Entrez Direct
安装
cd ~
/bin/bash
perl -MNet::FTP -e \
'$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1);
$ftp->login; $ftp->binary;
$ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'
gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -
rm edirect.tar.gz
builtin exit
export PATH=${PATH}:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"
./edirect/setup.sh


实例
esearch -db gene -query "SLC2A2" | efect -format gb > out.txt
Entrez Direct的更多相关文章
- 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...
- MMAP和DIRECT IO区别
看完此文,题目不言自明.转自 http://blog.chinaunix.net/uid-27105712-id-3270102.html 在Linux 开发中,有几个关系到性能的东西,技术人员非常关 ...
- direct path read
在11g中,全表扫描可能使用direct path read方式,绕过buffer cache,这样的全表扫描就是物理读了. 在10g中,都是通过gc buffer来读的,所以不存在direct pa ...
- ScrollView can host only one direct child
Android 采用ScrollView布局时出现异常:ScrollView can host only one direct child. 异常原因: 主要是ScrollView内部只能有一个子元素 ...
- Extnet Direct 提交后台事件文件下载设置
App.direct.MasterData.Export(App.tfSearch.getValue(), { isUpload: true ...
- Microsoft Visual Studio 2013 Update 5 direct download link for full ISO
From:http://www.nickdu.com/?p=604 Visual Studio 2013 Update 5 is now released and maybe you are also ...
- Spark Streaming消费Kafka Direct方式数据零丢失实现
使用场景 Spark Streaming实时消费kafka数据的时候,程序停止或者Kafka节点挂掉会导致数据丢失,Spark Streaming也没有设置CheckPoint(据说比较鸡肋,虽然可以 ...
- android wifi Direct Audio TX/RX延迟分析
1 Direct Audio TX代码流程 1.1 从Host到FW 1.1.1 代码流程 htc.c::HifLayerRecvCallback//从HIF_USB_CONTEXT获取数据中断,具体 ...
- 如何利用Direct NFS克隆数据库
CloneDB是Oracle 11.2.0.3推出的一项新特性,它利用的了11g新引入的Direct NFS.它直接利用目标数据库的备份,无需将备份COPY到克隆环境下,使得一个备份可以克隆多个不同用 ...
随机推荐
- mysql报错this is incompatible with sql_mode=only_full_group_by
1.报错信息 com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.MySQLSyntaxErrorException: In aggregated query without GROUP ...
- sql server数据类型char和nchar,varchar和nvarchar,text和ntext
varchar和nvarchar的区别: varchar(n)长度为 n 个字节的可变长度且非 Unicode 的字符数据.n 必须是一个介于 1 和 8,000 之间的数值.存储大小为输入数据的字节 ...
- 给浏览器绑定鼠标滚动事件(兼容FireFox)
var bs = new Browser(); if(bs.userBrowser() == 'firefox'){ document.body.addEventListener("DOMM ...
- 与 HTML4 比较,HTML5 废弃了哪些元素?
frame frameset noframe applet big center basefront
- CCflow6 的使用
sELECT * FROM WF_GENERWORKFLOW WHERE WorkID=00000 -- 查看流程状态 wf_selectaccpter --查看流程某个节点下的人员 M ...
- SpringBoot2.0之三 优雅整合Spring Data JPA
在我们的实际开发的过程中,无论多复杂的业务逻辑到达持久层都回归到了"增删改查"的基本操作,可能会存在关联多张表的复杂sql,但是对于单表的"增删改查"也是不 ...
- kafka基础一
基本概念: 消息系统的组成由生产者,消费者以及存储系统.消费者从存储系统中读取生产者生产的消息.Kafka作为分布式的消息系统支持多个生产者多个消费者,写消息时允许多个生产者写到同一个Partitio ...
- Django的路由层和视图层
一丶Django 的路由层(URLconf) URL配置(URLconf)就像Django 所支撑网站的目录.它的本质是URL与要为该URL调用的视图函数之间的映射表:你就是以这种方式告诉Django ...
- Vue系列(2):Vue 安装
前言:关于页面上的知识点,如有侵权,请看 这里 . 关键词:小白.Vue 安装.Vue目录结构.Vue 构建页面流程 ? 初学者安装 vue 用什么好 大家都知道,学 Vue 最好还是去官网学,官网写 ...
- JS中关于clientWidth offsetWidth scrollWidth 等的区别
网页可见区域宽: document.body.clientWidth;网页可见区域高: document.body.clientHeight;网页可见区域宽: document.body.offset ...