几个参考：

java调用shell http://www.cnblogs.com/Seamanm/archive/2010/10/04/1842059.html

java程序中调用linux命令   http://wangbaoaiboy.blog.163.com/blog/static/52111910201111892938552/

Java SSH远程执行Shell脚本实现 http://www.pin5i.com/showtopic-java-ssh-shell.html

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