20、BLAST比对及结果介绍

1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T01_db

2、blastall -p blastn -d T01_db -i T01.fasta -o T01_out &

blastall -p blastn -d T01 -i query.fa -o T01_out -m 8

formatdb -i collapsed.fa -p F -n T03  &&  blastall -p blastn -d T03 -i query_1.fa -o T03_out -m 8 -b 1 -v 1 -e 1e-5

3、结果文件（转载http://www.bbioo.com/experiment/24-112118-1.html）

3.1. 结果文件的结构一个BLAST的结果文件，大致结构如下：

每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。接下来包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：
Query information
Sequences producing significant alignments
Subjects
Query information是对一个query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是对所有subjects的简要list。每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。

3.2. header

每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。

blast结果解读-header

3.3. Query

每个blast结果文件包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：
Query information
Sequences producing significant alignments
Subjects

blast结果解读-Query

3.4. Query information

Query information是对一个query 序列的基本信息描述。该部分包括
? Name：Fasta序列对于序列描述的部分（见本文档section1.2部分说明）
? Accession：接收号，或者location
? Description：序列描述
? Length：序列的长度
? Database：用户使用的数据库信息

3.5. Sequences producing significant alignments

该处的信息是所有subjects的简要list。

blast结果解读-subjects list

3.6. Subjects

每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。每个subject部分包括
? Subject序列信息
? 一个或多个alignment

3.7. Subject序列信息

Subject序列信息包括该序列的：
? Name：Fasta序列对于序列描述的部分
? Accession：接收号，或者location
? Description：序列描述
? Length：序列的长度

BLAST-subjects

3.8. Alignment

一个query序列和一个subject序列的比对结果，可能是一个或多个alignment，每个alignment包括如下信息，其中strand，frame和positives三项，随着所用blast程序的不同而有变动：
? Score：281
? Expect：2e-54
? Percent_identity
? Identities
? bits ：110
? Length
? Mismatches= Length – Identities
? Gaps：为空时，Gaps=0
? Strand （blastn）
? Frame （blastx，tblastn，tblastx）
? Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx)
? Query_start
? Query_end
? Subject _start
? Subject _end

BLAST-subjects

3.9. 数据结构总结

比对结果分三个层次
Query下面有一个或者多个Subject，一个Subject下面有多个Alignments。
Query 从“Query=” 开始到下一个 “Query=”或者文件结束
Subject 从“>”开始到下一个“>”或者“Query=”或者文件结束
Alignment 从“Score =”开始到下一个“Score =”或“>”或者“Query=”或者文件结束。