awk多文件处理时的分隔符？

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问题来源

我有两个文件，一个是plink过滤后得到的.fam文件（空格分隔）；另一个是样本对应关系文件（tab分隔）。

文件1：



文件2：

两个文件匹配，awk常规操作。这里我想要保留文件2中和文件1第一二列匹配得到的样本（匹配后文件2的第一列）。当然这里两个文件数目是一样的，所以应该全部匹配才对（测试用）。

常规操作：

awk  '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' file1.fam file2

发现少了两个样本，空格符分开的两个样。

定义下输入（FS）输出（OFS）：

awk -v FS=' '  -v OFS='\t' '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' file1.fam file2

结果是一样的，因为输入的分隔符一样。

当空白格和tab同时存在时，如何定义？如何得到正确的结果？

解决方法

在对应文件前分别指定FS即可。

awk  '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' FS=" " file1.fam FS="\t" file2

https://stackoverflow.com/questions/24516141/processing-2-files-with-different-field-separators-using-awk