gff文件提取cds
#!/usr/bin/perl use strict;
use warnings;
########input######## my $gff = $ARGV[];my $cut = &cut($gff);my %cut = %$cut; my ($gene_number,$gene_id,$gene_name) = ($ARGV[],$ARGV[],$ARGV[]); #########main####### my %hash_2 = %{$cut{$gene_name}}; foreach my $key_2(keys %hash_2)
{
my @arr = $hash_2{$key_2};my $exon_start = $arr[][]+-;my $exon_end =$arr[][]-+; print "$gene_name\t$key_2\t$arr[0][0]\t$exon_start\n$gene_name\t$key_2\t$exon_end\t$arr[0][1]\n";
} #############sub################ sub cut
{
my %gene; my $exon = ;my $start = ;my $length = ; my $gff = shift;open GFF,"$gff"; while(my $line = <GFF>)
{
chomp $line; my @q = split /\s/,$line; if($q[] =~ /mRNA/)
{
$exon = ;$start = $q[];$length = ;
}
elsif($q[] =~ /CDS/)
{
$q[] =~ /Parent=(.*);S/m;my $key = $; my $new_length = $q[]-$q[]; $exon =~/(\w*)/; $gene{$key}{$} = [$length+,$length+$new_length]; $exon++; $length += $new_length;
}
}
return \%gene;
}
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