TrimGalore

就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用。

因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头、trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。

想自动化?trim_galore 完美的符合了你的需求,无需自己去查接头,全自动质量过滤,噢耶。

还能和mutilqc完美对接,生成网页版报告。

使用比较简单直接:

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

其他参数无需选择,默认的就可以了,是不是十分之自动化。  

参见说明文档

质控工具之TrimGalore使用方法的更多相关文章

  1. Java 使用Redis缓存工具的图文详细方法

    开始在 Java 中使用 Redis 前, 我们需要确保已经安装了 redis 服务及 Java redis 驱动,且你的机器上能正常使用 Java. (1)Java的安装配置可以参考我们的 Java ...

  2. Java基础知识强化之集合框架笔记33:Arrays工具类中asList()方法的使用

    1. Arrays工具类中asList()方法的使用 public static <T> List<T> asList(T... a): 把数组转成集合 注意事项: 虽然可以把 ...

  3. Linux性能分析工具与图形化方法

    欢迎大家前往腾讯云+社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~. 作者:赵坤|腾讯魔王工作室后台开发工程师 在项目开发中,经常会遇到程序启动时间过长.CPU使用率过高等问题,这个时候需要依靠性能分析工具来 ...

  4. Hutool工具里,POST方法,body中传参的几种调用方法

    接口说明: POSTMAN测试: JAVA代码: package com.provy.guard.api; import java.util.HashMap; import java.util.Map ...

  5. WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍

    这篇文章主要介绍了WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍,WQL是指Windows管理规范查询语言,需要的朋友可以参考下 WQL就是WMI中的查询语言,WQL的全称是W ...

  6. MYSQL 命令行工具自动登录的方法

    MYSQL 命令行工具自动登录的方法 1. 需求提出 由于在linux 环境下,经常需要使用mysql(command-line tool) 终端连接到MYSQL DB服务. 其中大致的语法如下: m ...

  7. 数据库管理工具navicat基本使用方法——以MySql为例

    mysq数据库管理工具navicat基本使用方法 https://www.cnblogs.com/neuedu/p/5876874.html

  8. 工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合

    工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合 不能使用其修改集合相关的方法,它的add/remove/clear方法会抛出UnsupportedOperationException() 问 ...

  9. nmap端口扫描工具安装和使用方法

    nmap(Network Mapper)是一款开源免费的针对大型网络的端口扫描工具,nmap可以检测目标主机是否在线.主机端口开放情况.检测主机运行的服务类型及版本信息.检测操作系统与设备类型等信息. ...

随机推荐

  1. Vijos 1308 埃及分数 - 迭代加深

    描述 在古埃及,人们使用单位分数的和(形如1/a的, a是自然数)表示一切有理数.如:2/3=1/2+1/6,但不允许2/3=1/3+1/3,因为加数中有相同的.对于一个分数a/b,表示方法有很多种, ...

  2. 【Python57--正则1】

    一.正则表达式匹配IP地址 1.search()方法:用于在字符串中搜索正则表达式模式第一次出现的位置 >>> import re >>> re.search(r' ...

  3. NetworkExtension

    一, 按照网上的方法: iOS 无法获取 WiFi 列表?一定是因为你不知道这个框架 提交了申请.两个小时候后苹果回应邮件.意思就是如果只是使用 App Proxy, Content Filter, ...

  4. 关于python hashlib模块的使用

    hashlib hashlib主要提供字符加密功能,将md5和sha模块整合到了一起,支持md5,sha1, sha224, sha256, sha384, sha512等算法 #!/usr/bin/ ...

  5. uniGUI试用笔记(三)

    uniGUI下的MessageDlg使用发生了变化,最大的特点是: 1.成为了uniGUIForm的成员函数: 2.变成过程(procedure)了,也就是没有返回值了,使得程序不再具有线程阻塞性. ...

  6. Delphi XE5 for Android (十)

    我觉得Delphi最强大的的功能之一就是开发数据库三层应用的DataSnap,在Android上的实现,首先是完成服务器的设计: (1)利用向导完成DataSnap服务器的框架,如下图: 由于是实验, ...

  7. Materialize和Material Design Lite的区别

    Material Design Lite是google官方库,Materialize是第三方 Material Design Lite不依赖jquery,Materialize依赖jquery Mat ...

  8. SpringBoot 利用过滤器Filter修改请求url地址

    要求: 代码中配置的url路径为http://127.0.0.1/api/associates/queryAssociatesInfo 现在要求http://127.0.0.1/associates/ ...

  9. mybatis动态传入表名、列名

    原文:http://luoyu-ds.iteye.com/blog/1517607 要实现动态传入表名.列名,需要做如下修改 添加属性statementType=”STATEMENT” (可省略) 同 ...

  10. PowerDesigner使用方法入门学习

    [转载:https://www.cnblogs.com/biehongli/p/6025954.html] 1:入门级使用PowerDesigner软件创建数据库(直接上图怎么创建,其他的概念知识可自 ...