hisat2+stringtie+ballgown
hisat2+stringtie+ballgown
早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用。我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的!然后自己找一个测试数据,我的脚本很容易用的!
## Download and install HISAT# https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtmlcd ~/biosoftmkdir HISAT && cd HISAT#### readme: https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlwget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zipunzip hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zipln -s hisat2-2.0.4 current## ~/biosoft/HISAT/current/hisat2-build## ~/biosoft/HISAT/current/hisat2## Download and install StringTie## https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/ ## https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manualcd ~/biosoftmkdir StringTie && cd StringTiewget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.2.3.Linux_x86_64.tar.gztar zxvf stringtie-1.2.3.Linux_x86_64.tar.gzln -s stringtie-1.2.3.Linux_x86_64 current# ~/biosoft/StringTie/current/stringtie
while read iddosample=$(echo $id |cut -d" " -f 1 )file1=$(echo $id |cut -d" " -f 2 )file2=$(echo $id |cut -d" " -f 3 )echo $sampleecho $file1echo $file2~/biosoft/HISAT/current/hisat2 -p 4 --dta -x ~/reference/index/hisat/hg19/genome -1 $file1 -2 $file2 -S $sample.hisat2.hg19.sam 2>$sample.hisat2.hg19.log &done <$1


while read iddofile=$(basename $id )sample=${file%%.*}echo $id $samplenohup samtools sort -@ 4 -o ${sample}.sorted.bam $id &done <$1


while read iddofile=$(basename $id )sample=${file%%.*}echo $id $samplenohup ~/biosoft/StringTie/current/stringtie -p 4 -G ~/reference/gtf/gencode/gencode.v25lift37.annotation.gtf -o $sample.hg19.stringtie.gtf -l $sample $id &done <$1



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