python-bioInfo-codes-2

1.

_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

解决方案：

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
严重怀疑python2.7才用Agg。之前在3.5上，用TkAgg才可以正常生成图像呢。

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2.

ValueError: Linkage 'Z' uses the same cluster more than once in Python scipy fcluster

原因：数据量太大，scipy.cluster.hierarchy处理不了，会报错。

解决：

使用fastcluster的linkage，而不用scipy.cluster.hierarchy的。

import fastcluster as fc

安装fastcluster用pip install fastcluster

据说会快一点。