用blastn比对自己建立的数据库

自己感兴趣的一些序列作为数据库，然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中。

1.用fasta文件创建blast数据库

makeblastdb
-in input_file
-input_type type   #输入的文件类型：String, `asn1_bin', `asn1_txt',
                               `blastdb', `fasta'
-dbtype molecule_type #要生成的数据库类型：String, `nucl', `prot'
-title database_title
-parse_seqids  #保持fasta文件内的序列名，否则程序会给它重新安排一个名词。
-out database_name
   

2.然后用blastn比对

blastn
-query #要比对的文件，接收fasta文件。
-db #要比对的数据库，用makeblastdb生成数据库会产生6个文件，只要写数据库的名词即可，后缀不要写。
-out #输出文件