PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx

生物信息学软件：

NCBI：BLAST，设定k-mer

默认是全局比对，Blastn是局部比对。

PSI-BLAST最灵敏的BLAST，选中部分矩阵后在数据库中查找相应蛋白。

PHI-BLAST找氨基酸motif ，参数有-db 数据库，-query 输入文件，-cut输出文件

Ensembl模式生物数据库；biomark

UCSC genome browser,各种基因组参数：CG content等可以展开。

Ebi：ensembl也在其中。

一个gene：

DNA水平：基因名字UCSC找位置，找染色体区域，看该位置的gene family情况，（在同一区域内的gene family成员比较相关），gene结构外显子内含子剪接，gene转座元件（转座子比较活跃，需要被甲基化silence，但未被甲基化的部分会影响基因功能），组蛋白修饰，非编码RNA调控，找motif（原件预测软件：softberry中有软件集。）

RNA水平，比对之后找microRNA（病毒利用宿主中的蛋白质，制造自己的microRNA，对付病毒本身的免疫反应），gene expression：EGO；ENCODE；GTEx（人类基因在人体上的表达区域），RNA修饰。

蛋白水平：蛋白结构PDB；UniProt；domain（NCBI&smart&ExPay）

多个gene

多序列比对是有多种解的，clustalx，可以在合理知识储备下对序列进行匹配。Bootstrap就是把这些序列按照碱基含量分类，找近似，来作为进化树的验证。

作图；

细胞构成和亚细胞定位，AmiGO输入细胞类型找相关gene

高通量数据分析：IGV&Galaxy

生物学问题要先判断合理性，然后调研Gene&protein。