Xshell登陆服务器及Linux的简单命令

在之前的推文中，我已经给出了怎样利用Git登陆服务器”你在用xshell，putty登陆？推荐一个小工具(Git)登陆“其中包括xshell登陆服务器。今天讲讲常见的Linux命令，这个和之前将的利用Git中有很大一部分是一样的。

在命令中用到#井号表示注释，对该命令进行解释
#ls表示显示当前目录的文件
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ lsgenome  script1
#cd表示进入指定目录
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ cd genome/
smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ lsmuxu
#进入到上一级目录
#cd ..smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ cd ..
#夸目录对指定文件夹的文件进行演示
#ls
#ls genome/muxu/
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/gene_location.txt                   Mtruncatula_285_Mt4.0v1.cds.fa      Mtruncatula_285_Mt4.0v1.protein.fa  muxu_ofp_22_id.txt                  Mtruncatula_285_Mt4.0.fa            Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3   muxu.gff3                           smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/
#查看指定目录下文件：
less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less -SN genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
常用简单命令
#表示清除该行
ctrl+u
#表示清屏，并不是清除记录
ctrl+l
#创建一个名为smyang的文件夹
mkdir smyang
#删除文件夹
rm -r smyang
#创建一个文件smyang.txt并进行保存
vi smyang.txtihello mayishengxinEscshift+;wq
#删除文件
rm smyang.txt7
#显示当前文件ls
#进入上级目录
cd ..
#上上一级
cd ../../
#进入上两级
#显示指定目录下的文件
ls ./genome/10
#显示文件内容
less filename.txtless -SN filename.txt
在Linux中双击文件或者文件名表示复制，之后鼠标右键即可粘贴

#合并文件cat file1.txt file2.txt > all.txt#读取文件cat file.txt#查看文件有多少行wc -l file.txt
所以使用Git也是一样的，相当于模拟Linux环境，部分命令是可以使用的
#$ df -h
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
C:/Program Files/Git  100G   79G   22G  79% /
D:                    133G  104G   30G  79% /d
E:                    133G  106G   28G  80% /e
H:                    3.7T  2.9T  793G  79% /h
#当然wget也是可以用的，这个是在windows中，同样可以用wget
请参考：http://www.gzxuexi.xyz/?p=450
$ wget -h
GNU Wget 1.20.3, a non-interactive network retriever.
Usage: wget [OPTION]... [URL]...

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.

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BLAST比对得到目标序列，主要分为两步：建库和比对
建库
 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl  -out databasename
#-in 输入需要建库的数据
#-dbtype 输入建库的类型，如果是核酸就用nucl,如何是蛋白prot
#-out 输出建库的名称
比对
tblastn -query at_tps_pep.fa -out tps.fasta.bls -db transcript.fa -outfmt 6 -evalue 1e-10
#tblastn表示比对是蛋白比对到核酸数据库中
#-query表示需要比对的数据
#-out表示比对输出结果
#-db表示上一步建库的名称
-outfmt表示输出的格式
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