TrimGalore

就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。

因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。

想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。

还能和mutilqc完美对接，生成网页版报告。

使用比较简单直接：

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

其他参数无需选择，默认的就可以了，是不是十分之自动化。　　

参见说明文档

质控工具之TrimGalore使用方法的更多相关文章

  1. Java 使用Redis缓存工具的图文详细方法

    开始在 Java 中使用 Redis 前, 我们需要确保已经安装了 redis 服务及 Java redis 驱动,且你的机器上能正常使用 Java. (1)Java的安装配置可以参考我们的 Java ...

  2. Java基础知识强化之集合框架笔记33：Arrays工具类中asList()方法的使用

    1. Arrays工具类中asList()方法的使用 public static <T> List<T> asList(T... a): 把数组转成集合 注意事项: 虽然可以把 ...

  3. Linux性能分析工具与图形化方法

    欢迎大家前往腾讯云+社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~. 作者:赵坤|腾讯魔王工作室后台开发工程师 在项目开发中,经常会遇到程序启动时间过长.CPU使用率过高等问题,这个时候需要依靠性能分析工具来 ...

  4. Hutool工具里，POST方法，body中传参的几种调用方法

    接口说明: POSTMAN测试: JAVA代码: package com.provy.guard.api; import java.util.HashMap; import java.util.Map ...

  5. WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍

    这篇文章主要介绍了WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍,WQL是指Windows管理规范查询语言,需要的朋友可以参考下 WQL就是WMI中的查询语言,WQL的全称是W ...

  6. MYSQL 命令行工具自动登录的方法

    MYSQL 命令行工具自动登录的方法 1. 需求提出 由于在linux 环境下,经常需要使用mysql(command-line tool) 终端连接到MYSQL DB服务. 其中大致的语法如下: m ...

  7. 数据库管理工具navicat基本使用方法——以MySql为例

    mysq数据库管理工具navicat基本使用方法 https://www.cnblogs.com/neuedu/p/5876874.html

  8. 工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合

    工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合 不能使用其修改集合相关的方法,它的add/remove/clear方法会抛出UnsupportedOperationException() 问 ...

  9. nmap端口扫描工具安装和使用方法

    nmap(Network Mapper)是一款开源免费的针对大型网络的端口扫描工具,nmap可以检测目标主机是否在线.主机端口开放情况.检测主机运行的服务类型及版本信息.检测操作系统与设备类型等信息. ...

随机推荐

  1. 在C#中使用OpenCV（使用OpenCVSharp）

    在C#中使用OpenCV(使用OpenCVSharp) 1.什么是OpenCVSharp       为了解决在Csharp下编写OpenCV程序的问题,我做过比较深入的研究,并且实现了高效可用的方法 ...

  2. 20165310 《Java程序设计》课程总结

    20165310 <Java程序设计>课程总结 一.每周作业及实验报告博客链接汇总 预备作业一:我期望的师生关系 20165310 我期望的师生关系 预备作业二:学习基础和C语言基础调查 ...

  3. scrapy 关于特殊字符的处理

    今天scrapy 发送一段url的时候,如下 http://apis.map.qq.com/lbscloud/v1/poi/search?poi_table=gas_station&key=R ...

  4. Python3基础 list insert 在指定位置挤入一个元素

             Python : 3.7.0          OS : Ubuntu 18.04.1 LTS         IDE : PyCharm 2018.2.4       Conda ...

  5. 【lg1799】数列

    题目描述 虽然msh长大了,但她还是很喜欢找点游戏自娱自乐.有一天,她在纸上写了一串数字:1,l,2,5,4.接着她擦掉了一个l,结果发现剩下l,2,4都在自己所在的位置上,即1在第1位,2在第2位, ...

  6. P2761 软件补丁问题

    P2761 软件补丁问题 思路 貌似不用网络流,直接状态压缩 用spfa跑最短路,直接判断是否能过 位运算太渣了,WA了好几发 代码 #include <bits/stdc++.h> us ...

  7. 深度学习课程笔记（二）Classification： Probility Generative Model

    深度学习课程笔记(二)Classification: Probility Generative Model  2017.10.05 相关材料来自:http://speech.ee.ntu.edu.tw ...

  8. [AtCode 4104] Small and Large Integers

    题目链接:https://abc093.contest.atcoder.jp/tasks/abc093_b?lang=en 这个题虽然很水,但是还是很容易踩坑,比如我,直接想到了[b,a]之间的长度和 ...

  9. 常用模块(json/pickle/shelve/XML)

    一.json模块(重点) 一种跨平台的数据格式 也属于序列化的一种方式 介绍模块之前,三个问题: 序列化是什么? 我们把对象(变量)从内存中变成可存储或传输的过程称之为序列化. 反序列化又是什么? 将 ...

  10. 1-2、LVS之Linux集群系统基础

    Linux Cluster: 为了满足同一目的的需要,将多台主机组织起来解决统一问题的计算机的集合叫集群 Web Arch 虚拟化和云计算 自动化运维工具:ansible, puppet, zabbi ...