的样本比较。

可视化

提交后，得到如下结果。如果基因数目多，可能会花费一段时间。



最上方是注释的结果，包括每个样本全部注释的情况和三个本体注释结果。

GO Tree是以树的形式展示结果，GO term是分层级的，三个本体是Level 1，依次下去Level 2——Level 6。Show GO Level是说要展示到第几层级结果，如下图，展示到Level 4，注意要点击Display按钮。

后一个按钮Select GO Level是说我们要选择第几层结果，比如我选择2，点击Select按钮后，就只选择了所有Level 2结果：

三个本体都是这样的：

Graph就是可视化结果。这个结果是基于以上选择的Level做出来的。



大小、主题、颜色、标签、导出格式等都可自己选择。

而且，还有一个富集分析的柱形图结果，阈值什么的都可以自己调整。

很简单有木有？其实官网的文档也介绍得很详细了，不懂去看看。可是我英语很烂，头疼。。。