gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r

1.

GMX grompp

概要

gmx grompp [ -f  [<.mdp>] ] [ -c  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r  [<.gro / .g96 / ...>] ]
           [ -rb  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n  [<.ndx>] ] [ -p  [<.top>] ]
           [ -t  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -e  [<.edr>] ]
           [ -ref  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -po  [<.mdp>] ] [ -pp  [<.top>] ]
           [ -o  [< .tpr  >] ] [ -imd [<.gro>] ] [ -[no] v ] [ -time  <real> ]
           [ -[no] rmvsbds ] [ -maxwarn  <int> ] [ -[no]零 ] [ -[no] renum ]

描述

gmx grompp（gromacs预处理程序）读取分子拓扑文件，检查文件的有效性，将拓扑结构从分子描述扩展为原子描述。拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息，预处理器会根据需要复制每个分子。对分子类型的数量没有限制。键和键角可以分别转换为氢和重原子的约束。然后，读取坐标文件，并且可以根据需要从麦克斯韦分布中生成速度。 还读取gmx mdrun的参数gmx grompp （例如，MD步数，时间步长，截止值）以及诸如NEMD参数之类的其他参数进行了校正，以使净加速度为零。最终生成一个二进制文件，该文件可用作MD程序的唯一输入文件。

gmx grompp使用拓扑文件中的原子名称。-c仅当坐标文件（选项）中的原子名称与拓扑中的原子名称不匹配时，才会读取它们以生成警告。请注意，原子名称与仿真无关，因为仅原子类型用于生成交互参数。

gmx grompp 使用内置的预处理程序来解析包含，宏等。预处理程序支持以下关键字：

#ifdef VARIABLE
#ifndef VARIABLE
#else
#endif
#define VARIABLE
#undef VARIABLE
#include“ filename”
#include <文件名>

通过在.mdp文件中使用以下两个标志，可以调制拓扑中这些语句的功能：

定义 =  - DVARIABLE1  - DVARIABLE2
包括 =  - 我/ 家/ 约翰/ DOE

有关更多信息，C编程教科书可能会对您有所帮助。指定该-pp标志将写出预处理的拓扑文件，以便您可以验证其内容。

使用位置约束时，必须提供具有约束坐标的文件-r（可以与提供的文件相同-c）。对于自由能计算，可以为B拓扑提供单独的参考坐标-rb，否则它们将与A拓扑的参考坐标相等。

起始坐标可以使用来从轨迹中读取-t。除非使用该-time选项，否则将读取具有坐标和速度的最后一帧。仅当缺少此信息时，才会-c使用文件中的坐标。请注意， 在.mdp文件中时，将不会使用这些速度。可以提供能量文件 以读取Nose-Hoover和/或Parrinello-Rahman耦合变量。gen_vel = yes-e

gmx grompp可以通过仅提供带有的检查点文件来重新启动仿真（保留连续性）-t。但是，对于仅更改运行步骤数以扩展运行的情况，使用gmx convert-tpr比方便得多。然后，您可以直接提供旧检查点文件来GMX mdrun 用。如果您想更改整体或输出频率之类的东西，建议将检查点文件 与一起提供，同时提供新的.mdp文件。实际上，如果可能的话，仍然需要保留集成体，但仍需要将检查点文件传递给gmx mdrun。gmx grompp-cpigmx grompp-t-f -cpi

默认情况下，将删除由于虚拟站点构建而具有恒定能量的所有绑定交互。如果该恒定能量不为零，则将导致总能量的偏移。所有绑定的交互都可以通过关闭来保持-rmvsbds。此外，由于虚拟站点的构造，所有对于距离的约束都将保持不变。如果仍然存在涉及虚拟站点的约束，则将导致致命错误。

要验证您的运行输入文件，请注意屏幕上的所有警告，并在必要时进行更正。还要查看mdout.mdp文件的内容；它包含注释行以及已读的输入。如有疑问，您可以从 该选项开始，该选项将在一个名为（带有实际调试信息）的文件中提供更多信息。您可以使用gmx转储 程序查看运行输入文件的内容。gmx check可用于比较两个运行输入文件的内容。gmx gromppgmx grompp-debuggrompp.log

该-maxwarn选项可用于替代由该输出停止打印的警告。在某些情况下，警告是无害的，但通常不是。建议用户在尝试使用此选项绕过输出消息之前，先仔细解释它们。gmx grompp

选项

指定输入文件的选项：

-f [<.mdp>]（grompp.mdp）

带MD参数的grompp输入文件

-c [<.gro / .g96 /…>]（conf.gro）

结构文件：GROG96PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR

-r [<.gro / .g96 /…>]（restraint.gro）（可选）

结构文件：GROG96PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR

-rb [<.gro / .g96 /…>]（restraint.gro）（可选）

结构文件：GROG96PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR

-n [<.ndx>]（index.ndx）（可选）

索引文件

-p [<.top>]（topol.top）

拓扑文件

-t [<.trr / .cpt /…>]（traj.trr）（可选）

全精度轨迹：trrcpttng

-e [<.edr>]（ener.edr）（可选）

能量文件

用于指定输入/输出文件的选项：

-ref [<.trr / .cpt /…>]（rotref.trr）（可选）

全精度轨迹：trrcpttng

指定输出文件的选项：

-po [<.mdp>]（mdout.mdp）

带MD参数的grompp输入文件

-pp [<.top>]（processed.top）（可选）

拓扑文件

-o [<.tpr>]（topol.tpr）

可移植的xdr运行输入文件

-imd [<.gro>]（imdgroup.gro）（可选）

Gromos-87格式的坐标文件

其他选项：

-[no]v （没有）

大声吵闹

-time <真实>（-1）

在此时间或之后先取框。

-[no]rmvsbds （是）

删除与虚拟站点的恒定绑定交互

-maxwarn <int>（0）

输入处理期间允许的警告数。不能正常使用，可能会产生不稳定的系统

-[no]zero （没有）

将绑定交互的参数设置为无默认值而不是零，而不产生错误

-[no]renum （是）

重新编号原子类型并最小化原子类型数目