TCGA三个在线可视化网站
1.>c-Bioportal: www.cbioportal.org
整合和简化了包括TCGA,ICGC以及GEO等多个癌症基因组数据库的内容,提供友好可视化的界面,可供下载。
主要展示基因的somatic 突变谱,拷贝数变化,mRNA&miRNA表达量变化,DNA甲基化以及蛋白质表达的情况,并结合患者的临床资料,展示了KM生存曲线。
2.>OncoLnc: www.oncolnc.org
这是一个整合了TCGA的各种RNA数据和患者临床数据,提供生存分析的网站,灰常简单好用。
3.>MEXPRESS:mexpress.be/about
整合了TCGA中的DNA甲基化,表达量及临床数据,主要用来探索甲基化,基因表达和临床表型之间的关联,看界面也很友好
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