一、来源

Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits.

Nat Genet. 2017 Jul;49(7):1082-1088. doi: 10.1038/ng.3872. Epub 2017 May 22.

单位:ICRISAT

二、结果

292 份木豆种质多样性概述。

(a) 166 个地方品种(以蓝色表示)和 7 个野生种质(以红色表示)采集地点的地理分布。 地图绘制软件 ESRI 2004 。

(b) 292 份材料的 PCA,包括 117 个育种品系、166 个地方品种、 7 个野生种质和 2 个没有在全基因组重测序数据中检测到 SNP信息的种质(没有SNP怎么做的?)。

(c) 邻接树。166 个地方品种以蓝色表示,117 个育种品系为绿色,另外 2 个为粉红色和 7 个野生物种种质。

Control-FREEC (ver 7.0)鉴定CNVs。

PAV鉴定:因为木豆是二倍体,所以拷贝数2作为阈值。拷贝数大于2代表gain,小于2代表loss。

Circos图。

(1) 11条假染色体(CcLG01 - CcLG11)。

(2) 序列覆盖。 覆盖范围是 0-40,000(绿色,>20,000;红色,<20,000)。

(3) 绿色方块、深色阴影圆圈和红色三角形分别代表育种品系、地方品种和野生种的 SNP 区域。 SNP 轴的范围是 0-36,000(绿色方块,>24,000;深色阴影圆圈,12,000–24,000;红色三角形,<12,000)。

(4)Indel轴的范围为0-3,500;浅紫色,插入;深紫色,缺失。





这里CNV和PAV的归类没搞明白

百粒重、50% 开花天数和株高的GWAS。SUPER GWAS检测 MTA。

这篇文章研究的重点是在选择性消除扫描基础上,发现几个基因组区域可能是驯化和育种的目标。

例如在 CcLG09 上经历了选择性扫描。在从野生木豆驯化过程中,木豆的遗传瓶颈程度很强,但从地方品种到育种品系的过程中要温和得多。

5年前的NG还是相对简单些。所选材料的数据其实也不是很好,聚类比较散,难就难在如何解释数据。做得还是很细致的,演绎了如何把一手烂牌打好。值得学习。

【豆科基因组】木豆Pigeonpea (Cajanus cajan) 292个自然群体重测序2017NG的更多相关文章

  1. 【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 683个自然群体重测序2020NG

    目录 一.来源 二.结果 683份材料重测序 地方种landraces和育种品系breeding lines的多样性 表型和基因-环境互作(G by E) 菜豆产量潜力相关的MTAs(显著关联位点) ...

  2. 【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG

    目录 一.来源 二.结果 材料测序.变异检测.群体结构和LD衰减 驯化后经历选择的候选基因组区域 起源中心.迁移路线和多样性 GWAS 一.来源 Resequencing of 429 chickpe ...

  3. 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata基因组2014NC

    目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SN ...

  5. 【豆科基因组】小豆(红豆)adzuki bean, Vigna angularis基因组2015

    目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki be ...

  6. 【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 基因组

    目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种, ...

  7. 【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell

    目录 一.前沿概述 二.主要结果 重测序.组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化,WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一.前沿概述 Pan-Gen ...

  8. 【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)经典文章梳理2010-2020

    目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechn ...

  9. 全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

    全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序 ...

随机推荐

  1. Kafka消息(存储)格式及索引组织方式

    要深入学习Kafka,理解Kafka的存储机制是非常重要的.本文介绍Kafka存储消息的格式以及数据文件和索引组织方式,以便更好的理解Kafka是如何工作的. Kafka消息存储格式 Kafka为了保 ...

  2. 5.29日 Scrum Metting

    日期:2021年5月29日 会议主要内容概述:人员调整,xyl同时兼顾前后端:确定表格缩放策略和新图表添加:强调任务分配,总结工作. 一.进度情况## 组员 负责 两日内已完成的工作 后两日计划完成的 ...

  3. spring cache整合redis

    在项目中,我们经常需要将一些常用的数据使用缓存起来,避免频繁的查询数据库造成效率低下.spring 为我们提供了一套基于注解的缓存实现,方便我们实际的开发.我们可以扩展spring的cache接口以达 ...

  4. qwt使用细节

    在使用QWT进行二维曲线绘制,使用方法如下: class Plot: public QwtPlot { Q_OBJECT -- } 报错:error LNK2001: 无法解析的外部符号"p ...

  5. Java-基础-LinkedList

    1. 简介 LinkedList 同时实现了List和Deque接口,也就是说它既可以看作是一个顺序容器,又可以看作是双向队列. 既然是双向列表,那么它的每个数据节点都一定有两个指针,分别指向它的前驱 ...

  6. 【做题记录】CF1428E Carrots for Rabbits—堆的妙用

    CF1428E Carrots for Rabbits 题意: 有 \(n\) 个萝卜,每个萝卜的初始大小为 \(a_i\) .现在要把这些萝卜切为为 \(k\) 个.吃每一个萝卜的时间为这个萝卜的大 ...

  7. 算法:拉丁方阵(Latin Square)

    拉丁方阵(英语:Latin square)是一种 n × n 的方阵,在这种 n × n 的方阵里,恰有 n 种不同的元素,每一种不同的元素在同一行或同一列里只出现一次.以下是两个拉丁方阵举例: 拉丁 ...

  8. webpack 打包图片资源

    webpack 打包图片资源 /** * loader: 1. 下载 2. 使用(配置) * plugins:1. 下载 2. 引入 3.使用 */ // 用来拼接绝对路径的方法 const {res ...

  9. docker添加sudo权限

    sudo groupadd docker  # 添加group sudo gpasswd -a think docker  # 添加用户到组 sudo service docker restart n ...

  10. 开发中常见的@NotNull,@NotBlank,@NotEmpty注解的区别

    开发中常看见@NotNull,@NotBlank,@NotEmpty三个注解,但却没有深入了解过,下面介绍一下他们的应用场景和区别 @NotNull:主要用在基本数据类型上(Int,Integer,D ...