当innodb_file_per_table设置为OFF,那么所有数据将被存储在ibdata文件。如果删除一些数据和删除一些表则没有回收未使用的磁盘空间,除了导出表然后再导入的方法来回收表空间大小,除此之外没有任何其他的方法。
当innodb_file_per_table设置为ON时,每个表中存储的数据和索引在它自己的表空间文件。但是,共享表空间的ibdata1仍然在增长,为什么呢?因为ibdata1中依然有:

(1)data dictionary aka metadata of InnoDB tables

(2)change buffer

(3)doublewrite buffer

(4)undo logs

更为详细的介绍请各位童鞋阅读此文章
http://www.mysqlperformanceblog.com/2013/08/20/why-is-the-ibdata1-file-continuously-growing-in-mysql/

当你删除表中一些记录时,他们只是在磁盘上标记为删除,但空间会由以后可以重复使用,当插入/更新多个行,但它永远不会被回收。
但是,如果设置innodb_file_per_table为ON,即使用独立表空间,那么可以通过在该表运行OPTIMIZE TABLE回收空间。 OPTIMIZE TABLE将创建一个新的相同的空表。然后,它会通过行数据复制一行从旧表到新的表。在这个过程中一个新的。 ibd表空间将被创建和空间将被回收。

具体的我们来看一个例子:

mysql> select count(*) from salaries;
+----------+
| count(*) |
+----------+
| 2844047 |
+----------+
1 row in set (0.00 sec) mysql>
[root@localhost ~]# ls -lh /data/mysql/employees/salaries.ibd
-rw-rw---- mysql mysql 140M Mar : /data/mysql/employees/salaries.ibd
[root@localhost ~]#
mysql> delete from salaries limit 2000000;
Query OK, 2000000 rows affected (37.50 sec) mysql> select count(*) from salaries;
+----------+
| count(*) |
+----------+
| 844047 |
+----------+
1 row in set (0.13 sec) mysql>
[root@localhost ~]# ls -lh /data/mysql/employees/salaries.ibd
-rw-rw---- mysql mysql 140M Mar : /data/mysql/employees/salaries.ibd
[root@localhost ~]#

可以看见虽然删除200w记录后,但是ibd文件并没有减小,还是140M。

mysql> optimize table salaries;
+--------------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
| Table | Op | Msg_type | Msg_text |
+--------------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
| employees.salaries | optimize | note | Table does not support optimize, doing recreate + analyze instead |
| employees.salaries | optimize | status | OK |
+--------------------+----------+----------+-------------------------------------------------------------------+
2 rows in set (7.89 sec) mysql>
[root@localhost ~]# ls -lh /data/mysql/employees/salaries.ibd
-rw-rw---- mysql mysql 48M Mar : /data/mysql/employees/salaries.ibd
[root@localhost ~]#

在OPTIMIZE 优化表后,可以回收空间。正如你看到的,salaries.ibd文件的大小减小从140M减小到48M。
我想在这里提一提,在这个过程中该表将被锁定(Table locked for just Writes),当操作比较大的表时,这会影响性能,数据无法写入。所以,如果不想要锁定表,我们可以使用Percona的pt-online-schema-change。它可以改变表的存储引擎并且不会锁表。可以使用ALTER TABLE ENGINE=INNODB,这将重新创建表并回收空间。

mysql> select count(*) from  salaries;
+----------+
| count(*) |
+----------+
| 2844047 |
+----------+
1 row in set (0.00 sec) mysql> delete from salaries limit 2000000;
Query OK, 2000000 rows affected (21.88 sec) mysql> \! ls -lh /data/mysql/employees/salaries.ibd
-rw-rw---- 1 mysql mysql 140M Mar 27 00:21 /data/mysql/employees/salaries.ibd

接下来使用pt-online-schema-change回收空间:

[root@localhost ~]# pt-online-schema-change --alter "ENGINE=InnoDB" D=employees,t=salaries --execute
Operation, tries, wait:
copy_rows, , 0.25
create_triggers, ,
drop_triggers, ,
swap_tables, ,
update_foreign_keys, ,
Altering `employees`.`salaries`...
Creating new table...
Created new table employees._salaries_new OK.
Altering new table...
Altered `employees`.`_salaries_new` OK.
--27T00:: Creating triggers...
--27T00:: Created triggers OK.
--27T00:: Copying approximately rows...
--27T00:: Copied rows OK.
--27T00:: Swapping tables...
--27T00:: Swapped original and new tables OK.
--27T00:: Dropping old table...
--27T00:: Dropped old table `employees`.`_salaries_old` OK.
--27T00:: Dropping triggers...
--27T00:: Dropped triggers OK.
Successfully altered `employees`.`salaries`.
[root@localhost ~]# ls -lh /data/mysql/employees/salaries.ibd
-rw-rw---- mysql mysql 48M Mar : /data/mysql/employees/salaries.ibd
[root@localhost ~]#

可以看见已经成功释放空间。从140M缩小到48M

使用该工具需要注意:

请确保有足够的空间运行pt-online-schema-change,因为它会创建一个包含原始表的大小大致相同的临时表。在主的操作会应用到从服务器!(假如你是主从环境)

参考资料:

http://www.mysqlperformanceblog.com/2013/09/25/how-to-reclaim-space-in-innodb-when-innodb_file_per_table-is-on/

http://www.percona.com/doc/percona-toolkit/2.1/pt-online-schema-change.html

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