1.提取gff文件中的HLA基因的相关bed文件。

gff的格式：

zcat *gz|gawk 'BGIN{FS="\t";OFS="\t"}$3=="gene"{match($9,/gene_name([^;]+)/,a);if(a[1]~/HLA-/){print $1,$4,$5,a[1]}}'

chr6 29722775 29738528 "HLA-F"

chr6	29726601	29749049	"HLA-F-AS1"

chr6	29790954	29797811	"HLA-V"

chr6	29800415	29802425	"HLA-P"

chr6	29826967	29831125	"HLA-G"

chr6	29887752	29890482	"HLA-H"

chr6	29896654	29897786	"HLA-T"

chr6	29926459	29929232	"HLA-K"

chr6	29934101	29934286	"HLA-U"

chr6	29941260	29945884	"HLA-A"

chr6	29956596	29958570	"HLA-W"

chr6	30005971	30009956	"HLA-J"

chr6	30259584	30293014	"HLA-L"

chr6	30351416	30351550	"HLA-N"

chr6	30489467	30494205	"HLA-E"

chr6	31268749	31272130	"HLA-C"

chr6	31269491	31357188	"HLA-B"

　　

使用awk来提取内容的更多相关文章

  1. pyhanlp 共性分析与短语提取内容详解

    pyhanlp 共性分析与短语提取内容详解   简介 HanLP中的词语提取是基于互信息与信息熵.想要计算互信息与信息熵有限要做的是 文本分词进行共性分析.在作者的原文中,有几个问题,为了便于说明,这 ...

  2. sed（查找替换） 与awk（提取字段）

    通常: sed 处理列  awk处理行 比较方便 Sed是一个基本的查找替换程序     sed -i   "s/^@//g"     文件  #原地操作原文件,进行替换 cat ...

  3. Matches正则使用提取内容

    用VS新建WinForm程序,窗体上是三个文本框和一个按钮.可以自己构造正则表达式,自己修改匹配内容 正则表达是要提取的部分为hewenqitext 代码如下: using System; using ...

  4. Word,Excel,pdf,txt等文件上传并提取内容

    近期项目需求:1.要用到各种文件上传,下载. 2.并对文件进行搜索. 3.仅仅要文件里包括有搜索的内容,所有显示出来. 今天正好有时间整理一下,方便以后阅读,及对须要用到的朋友提供微薄之力.首先在实现 ...

  5. 【awk】提取文件第一列

    生信数据文件一般是按列分开的,如果我们只想简单的提取一列而不是费尽周折写个程序提取哪一列的话,awk作为一个非常好用的文档处理工具,我们现在来简单看一下他的一些功能: awk '{print $1}' ...

  6. 使用sort&awk实现文件内容块排序

    源文件为: [root@luo5 wangxx]# cat -v luo.txt J LuoSoutth jfsaNanjing,china Y ZhangVictory UniversityNejf ...

  7. awk输出匹配内容的所在列数

    想要知道 TCPAbortFailed 所在列数 cat /proc/net/netstat  > test awk '/TCPAbortFailed/ {for (i=1;i<=NF;i ...

  8. js 正则表达式提取内容

    var wlan = /([a-zA-Z0-9]+)\s+Scan completed :/ var current_wlan="" if (line.match("Sc ...

  9. javascript使用正则表达式，从字符串提取内容，多数组解析

    JavaScript有两种方式创建一个正则表达式: 第一种方式是直接通过/正则表达式/写出来,第二种方式是通过new RegExp('正则表达式')创建一个RegExp对象. 如: var re1 = ...

随机推荐

  1. JavaScript 代码块

    JavaScript 语句通过代码块的形式进行组合. 块由左花括号开始,由右花括号结束. 块的作用是使语句序列一起执行. JavaScript 函数是将语句组合在块中的典型例子. 下面的例子将运行可操 ...

  2. 图像sift配准后融合

    image rectification 图像校正 在配准时,先找到特征点,找到特征点后剔除伪匹配点. 然后针对两幅图像做几何矫正(一般通过估计出来的仿射矩阵完成). 这部完成后,图像可以匹配了,但是两 ...

  3. mac安装以及删除mysql5.7

    关于msyql5.7,安装时最大的改变就是有了一个默认密码 我安装的是mysql-5.7.17-macos10.12-x86_64.dmg 和mysql-workbench-community-6.3 ...

  4. 1282 时钟(最小表示法+hash)

    1282 时钟 题目来源: Codility 基准时间限制:1 秒 空间限制:131072 KB 分值: 40 难度:4级算法题 有N个时钟,每个时钟有M个指针,P个刻度.时钟是圆形的,P个刻度均分整 ...

  5. Consul文档收藏

    英文:https://www.consul.io/intro/getting-started/install.html 中文:http://www.liangxiansen.cn/2017/04/06 ...

  6. 巨蟒python全栈开发flask1

    1.整体把握 (1)路飞学城 - RestAPI 前后端分离开发 Django Vue.js - DRF DjangoRestFromwork - 线上商城的经验 (2)智能玩具 - RestAPI ...

  7. Magic Cast Method in Java Magic Trick In Java

    https://www.atlassian.com/blog/archives/magic_trick_in_java https://www.gamlor.info/wordpress/2010/1 ...

  8. JavaScript数据结构与算法-字典练习

    字典的实现 // 字典类 function Dictionary () { this.add = add; this.dataStore = new Array(); this.find = find ...

  9. jQuery改变CSS使DIV显示

    HTML: <div id="mazey" style="display:none;">www.mazey.net</div> jQue ...

  10. Java关键字this

    Java关键字this只能用于方法方法体内.当一个对象创建后,Java虚拟机(JVM)就会给这个对象分配一个引用自身的指针,这个指针的名字就是 this.因此,this只能在类中的非静态方法中使用,静 ...