【豆科基因组】木豆Pigeonpea (Cajanus cajan) 292个自然群体重测序2017NG
一、来源
单位:ICRISAT
二、结果
292 份木豆种质多样性概述。
(a) 166 个地方品种(以蓝色表示)和 7 个野生种质(以红色表示)采集地点的地理分布。 地图绘制软件 ESRI 2004 。
(b) 292 份材料的 PCA,包括 117 个育种品系、166 个地方品种、 7 个野生种质和 2 个没有在全基因组重测序数据中检测到 SNP信息的种质(没有SNP怎么做的?)。
(c) 邻接树。166 个地方品种以蓝色表示,117 个育种品系为绿色,另外 2 个为粉红色和 7 个野生物种种质。
Control-FREEC (ver 7.0)鉴定CNVs。
PAV鉴定:因为木豆是二倍体,所以拷贝数2作为阈值。拷贝数大于2代表gain,小于2代表loss。
Circos图。
(1) 11条假染色体(CcLG01 - CcLG11)。
(2) 序列覆盖。 覆盖范围是 0-40,000(绿色,>20,000;红色,<20,000)。
(3) 绿色方块、深色阴影圆圈和红色三角形分别代表育种品系、地方品种和野生种的 SNP 区域。 SNP 轴的范围是 0-36,000(绿色方块,>24,000;深色阴影圆圈,12,000–24,000;红色三角形,<12,000)。
(4)Indel轴的范围为0-3,500;浅紫色,插入;深紫色,缺失。
这里CNV和PAV的归类没搞明白
百粒重、50% 开花天数和株高的GWAS。SUPER GWAS检测 MTA。
这篇文章研究的重点是在选择性消除扫描基础上,发现几个基因组区域可能是驯化和育种的目标。
例如在 CcLG09 上经历了选择性扫描。在从野生木豆驯化过程中,木豆的遗传瓶颈程度很强,但从地方品种到育种品系的过程中要温和得多。
5年前的NG还是相对简单些。所选材料的数据其实也不是很好,聚类比较散,难就难在如何解释数据。做得还是很细致的,演绎了如何把一手烂牌打好。值得学习。
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