MS建模mmt

一、流程：
1.定义好每个原子力场类型：Edit Sets（分组）

2.加H（一般是仅与Al-O八面体中的Al相连的O原子）、给H分组

3.“make P1”、校核化学式（正确与否）

4.扩成超晶胞（Na-mmt：4*1*1，Ca-mmt：4*2*1，illite：2*1*1，由化学式而定）

5.置换阳离子：

mmt：模型中每 32 个 Si 4+有 1 个被 Al 3+ 取代，每 8 个 Al 3+ 有 1 个被 Mg 2+ 取代，因此晶格取代产生的层电荷为-0.75e/元胞，由层间

Na + 离 子 平 衡 。 建 立 的 蒙 脱 石 的 分 子 式 为 ：Na 0.75 (Si 7.75 Al 0.25 )(Al 3.5 Mg 0.5 )O 20 (OH) 4 。

4a*b*c：Na 3 (Si 31 Al  )(Al 14 Mg 2 )O 80 (OH) 16；所以，要用1个Al（at）去取代1个Si（st），注意，这里是四面体中的Al（at），不是八面体中的Al（ao）；

以及2个Mg（mgo）去取代八面体中的2个Al（ao）。

Mg置换Al-O八面体的Al,与Mg相连的ob——obos（4个），oh——ohs（2个）；

Al置换Si-O四面体的Si，与Al相连的ob——obts（3个）。

层间阳离子：直接改，随机充填在层间域中（包括水分子）

6.调整c值（可以在左下角设置，先选盒子）、扩胞：根据实际需求来调整。

0——0.96nm（0个水分子）；

1——1.25（32个水分子）；

2——1.53（64个水分子）；

3——1.85（96个水分子）；

4——2.1（144个水分子）。

7.优化

8.计算

(进入工作目录kao

cd kao/

msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -i -ignore > out.log

生成后kao文件夹会有data生成，可检查一下data力场对不对，不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。)

9.打开putty，输入：

source /opt/software/impi/mpivars.sh  （注意：只有source后边是有空格，其他的没有空格）

mpirun -np 4 lmp_mpi < in.elastic（计算文件名，如：mmt422.in）

(4代表4核，也可以选择8,10等)

ssh node02 回车（进入新服务器）

10.输入计算命令：

lmp_mkl < xxx.in > xxx.out   (后部分的out文金价可以不生成出来)