mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。

详情请大力戳这里

0 输入文件说明

mVISTA 需要输入的文件有如下几类

必须文件

• 邮箱
• fasta格式序列文件（或者GENBANK identifier）
  
  上传文件不得> 10 Mb

可选文件

• 比对程序 (一般选第3个即可)
  
  a. AVID
  
  b. LAGAN
  
  c. Shuffle-LAGAN
• 序列名称（序列名称会显示在结果图片中）
• 注释文件 （添加注释文件，可显示在结果图片中）
  
  注释文件格式如下

< 106481 116661 gene1
106481 106497 utr
107983 108069 exon
109884 110033 exon
111865 112023 exon 

> 39424 42368 gene2
39424 39820 exon
41401 42368 exon

> 77817 81088 gene3
77817 78820 utr
79538 80107 exon

给出基因的起始，终止坐标； '>', '<'表示正负链，外显子用exon表示；UTRs使用utr显示即可。

上述格式文件可以通过 Ensembl genome browser快速导出具体请看http://genome.lbl.gov/vista/mvista/instructions.shtml#pdf

• 重复序列屏蔽 （是否进行屏蔽，如果否，则选择one-celled/do not mask）
• 反向互补序列 （如果么有得到同源行较好的结果，可以选择该参数）
• Regulatory VISTA (rVISTA) access (可用于预测转录因子结合位点，最大文件20k)

1 简单操作

选择3个测试数据进行检验

Step 1 选择比对序列条数

Step 2 上传序列以及注释文件并提及即可

其中注释文件的格式利用脚本进行转换（脚本进行稍微修改,省下自己写,感谢好人），即注意正负链，以及换行。上传ref的注释文件即可。

2 结果

结果则会得到3中类型文件

• TxtBrowse： 详细记录比对信息, 保守序列等
• Vista Browser: 交互的可视化工具
• PDF: 比对结果可视化
  
  在表格最下面，有一个链接可调节可视化，保守序列的参数

点击pdf，可查看比对结果，如下所示

其中CNS：保守非编码序列 (conserved non-coding sequences)

欢迎扫码交流