REPuter注释叶绿体重复序列
REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。
REPuter 是可在线注释, 详情可戳参考文献、 Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale
其中重复序列的4种类型如下所示
1 示例文件操作
进入网站后,点击Submission, 而后使用示例文件example即可,点击Next
选择预测重复序列类型即,如果使用Hamming distance 则 $\color{red}{Edit distance}$ 不用选即可
直接点击Start 即可
2 结果显示
运行结束后,会得到如下页面,其中interactive viewer 重复序列图片显示,但是我们可以点击Download就会得到最终注释的文件。
最终的重复序列文件如下所示
# 235 -3 8 /var/bibiserv2/a
11 41 R 11 41 0 3.70e-03
13 51 C 13 148 -1 9.03e-03
15 37 R 15 41 -2 1.37e-02
15 149 R 15 149 -2 1.37e-02
10 150 R 10 150 0 1.48e-02
10 181 R 10 181 0 1.48e-02
14 145 R 14 150 -2 4.74e-02
16 47 P 16 153 -3 5.47e-02
...
第一行 235: 序列长度, 后面的-3,8 分别为maximum allowed distance, minimum repeat size
下面每一列的分别为:
- 重复第一部分序列长度
- 重复第一部分起始位置
- 重复类型
- 重复第二部分序列长度
- 重复第二部分起始位置
- 重复距离
- E-value
欢迎扫码交流
REPuter注释叶绿体重复序列的更多相关文章
- MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如 ...
- 使用BRAKER2进行基因组注释
来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...
- 植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组
生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过 ...
- 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑
目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...
- mVISTA 多序列比对叶绿体基因组
mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化. 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GE ...
- shell注释
sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs ...
- 浅谈JSP注释
HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:<!--注释内容--> <!-- 欢迎提示信息! ...
- 注释生成Api文档
1.开发背景 最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口 ...
- grep 查找bash脚本中的注释代码
出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释 ...
随机推荐
- 改善深层神经网络-week2编程题(Optimization Methods)
1. Optimization Methods Gradient descent goes "downhill" on a cost function \(J\). Think o ...
- 5.27日Scrum Metting
日期:2021年5月27日 会议主要内容概述:确定账单数据格式,确定需要添加新的图表,确定模板分享功能任务量. 一.进度情况# 组员 负责 两日内已完成的工作 后两日计划完成的工作 工作中遇到的困难 ...
- Beta-技术规格说明书
项目 内容 这个作业属于哪个课程 2021春季软件工程(罗杰 任健) 这个作业的要求在哪里 团队项目-计划-功能规格说明书 一.架构与技术栈 1.整体架构 本项目的整体架构如上图所示.下面我们将对涉及 ...
- 计算机网络之网络层路由选择协议(自治系统AS、RIP、OSPF、BGP)
文章转自:https://blog.csdn.net/weixin_43914604/article/details/105313629 学习课程:<2019王道考研计算机网络> 学习目的 ...
- 常用JAVA API :String 、StringBuilder、StringBuffer的常用方法和区别
摘要 本文将介绍String.StringBuilder类的常用方法. 在java中String类不可变的,创建一个String对象后不能更改它的值.所以如果需要对原字符串进行一些改动操作,就需要用S ...
- 一个C#开发搭建Android框架的心路历程
前言 Java框架实在是太多了,因为是初学乍练,所以,只好以百度为标准选择框架了. Java的框架文章太难写了,因为他引用了太多框架,而没一个框架都有很繁琐的配置,把每个框架都写一遍,就等于写书了:所 ...
- Python中Numpy及Matplotlib使用
Python中Numpy及Matplotlib使用 1. Jupyter Notebooks 作为小白,我现在使用的python编辑器是Jupyter Notebook,非常的好用,推荐!!! 你可以 ...
- 数组中只出现过一次的数字 牛客网 剑指Offer
数组中只出现过一次的数字 牛客网 剑指Offer 题目描述 一个整型数组里除了两个数字之外,其他的数字都出现了偶数次.请写程序找出这两个只出现一次的数字. def FindNumsAppearOnce ...
- hdu 1171 Big Event in HDU(背包DP)
题意: 杭电搬迁,有N种设备,每种设备有个价值V,数量M,要求将这些设备平分,使得平分后两边的总价值尽可能地相等. 输出两边各自的总价值. 思路: 背包DP后,P=所有的总价值/2,然后从P开始往两边 ...
- axios & fetch 异步请求
// 一.创建实例 const request = axios.create({ baseURL: "http://kg.zhaodashen.cn/v2", headers: { ...