快速链接bioconductor,以及安装“XML”
options(useHTTPS=FALSE, BioC_mirror="http://bioconductor.org")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
install.packages("XML")
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/XML_3.98-1.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1599214 bytes (1.5 MB)
==================================================
downloaded 1.5 MB
* installing *source* package ‘XML’ ...
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for sed... /usr/local/Library/ENV/4.3/sed
checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config
checking for xml2-config... /Users/richiethomas/anaconda/bin/xml2-config
USE_XML2 = yes
SED_EXTENDED_ARG: -E
Minor 9, Patch 2 for 2.9.2
Located parser file -I/Users/richiethomas/anaconda/include/libxml2/parser.h
Checking for 1.8: -I/Users/richiethomas/anaconda/include/libxml2
Using libxml2.*
checking for gzopen in -lz... yes
checking for xmlParseFile in -lxml2... yes
You are trying to use a version 2.* edition of libxml
but an incompatible library. The header files and library seem to be
mismatched. If you have specified LIBXML_INCDIR, make certain to also
specify an appropriate LIBXML_LIBDIR if the libxml2 library is not in the default
directories.
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/XML’
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/jy/0cwn40p951xc7f1480z3sxzm0000gn/T/RtmpvWMrkH/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
出现上述报错,的快速解决方法如下
conda install -c r r-xml
若继续出现下面错误:
/bin/sh: /root/anaconda2/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc: No such file or directory
conda install gxx_linux- provides x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++
conda install gcc_linux-
conda install gxx_linux- conda install gfortran_linux-
conda install -c tsnyder gfortran_linux-cos6-x86_64
快速链接bioconductor,以及安装“XML”的更多相关文章
- ubuntu 14 安装XML::Simple 模块
最近需要用到perl 来解析xml 文件,从网上搜索了一下,大部分都建议使用XML::Simple 模块来解析,这里记录一下安装过程 方法一: 直接使用CPAN 来安装模块 $ perl -MCPAN ...
- mooc-IDEA 快速通过mapper定位到XML
intellij 快速通过mapper定位到XML 方法一:在线安装Mybatis插件 安装完毕,重启IDEA生效! =>Mapper文件效果 点击向下键头即可定位到XML文件中的具体SQL = ...
- 淘宝(阿里百川)手机客户端开发日记第十篇 阿里百川服务器环境介绍之API文档的快速链接(四)
个人感觉比较重要的快速链接: http://open.taobao.com/doc/detail.htm?id=102513 http://open.taobao.com/doc/detail.htm ...
- eclipse中安装XML editor Rinzo
eclipse中安装XML editor Rinzo 1. 较高版本的eclipse可以通过 Help--Market 搜索 Rinzo,然后安装 2. 第1种方法如果不行,尝试下面的方法 (1)从 ...
- [转] Spark快速入门指南 – Spark安装与基础使用
[From] https://blog.csdn.net/w405722907/article/details/77943331 Spark快速入门指南 – Spark安装与基础使用 2017年09月 ...
- Bioconductor软件安装与升级
1 安装工具Bioc的软件包不能使用直接install.packages函数,它有自己的安装工具,使用下面的代码: source("https://bioconductor.org/bioc ...
- 快速掌握Nginx(一) —— 安装Nginx和简单配置虚拟主机
Nginx安装和简单配置虚拟主机 1 Nginx简介 Nginx是近几年最火热的http.反向代理服务器,百度阿里等互联网公司也都在使用Nginx,它也可以用作邮件代理服务器.TCP/UDP代理服务器 ...
- Win10 UEFI +Ghost +intel快速启动 新法完美安装
http://tieba.baidu.com/p/4767004289?qq-pf-to=pcqq.c2c Win10 如果主板不用Bios 而用UEFI引导启动,速度快,界面好.现在一般都用win1 ...
- WordPress友情链接插件的安装
插件:link manager 这样就安装成功! 在外观小工具里 把右边即可 这样在前台页面上就可看见添加的友情链接了!!!
随机推荐
- java基础(七) java四种访问权限
引言 Java中的访问权限理解起来不难,但完全掌握却不容易,特别是4种访问权限并不是任何时候都可以使用.下面整理一下,在什么情况下,有哪些访问权限可以允许选择. 一.访问权限简介 访问权限控制: ...
- webpack-易混淆部分的解释
原文链接: https://medium.com/@rajaraodv/webpack-the-confusing-parts-58712f8fcad9 webpack的核心哲学 1. 任何皆模块 正 ...
- Linux HugePages 配置与 Oracle 性能关系说明
一. HugePages 说明 1.1 HugePages 介绍 HugePages is a feature integrated into the Linux kernel with relea ...
- python基础_特殊符号
#\n 回车符 #\r 换行符 #\s 空格 #\t tab符号,不知道?开个txt文本,然后按电脑的tab键,就是caps lock上面那个,卧槽,看到一个大长空格(也可能是个超短空格),这个就是t ...
- VS2017 加载项目 :未找到框架“.NETFramework,Version=v4.7”的引用程序集(出坑指南)
报出的错误为: 错误MSB3644: 未找到框架“.NETFramework,Version=v4.7”的引用程序集.若要解决此问题,请安装此框架版本的 SDK 或 Targeting Pack,或将 ...
- November 5th Week 45th Saturday 2016
The longest day has an end. 最难过的日子也会有尽头. No, no, no, I can't see the end of such days, of course, if ...
- ABAP很厉害是怎么一种体验?
知乎上偶然看到这个问题,觉得很有意思,我也来回答一发. 我本科和研究生学的是计算机专业,做项目用C/C++,研究生三年项目的代码量大概在三到四万行左右.2007年大学毕业加入SAP成都研究院一直工作到 ...
- 堆排序(php实现)
堆排序基本步骤: 1:把无序序列构成一个堆. 2:交换堆顶元素和最后一个元素,交换之后由于堆结构破坏,重置堆. 初始化堆和交换后的重置堆区别在于:初始化堆时从最后一个非叶子结点开始调整结点位子,交换堆 ...
- 使用Thunderbird时你可能会用到的技巧
1.添加qq邮箱账号 (1).开启IMAP/SMTP服务 先在QQ网页邮箱-设置-账户:开启IMAP/SMTP服务(2). Thunderbird 里设定端口(非POP):IMAP:imap.qq.c ...
- window7远程桌面到server不能复制粘贴解决的方法
用远程桌面登陆server不能在本机和远程server之间粘贴文本了,即不能从本机复制文本粘贴到server,也不能从server复制文本粘贴到本机. 下面是解决方法之中的一个,试了几次都非常管用户: ...