TrimGalore

就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。

因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。

想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。

还能和mutilqc完美对接，生成网页版报告。

使用比较简单直接：

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

其他参数无需选择，默认的就可以了，是不是十分之自动化。　　

参见说明文档

质控工具之TrimGalore使用方法的更多相关文章

  1. Java 使用Redis缓存工具的图文详细方法

    开始在 Java 中使用 Redis 前, 我们需要确保已经安装了 redis 服务及 Java redis 驱动,且你的机器上能正常使用 Java. (1)Java的安装配置可以参考我们的 Java ...

  2. Java基础知识强化之集合框架笔记33：Arrays工具类中asList()方法的使用

    1. Arrays工具类中asList()方法的使用 public static <T> List<T> asList(T... a): 把数组转成集合 注意事项: 虽然可以把 ...

  3. Linux性能分析工具与图形化方法

    欢迎大家前往腾讯云+社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~. 作者:赵坤|腾讯魔王工作室后台开发工程师 在项目开发中,经常会遇到程序启动时间过长.CPU使用率过高等问题,这个时候需要依靠性能分析工具来 ...

  4. Hutool工具里，POST方法，body中传参的几种调用方法

    接口说明: POSTMAN测试: JAVA代码: package com.provy.guard.api; import java.util.HashMap; import java.util.Map ...

  5. WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍

    这篇文章主要介绍了WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍,WQL是指Windows管理规范查询语言,需要的朋友可以参考下 WQL就是WMI中的查询语言,WQL的全称是W ...

  6. MYSQL 命令行工具自动登录的方法

    MYSQL 命令行工具自动登录的方法 1. 需求提出 由于在linux 环境下,经常需要使用mysql(command-line tool) 终端连接到MYSQL DB服务. 其中大致的语法如下: m ...

  7. 数据库管理工具navicat基本使用方法——以MySql为例

    mysq数据库管理工具navicat基本使用方法 https://www.cnblogs.com/neuedu/p/5876874.html

  8. 工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合

    工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合 不能使用其修改集合相关的方法,它的add/remove/clear方法会抛出UnsupportedOperationException() 问 ...

  9. nmap端口扫描工具安装和使用方法

    nmap(Network Mapper)是一款开源免费的针对大型网络的端口扫描工具,nmap可以检测目标主机是否在线.主机端口开放情况.检测主机运行的服务类型及版本信息.检测操作系统与设备类型等信息. ...

随机推荐

  1. Codeforces 822D My pretty girl Noora - 线性筛 - 动态规划

    In Pavlopolis University where Noora studies it was decided to hold beauty contest "Miss Pavlop ...

  2. topcoder srm 520 div1

    problem1 link 设$f[i][j][k]$表示考虑了前$i$道题,剩下时间为$j$,剩下技能为$k$的最大得分． 从小到大计算二元组$(j,k)$的话,在存储上可以省略掉$i$这一维． p ...

  3. C语言 字符串大小写转换 自定义函数

    #include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include <string.h> char * strtolower(char * ...

  4. web前端关于html转义符的常用js函数

    web前端关于html转义符的常用js函数 //去掉html标签 function removeHtmlTab(tab) { return tab.replace(/<[^<>]+? ...

  5. TCP/UDP协议、理解三次握手四次挥手、Socket

    一.什么是socket? 中文名叫套接字,是对底层的 TCP IP UDP 等网络协议进行封装,使得上层的应用程序开发者,不用直接接触这对复杂,丑陋的协议. 在程序员的言论,他就是一个封装好的模块,要 ...

  6. 51nod 1215 数组的宽度（单调栈）

    http://www.51nod.com/onlineJudge/questionCode.html#!problemId=1215 题意: 思路: 计算出以第i个数为最大值的区间范围,l_max[i ...

  7. Perl中命令行参数以及打开管道文件

    打开管道文件   Linux提供了管道机制,可以方便应用程序之间的数据传递.在Perl中,扣开和使用管道可采用如下形式的open函数:   open(Filehandle,”丨 CMD”);   其中 ...

  8. snakemake使用笔记

    snakemake是一个用来编写任务流程的工具,用python编写的,因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂,易于理解. 一.从一个简单的例子开始 1.安装snakemake 安装snakemake的方法 ...

  9. 每日质量NPM包-classnames

    一.classnames 现在到处都追求效率开发,所谓存在即合理,各种各样的开源包/项目火热,也是因为他们大大解决了之前复杂的逻辑.作为榜上前10的热门包:classnames.还真需要了解了解它才能 ...

  10. mongdb学习笔记

    1.MongoDB是一个介于关系数据库和非关系数据库之间的产品,是非关系数据库当中功能最丰富,最像关系数据库的 2.支持动态查询 3.使用高效的二进制数据存储,包括大型对象(如视频等) 4.文件存储格 ...