SPM paired t-test步骤

首先感谢大神空里流霜耐心的讲解，这篇笔记内容主要是整理他的谆谆教导，虽然他也看不到><

所有数据都要经过平滑。

Paired t-test虽然在2nd-level analysis中，但是由于本次实验每个被试只有一张图（自己内部已经没有东西可以比较了），所以可以直接在2nd-level analysis中做检验。

P.S. 如何判定需不需要做1st-level analysis呢？简单地说，就是每个被试只有一张图的时候不需要再做1st-level analysis。

>Specfy 2nd-level >选目录，design下选择paired t-test即可，注意一下下面的masking中在explicit里选掩模，运行

>生成设计矩阵，保存在SPM.mat中（将来需要看的时候在menu的Review打开就好啦）。

>Estimate >选择刚刚生成的SPM.mat，默认运行即可

这时候会发现在SPM.mat所在的文件夹下生成了一系列新的img文件。其中beta_0001.nii，beta_0002.nii...是设计矩阵中所有系数β；ResMS.nii就是多元回归残差。

>Result  >Define new contrast（在蜡笔赵欣SPM8视频中，如果在1st-level analysis下定义了Factorial design那么这里会自动生成一系列contrast） >（1 -1），t-contrast  > mask：选image >inclusive（注意这里选择mask只是作用在显示上 ，如果没有在前面Specify 2nd-level那里选择masking的话依然会产生脑外激活点） >校正方式，选择none就好了，FWE是一种比较严格的校正选了很可能什么都得不到...（据说修改SPM某个脚本的话可以显示出FDR方式），选择未校正则将来会在p处显示unc >p = 0.001（比较宽松是0.005）>最后一项填10就可以（我也不知道什么意思...蜡笔在他的视频里是这么说的...）

>>>>>>>>> 然后就出结果了！！！可以看到颜色越深的点表示激活程度越高。xjview可以帮助更好地观察脑区。