miRTarBase 数据库简介

miRTarBase 是一个手 收集的，经过实验验证过miRNA靶基因的数据库，对于每条miRNA靶基因的记录， 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions （简称MTs） 编号，比如MIRT000012，目前miRTarBase 的版本为V7.0, 2017年9月15号更新，共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因，422147 个靶基因相互作用。

网址：

　　　　http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

miRTarBase 提供了多种检索方式：

1） miRNA ID

2)   Target Gene

3)   Disease

4)  Species

对于 Species, 分成了以下几类：

1）Mammalia :  哺乳动物

　　Homo sapiens ：人

Mus musculus ： 小鼠

Rattus norvegicus ： 大鼠

Sus scrofa  ： 猪

Ovis aries  ： 羊

Cricetulus griseus ： 中国仓鼠

　　Bos taurus ： 奶牛

Canis familiaris ： 狗

2) Vertebrata ： 脊椎动物

Danio rerio ： 斑马鱼

Gallus gallus  ： 鸡

Oryzias latipes ： 青鳉

Taeniopygia guttata ：斑胸草雀

Xenopus laevis ： 非洲爪蟾

Xenopus tropicalis ：热带爪蟾

3）Nematoda : 线虫

Caenorhabditis elegans ： 秀丽隐杆线虫

4) Insect:  昆虫

Bombyx mori ： 家蚕

Drosophila melanogaster ： 黑腹果蝇

5) Plants: 植物

Arabidopsis thaliana ：拟南芥

Oryza sativa ： 水稻

6) Viruses  病毒

Epstein Barr virus

Human cytomegalovirus

Kaposi sarcoma-associated herpesvirus

Vesicular stomatitis Indiana virus

根据Statistics , 可以看到每个物种 对应的miRNA 靶基因情况，

以 Human 为例， 共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个，而人一共有2万多个蛋白编码基因，接近80%都受到miRNA的调控，可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性；

对于mINRA-Target Gene , 共有380639 条记录， 平均每个miRNA 有  380639 / 2599  = 146 个靶基因， 而每个基因平均受到 380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控；

对于 每个miRNA 的靶基因结果，可以根据实验证据的可靠性，进行筛选：

miRTarBase 的数据是可以直接下载的，在Download 页面提供了多种下载方式。