安装R语言扩展包vegan

这周的作业我开始得好迟啊。。。然而还是要努力做啊。。。

××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××

首先，百度进入官方页面，看到这些：

也就是说，需要先安装permute和lattice包。那么，如何安装？？

呃

首先下载.tar.gz，然后在命令行

sudo R CMD INSTALL package.tar.gz

进入R环境，使用library()查看现在已经安装的包

×××××××××××××××××××××××××××××××××××××我是超级无敌可爱的分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××

下面的内容来自vegan tutorial

Ordination分类：

1. Non-metric Multidimensional scaling

使用isoMDS函数计算，需要用vegdist作为输入。vegdist里存放的是表示群落之间不相似性程度的值，典型的是Bray-Curtis dissimilarity。

××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

这里插播一下Bray-Curtis dissimilarity的概念和计算

 is the sum of the lesser values for only those species in common between both sites. (1和3，取1)

 and  are the total number of specimens counted at both sites