hisat2+stringtie+ballgown

早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用。我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的!然后自己找一个测试数据,我的脚本很容易用的!

其实我最喜欢这样的文章了:http://www.nature.com/nprot/journal/v11/n9/full/nprot.2016.095.html 而且人家还提供了所有的代码,不知道大家怎么还会有疑问的:http://www.nature.com/nprot/journal/v11/n9/extref/nprot.2016.095-S1.zip
人家已经把流程说得清清楚楚了,我还是说一个自己的体悟吧:
软件安装如下:
## Download and install HISAT
# https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
cd ~/biosoft
mkdir HISAT && cd HISAT
#### readme: https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zip
unzip hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zip
ln -s hisat2-2.0.4 current
## ~/biosoft/HISAT/current/hisat2-build
## ~/biosoft/HISAT/current/hisat2
 
## Download and install StringTie
## https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/ ## https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual
cd ~/biosoft
mkdir StringTie && cd StringTie
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.2.3.Linux_x86_64.tar.gz
tar zxvf stringtie-1.2.3.Linux_x86_64.tar.gz
ln -s stringtie-1.2.3.Linux_x86_64 current
# ~/biosoft/StringTie/current/stringtie
 
软件使用,我比较喜欢用shell脚本,而且是简单的那种:
while read id
do
sample=$(echo $id |cut -d" " -f 1 )
file1=$(echo $id |cut -d" " -f 2 )
file2=$(echo $id |cut -d" " -f 3 )
echo  $sample
echo $file1
echo $file2
~/biosoft/HISAT/current/hisat2  -p 4 --dta  -x  ~/reference/index/hisat/hg19/genome  -1 $file1 -2 $file2 -S $sample.hisat2.hg19.sam 2>$sample.hisat2.hg19.log &
done <$1
上面这个脚本需要一个3列的输入文件,分别是样本名,read1文件,read2文件,会产生以下的输出文件,sam文件。
while read id
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $id $sample
nohup samtools sort -@ 4 -o ${sample}.sorted.bam $id &
done <$1
最新版的samtools已经可以直接把sam文件变成排序好的bam文件啦~~~~
while read id
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $id $sample
nohup ~/biosoft/StringTie/current/stringtie  -p 4  -G ~/reference/gtf/gencode/gencode.v25lift37.annotation.gtf  -o $sample.hg19.stringtie.gtf -l $sample  $id  &
done <$1
stringTie的用法就是这样咯。没什么好讲的
 
 ~/biosoft/StringTie/current/stringtie   --merge -p 8 -G ~/reference/gtf/gencode/gencode.v25lift37.annotation.gtf  -o stringtie_merged.gtf  mergelist.txt
 
 
while read id
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $id $sample
nohup ~/biosoft/StringTie/current/stringtie -e -B  -G  $2  -o ballgown/$sample/$sample.hg19.stringtie.gtf   $id  &
done <$1
我实在讲不下去了,因为真心不用这个东东,我都是拿到了sam/bam文件就直接去counts表达量矩阵了,而count reads数量是非常容易的事情,代码如下
nohup samtools view   A.sorted.bam.Nsort.bam |  ~/.local/bin/htseq-count -f sam  -s no -i gene_name  -   ~/reference/gtf/gencode/gencode.v25lift37.annotation.gtf    1>A.geneCounts 2>A.HTseq.log &
下面的这些文件,导入到R里面用ballgown处理吧,不要在问我这个问题了。
 
 
 
 
 

This entry was posted in 转录组软件 and tagged ballgownhisat2StringTie转录组 by ulwvfje. Bookmark the permalink.

hisat2+stringtie+ballgown的更多相关文章

  1. 转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用

    转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First ...

  2. HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

    HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的 ...

  3. HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据

    HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-s ...

  4. NGS NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown)

    NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts ...

  5. HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件

    HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowt ...

  6. 转录组的组装Stingtie和Cufflinks

    转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用 ...

  7. StringTie用法详解

    StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblog ...

  8. 转录本组装软件StringTie的使用说明

    转录本组装软件StringTie的使用说明 StringTie 转录本组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合.其Protocol 发表在Natu ...

  9. 转录组差异表达分析工具Ballgown

    Ballgown是分析转录组差异表达的R包. 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) ...

随机推荐

  1. Pandas分类

    Pandas分类 categorical data是指分类数据:数据类型为:男女.班级(一班.二班).省份(河北.江苏等),若使用赋值法给变量赋值,例如(男=1,女=0),数字1,0之间没有大小之分, ...

  2. hdu1002-A + B Problem II-(java大数)

    A + B Problem II Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) ...

  3. python遇到的错误

    今天学习文件遇到这个错误. 这是在 text_files\vvvv.txt  之间加一个\ 就可以了,变成  text_files\\vvvv.txt,运行成功

  4. Java中this和super的用法和区别

    super(参数):调用父类中的某一个构造函数(应该为构造函数中的第一条语句). this(参数):调用本类中另一种形式的构造函数(应该为构造函数中的第一条语句). this的实例: package ...

  5. Charles界面介绍及使用方法

    本随笔主要内容: 一.Charles界面介绍 二.Charles使用 1.会话(Repeat.Focus.Compare.黑白名单等) 2.模拟请求做mock,使用断点.Map或Rewrite 3.指 ...

  6. StringBuffer类和String类(原文地址 : http://www.cnblogs.com/springcsc/archive/2009/12/03/1616330.html)

    StringBuffer类和String一样,也用来代表字符串,只是由于StringBuffer的内部实现方式和String不同,所以StringBuffer在进行字符串处理时,不生成新的对象,在内存 ...

  7. STL::set/multiset

    set:  Sets are containers that store unique elements following a specific order.集合里面的元素不能修改,只能访问,插入或 ...

  8. Centos 7 下 LAMP 部署

    一.介绍 LAMP is a combination of operating system and open-source software stack. The acronym of LAMP i ...

  9. Python+Selenium学习--alert/confirm/prompt 处理

    场景 webdriver 中处理JavaScript 所生成的alert.confirm 以及prompt 是很简单的.具体思路是使用switch_to.alert()方法定位到alert/confi ...

  10. c# 文件过大时清空原有内容重新写入

    FileStream fs = new FileStream("E:\\Test\\HistoryData.txt", FileMode.Append, FileAccess.Wr ...