质控工具之TrimGalore使用方法
就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用。
因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头、trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。
想自动化?trim_galore 完美的符合了你的需求,无需自己去查接头,全自动质量过滤,噢耶。
还能和mutilqc完美对接,生成网页版报告。
使用比较简单直接:
trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2
其他参数无需选择,默认的就可以了,是不是十分之自动化。
参见说明文档
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