REPuter注释叶绿体重复序列

REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。

REPuter 是可在线注释， 详情可戳参考文献、 Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale

其中重复序列的4种类型如下所示

1 示例文件操作

• 进入网站后，点击Submission, 而后使用示例文件example即可，点击Next
  
  

• 选择预测重复序列类型即，如果使用Hamming distance 则 $\color{red}{Edit distance}$ 不用选即可
  
  

• 直接点击Start 即可
  
  

2 结果显示

运行结束后，会得到如下页面，其中interactive viewer 重复序列图片显示，但是我们可以点击Download就会得到最终注释的文件。

最终的重复序列文件如下所示

# 235 -3 8 /var/bibiserv2/a
11  41 R 11  41  0 3.70e-03
13  51 C 13 148 -1 9.03e-03
15  37 R 15  41 -2 1.37e-02
15 149 R 15 149 -2 1.37e-02
10 150 R 10 150  0 1.48e-02
10 181 R 10 181  0 1.48e-02
14 145 R 14 150 -2 4.74e-02
16  47 P 16 153 -3 5.47e-02
...

第一行 235: 序列长度， 后面的-3，8 分别为maximum allowed distance， minimum repeat size

下面每一列的分别为：

• 重复第一部分序列长度
• 重复第一部分起始位置
• 重复类型
• 重复第二部分序列长度
• 重复第二部分起始位置
• 重复距离
• E-value

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