MAGENTA: Meta-Analysis Gene-set Enrichment of variaNT Associations
MAGENTA是一款计算工具,利用全基因组遗传数据,计算预先设定的涉及生物过程或者功能性基因集在遗传相关性的富集程度。开发的目的是分析基因型不是现成的数据集,比如大型的全基因组关联荟萃分析。在以下两种情况下可以使用:1,检验某个特定的假设;2,通过检测一系列已知的生物基因集(从不同的公共数据库提供的通路)提出某个假设。
输入文本格式:变体相关的P值和它们的染色体位置(数据从全基因组关联分析文件或者荟萃分析文件获得)
输出文本格式:针对给定的基因集或通路,计算出基因集富集分析后的P值和错误发现率(false discovery rate),附加信息有:在此富集阈值(cutoff)下,期望和观察到的基因数目。
工具地址:https://software.broadinstitute.org/mpg/magenta/
MAGENTA: Meta-Analysis Gene-set Enrichment of variaNT Associations的更多相关文章
- GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析. ...
- FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans
好文献非常难得,提供了核心的研究思路. FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入 ...
- 文献笔记:Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease
该文献纳入了EGG(Early Growth Genetics Consortium)和UK biobank两大数据库,分为欧洲祖先和非欧洲祖先群体.这两个数据用到的样本量分别如下: Early Gr ...
- Bioinfomatics dataset
##Genomic sequence variation ###1000 Genomes Projecthttp://www.1000genomes.org/Data collection and a ...
- GWAS这十年 | 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation
相关文章: A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了,不得不单独拿出来分析一 ...
- (转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过 ...
- 利用GSEA对基因表达数据做富集分析
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a p ...
- GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清 ...
- KOBAS
1. What is KOBAS 3.0? KOBAS (KEGG Orthology Based Annotation System) is a web server for gene/protei ...
随机推荐
- MAGIC XPA最新版本Magic xpa 2.4c Release Notes
New Features, Feature Enhancements and Behavior ChangesSubforms – Behavior Change for Unsupported Ta ...
- CPU阿甘:函数调用的秘密
个人感言:真正的知识是深入浅出的,码农翻身" 公共号将苦涩难懂的计算机知识,用形象有趣的生活中实例呈现给我们,让我们更好地理解.感谢"码农翻身" 公共号,感谢你们的成果, ...
- JQuery lhgdialog使用
jQuery方式调用 J ); testDG4.SetPosition( 'center', 'center' );}; var testDG4 = J('#btn26').dialog({ id:' ...
- Java开发环境配置
JDK下载地址: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html 安装:双击exe文件一直下一步就Ok了. 环境变 ...
- HTTP服务&Ajax编程知识点导图
- oracle 客户端单独配置
本文目的是在CentOS 5.3上安装Oracle 11.2 instant client来访问远端的Oracle 10.2数据库,笔者测试通过,应该也适用于Redhat Linux 5.x ...
- django权限控制
django 权限机制的实现: http://blog.igevin.info/posts/django-permission/
- CentOS平台部署vsftp(基于虚拟用户)
1. 安装FTP 1 2 [root@task ~]# yum install vsftpd –y [root@task ~]# chkconfig vsftpd on # 配置开机 ...
- svg绘制圆弧
<!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <title> ...
- win7 下加载MSCOMCTL.OCX
cd C:\Windows\System32"C:\Windows\Microsoft.NET\Framework64\v4.0.30319\regtlibv12.exe" msd ...