awk - group adjacent rows by identical columns
Liang always brings me interesting quiz questions. Here is one:
If i have a table like below:
chr1 113438 114495 1 chr1 114142 114143
chr1 113438 114495 2 chr1 114171 114172
chr1 170977 174817 1 chr1 171511 171512
chr1 170977 174817 2 chr1 171514 171515
chr1 170977 174817 2 chr1 173545 173546
and I would like to collapse the rows if the first 3 columns are identical to make the following output:
chr1 113438 114495 114142,114143,114171,114172
chr1 170977 174817 171511,171512,171514,171515,173545,173546
Is there any easy awk approach to do it?
Since I am so rusty at awk, I had to google around to find the solution:
awk -F '\t' '
$1FS$2FS$3==x{
printf ",%s,%s", $6, $7
next
}
{
x=$1FS$2FS$3
printf "\n%s\t%s,%s", x, $6, $7
}
END {
printf "\n"
}' test.txt
Assuming the input file is test.txt. Note that the input and output are both tab-separated.
Explanation:
x=$1FS$2FS$3: variable x stores the value of columns 1, 2, and 3 separated by field separator FS.
Print the first part of an output line (columns 1, 2, 3, 6, 7).
For next line, if columns 1, 2, and 3 equal x, print columns 6 and 7.
Group and then count:
https://stackoverflow.com/questions/14916826/awk-unix-group-by
have this text file:
name, age
joe,42
jim,20
bob,15
mike,24
mike,15
mike,54
bob,21
Trying to get this (count):
joe 1
jim 1
bob 2
mike 3
awk -F, 'NR>1{arr[$1]++}END{for (a in arr) print a, arr[a]}' file.txt
References:
http://azaleasays.com/2014/10/06/awk-group-adjacent-rows-by-identical-columns/
Group rows in text file and aggregate corresponding rows to column
keeping last record among group of records with common fields (awk)
awk - group adjacent rows by identical columns的更多相关文章
- openpyxl使用sheet.rows或sheet.columns报TypeError: 'generator' object is not subscriptable解决方式
解决方案: 因为新版本的openpyxl使用rows或者columns返回一个生成器所以可以使用List来解决报错问题 >>> sheet.columns[0] Traceback ...
- shell awk命令
语法: awk '{command}' filename 多个命令以分号分隔. awk 'BEGIN {command1} {command2} END{command3}' 注意:BEGIN , ...
- MySQL如何优化GROUP BY :松散索引扫描 VS 紧凑索引扫描
执行GROUP BY子句的最一般的方法:先扫描整个表,然后创建一个新的临时表,表中每个组的所有行应为连续的,最后使用该临时表来找到组 并应用聚集函数.在某些情况中,MySQL通过访问索引就可以得到结果 ...
- Crazy Rows
Problem You are given an N x N matrix with 0 and 1 values. You can swap any two adjacent rows of the ...
- 2009 Round2 A Crazy Rows (模拟)
Problem You are given an N x N matrix with 0 and 1 values. You can swap any two adjacent rows of the ...
- awk 输出前 N 列的最简单方法
最近遇到一种场景,需要输出一个文本信息的前 N 列. 众所周知 cut 可以指定分隔符并指定列的范围,如 cut -d' ' -f-4 就是以空格为分隔符输出前 4 列.但是 cut 的分隔符只能是一 ...
- Oracle 10gR2分析函数
Oracle 10gR2分析函数汇总 (Translated By caizhuoyi 2008‐9‐19) 说明: 1. 原文中底色为黄的部分翻译存在商榷之处,请大家踊跃提意见: 2. 原文中淡 ...
- [转帖]Introduction to text manipulation on UNIX-based systems
Introduction to text manipulation on UNIX-based systems https://www.ibm.com/developerworks/aix/libra ...
- R2—《R in Nutshell》 读书笔记(连载)
R in Nutshell 前言 例子(nutshell包) 本书中的例子包括在nutshell的R包中,使用数据,需加载nutshell包 install.packages("nutshe ...
随机推荐
- TCP连接图示
转移2018.4.6 自己总结绘图
- 54. Spiral Matrix(剑指offer 19)
Given a matrix of m x n elements (m rows, n columns), return all elements of the matrix in spiral or ...
- django后台的制作
参考:http://zengestudy.blog.51cto.com/1702365/1902660 http://www.cnblogs.com/fnng/p/3737964.html 实现与后台 ...
- 2-2:python之控制结构
一.程序流程图 1.用规定的一系列图形.流程线和文字说明算法从开始到结束全部步骤,包括基本操作和控制流程.2.流程图的基本元素包括: 1) 表示相应操作的框 2) 带箭头的流程线 3) 框内必要的文 ...
- Code Review(转)
Code Review是一种通过复查代码提高代码质量的过程,在XP方法中占有极为重要的地位,也已经成为软件工程中一个不可缺少的环节.本文通过对Code Review的一些概念和经验的探讨,就如何进行C ...
- FilenameFilter
Introduction: java.io.FileNameFilter is a interface which is for filtering by filename, if filename ...
- HttpServletRequestWrapper
1). why 需要改变从 Servlet 容器 (可能是任何的 Servlet 容器)中传入的 HttpServletRequest 对象的某个行为,该怎么办? 一. 继承 HttpServletR ...
- flask 对URL进行安全验证
对URL进行安全验证 虽然我们已经实现了重定向会上一个页面的功能,但是安全问题不容忽视,鉴于referer和next容易被串篡改的特性,我们需要对这些值进行验证,否则会形成开放重定向漏洞 以URL ...
- jenkins2
创建工程 Eclipse创建工程:注意工程的路径,不是/home/svn,这个是svn的根目录. 是工程上传的路径,Apple直接下面有pom文件. 创建工程,创建一个任务就是创建一个工程. 需要注意 ...
- 大神教你Nginx常用基础配置方案
Nginx的fastcgi模块参数设置 Nginx 有两个配置文件fastcgi_params.fastcgi.conf,两者唯一的区别是,fastcgi.conf 多一个参数 SCRIPT_FILE ...