解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题,批量修改空格改为制表格格式
出现这种问题说明一般存在两个问题:
第一,vcf文件不足8个分割制表符,比如像如下文件:
为了解决这个问题,说明在做snp filter时候,需要提取至少8个制表符的字符串,比如,像如下文件所示:

第二个问题:字符串之间是非制表符分隔的,比如下图:

显然,上图字符串之间的间隔只有一个空格,因此需要将空格改为制表符格式,可以用以下脚本修改:
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' inputfile >outputfile
对于多个文件,可用以下循环命令:
for i in *.inputfile
do
echo $i
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
done
最后,转化的效果如下:

从上图可以 看出,字符串之间的间隔拉大了,即已经变为制表格格式。
解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题,批量修改空格改为制表格格式的更多相关文章
- 完美解决Invalid layout of java.lang.String at value问题的方法
:-(昨天一天没有写东西了,今晚略显有愧啊.昨天整理了下自己的电脑和桌面,把一些没有用和杂乱的东西都收拾收拾,于是一天就没了.今天赶快来补文章.本篇主要讲的是解决Invalid layout of j ...
- 解决gvim 8.1中zip插件打开zip文件内容时,而文件路径带有空格的问题。
解决gvim 8.1中zip插件打开zip文件内容时,而文件路径带有空格的问题. 现象是只能打开一次,第二次打开就显示为空了. 通过 lcd切换工作目录.使得命令行操作中不再有带空格的路径 vim81 ...
- 使用Java中File类批量创建文件和批量修改文件名
批量创建文件 int cont = 1; String s = "E:\\学习资料\\Java笔记-"; while(cont<100){ File f = new File ...
- SQLServer 2000 Driver for JDBC][SQLServer]传入的表格格式数据流(TDS)远程过程调用(RPC)协议流不正确解决方法
问题:[SQLServer 2000 Driver for JDBC][SQLServer]传入的表格格式数据流(TDS)远程过程调用(RPC)协议流不正确.参数 1 (""): ...
- 解决 Invalid signature file digest for Manifest 问题
idea打包的jar文件在spark执行是报错: Invalid signature file digest for Manifest 通过以下命令解决: zip -d myjob.jar META- ...
- linux e2fsprogs安装解决uuid/uuid.h: No such file or directory错误
linux查看某个包是否安装 dpkg -l libuu* 用gcc编译发生nux 错误:fatal error: uuid/uuid.h: No such file or directo ...
- 解决SenTestingKit/SenTestingKit.h: No such file or directory
在一个iOS项目中引入了单元测试,感觉项目间的依赖关系有些乱,就建了一个新的Project,再把原来的.h和.m加进去,编译时竟然出现“SenTestingKit/SenTestingKit.h: N ...
- 解决 MySQL manager or server PID file could not be found! 的方法
[root@centos var]# service mysqld stop MySQL manager or server PID file could not be found! [F ...
- sbt公布assembly解决jar包冲突 deduplicate: different file contents found in the following
一个.问题定义 近期使用sbt战斗assembly发生故障时,包,在package什么时候,发生jar包冲突/文件冲突,两个相同class来自不同jar包classpath内心冲突. 有关详细信息:我 ...
随机推荐
- Python3出现"No module named 'MySQLdb'"问题-以及使用PyMySQL连接数据库
Python3 与 Django 连接数据库,出现了报错:Error loading MySQLdb module: No module named 'MySQLdb'.原因如下:在 python2 ...
- svg矢量图在flex布局中样式扭曲的问题
问题机型 小米5 华为nova 其他未知的可能机型 问题描述 利用flex 布局的一行中, 左一样式: -webkit-box-flex: 0; flex: 0 1 auto; 左二样式: -webk ...
- cf166e 在四面体上寻找路线数 递推,取模
来源:codeforces E. Tetrahedron You are given a tetrahedron. Let's mark its vertices ...
- 【2016.3.16】作业 VS2015安装&单元测试(1)
首先说下本机配置. CPU:Intel Atom x5-z8300 @1.44GHz 内存:2GB 操作系统:Windows10 家庭版 32位 硬盘:32GB 然后开始怒装visual studio ...
- 收获,不止oracle
物理体系 体系结构图 缩放 1.Oracle由实例和数据库组成,上半部分的直角方框为实例instance,下半部分的圆角方框为数据库Database. 2.实例是由一个开辟的共享内存区SGA(Syst ...
- 在WIN10打造成能运行Oracle的JDK的Linux
1.开发WindowsFeature(程序)里的Linux扩展接口(其实从Windows2008发布前试用时,就发现悄悄藏着一个Unix接口选项). 2.在windows应用商店可以下载到Ubuntu ...
- ASP.NET MVC自定义异常处理
1.自定义异常处理过滤器类文件 新建MyExceptionAttribute.cs异常处理类文件
- js的forEach遍历不可以给value赋值
可以给value的对象赋值,如果想共用内存地址可以使用for循环更改数组内对象的值:
- rsync实现数据同步
希望两台机器指定目录的数据保持一致 192.168.19.252(master) 192.168.19.251(slave) /cache 拉复制 ...
- 【刷题】UOJ #374 【ZJOI2018】历史
九条可怜是一个热爱阅读的女孩子. 这段时间,她看了一本非常有趣的小说,这本小说的架空世界引起了她的兴趣. 这个世界有 \(n\) 个城市,这 \(n\) 个城市被恰好 \(n-1\) 条双向道路联通, ...