出现这种问题说明一般存在两个问题:

第一,vcf文件不足8个分割制表符,比如像如下文件:

为了解决这个问题,说明在做snp filter时候,需要提取至少8个制表符的字符串,比如,像如下文件所示:

第二个问题:字符串之间是非制表符分隔的,比如下图:

显然,上图字符串之间的间隔只有一个空格,因此需要将空格改为制表符格式,可以用以下脚本修改:

perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' inputfile >outputfile

  对于多个文件,可用以下循环命令:

for i in *.inputfile
do
echo $i
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
done

  最后,转化的效果如下:

从上图可以 看出,字符串之间的间隔拉大了,即已经变为制表格格式。

解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题,批量修改空格改为制表格格式的更多相关文章

  1. 完美解决Invalid layout of java.lang.String at value问题的方法

    :-(昨天一天没有写东西了,今晚略显有愧啊.昨天整理了下自己的电脑和桌面,把一些没有用和杂乱的东西都收拾收拾,于是一天就没了.今天赶快来补文章.本篇主要讲的是解决Invalid layout of j ...

  2. 解决gvim 8.1中zip插件打开zip文件内容时,而文件路径带有空格的问题。

    解决gvim 8.1中zip插件打开zip文件内容时,而文件路径带有空格的问题. 现象是只能打开一次,第二次打开就显示为空了. 通过 lcd切换工作目录.使得命令行操作中不再有带空格的路径 vim81 ...

  3. 使用Java中File类批量创建文件和批量修改文件名

    批量创建文件 int cont = 1; String s = "E:\\学习资料\\Java笔记-"; while(cont<100){ File f = new File ...

  4. SQLServer 2000 Driver for JDBC][SQLServer]传入的表格格式数据流(TDS)远程过程调用(RPC)协议流不正确解决方法

    问题:[SQLServer 2000 Driver for JDBC][SQLServer]传入的表格格式数据流(TDS)远程过程调用(RPC)协议流不正确.参数 1 (""): ...

  5. 解决 Invalid signature file digest for Manifest 问题

    idea打包的jar文件在spark执行是报错: Invalid signature file digest for Manifest 通过以下命令解决: zip -d myjob.jar META- ...

  6. linux e2fsprogs安装解决uuid/uuid.h: No such file or directory错误

    linux查看某个包是否安装    dpkg -l libuu*    用gcc编译发生nux 错误:fatal error: uuid/uuid.h: No such file or directo ...

  7. 解决SenTestingKit/SenTestingKit.h: No such file or directory

    在一个iOS项目中引入了单元测试,感觉项目间的依赖关系有些乱,就建了一个新的Project,再把原来的.h和.m加进去,编译时竟然出现“SenTestingKit/SenTestingKit.h: N ...

  8. 解决 MySQL manager or server PID file could not be found! 的方法

    [root@centos var]# service mysqld stop MySQL manager or server PID file could not be found!       [F ...

  9. sbt公布assembly解决jar包冲突 deduplicate: different file contents found in the following

    一个.问题定义 近期使用sbt战斗assembly发生故障时,包,在package什么时候,发生jar包冲突/文件冲突,两个相同class来自不同jar包classpath内心冲突. 有关详细信息:我 ...

随机推荐

  1. 对MSF八个原则的思考

    第一个原则,也是MSF中最基础的一个原则,推动信息共享与沟通.这个原则的一个特点是,对于团队成员的所有工作,都会被记录下来,包括走了弯路的.出现bug但已调试解决的部分.对于新加入团队的成员或者以前没 ...

  2. 20145221 《Java程序设计》实验报告四:Android开发基础

    20145221 <Java程序设计>实验报告四:Android开发基础 实验要求 基于Android Studio开发简单的Android应用并部署测试; 了解Android组件.布局管 ...

  3. Python学习笔记 --第二章

    Python语法基础 "#"号为注释符,建议缩进四个空格,Python大小写敏感. 数据类型 整数 0,2等等,以0x开头的为十六进制数 浮点数 1.58e9 字符串 用'或"括起来的任意文 ...

  4. Eclipse:An internal error occurred during: "Building workspace". GC overhead limit exceeded

    http://blog.csdn.net/shaozhang872196/article/details/18552273 http://www.cnblogs.com/sonofelice/p/52 ...

  5. Docker Dockerfile指令

    Docker 可以通过 Dockerfile 的内容来自动构建镜像.Dockerfile 是一个包含创建镜像所有命令的文本文件,通过docker build命令可以根据 Dockerfile 的内容构 ...

  6. 【历史】- Windows NT 之父 - David Cutler

    David Cutler,大卫·卡特勒,一位传奇程序员,1988年去微软前号称硅谷最牛的内核开发人员,是VMS和Windows NT的首席设计师,被人们成为“操作系统天神”.他曾供职于杜邦.DEC等公 ...

  7. python 授权

    1.“包装”意思是一个已经存在的对象进行包装,不管他是数据类型还是一段代码,可以是对一个已经存在的对象增加新的,删除不要的或者修改其他已经存在的功能 2.包装 包括定义一个类,他的实例拥有标准类型的核 ...

  8. Spring AOP切点表达式用法总结

    1. 简介        面向对象编程,也称为OOP(即Object Oriented Programming)最大的优点在于能够将业务模块进行封装,从而达到功能复用的目的.通过面向对象编程,不同的模 ...

  9. js數字

    js數字只有一種類型:不是類型語言. js的數字可以使用科學計數法或者不使用科學計數法: js都是64位的, 如果是整數,(不使用科學計數法或者是小數點)最大15位的: 如果是浮點數,最大17位的,浮 ...

  10. Java之修改文件内容:字符串逐行替换

    依赖包: <dependency> <groupId>commons-io</groupId> <artifactId>commons-io</a ...