输入

input.txt

ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

编码

file = open("input.txt")

output = open("trimmed.txt","w")

for dna in file:

    trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14

    trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1

    output.write(trimmed_dna)

    print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))

输出

trimmed.txt

TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列的更多相关文章

  1. 【Python小试】计算目录下所有DNA序列的Kmer并过滤

    背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Deno ...

  2. 【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

    已知 genomic_dna.txt TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATC ...

  3. fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

    高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的 ...

  4. 去除测序reads中的接头：adaptor

    之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量, ...

  5. strncmp函数——比较特定长度的字符串

    strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_ ...

  6. halcon算子之tuple_gen_const，用于生成特定长度的元组并且初始化其元素

    原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : ...

  7. Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录

    Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path usi ...

  8. Python关于去除字符串中空格的方法

    Python关于去除字符串中空格的方法 在编写程序时我们经常会遇到需要将字符串中的空格去掉的情况,通常我们可以使用下面几种解决方法: 1.strip()方法:该方法只能把字符串头和尾的空格去掉,但是不 ...

  9. python 中去除空格的方法

    python 中去除空格的方法: def trim(s): l=[] for i in s: if i!=' ': l.append(i) return ''.join(l) 其中可以使用下面的 '' ...

随机推荐

  1. AIApe问答机器人Scrum Meeting 5.1

    Scrum Meeting 5 日期:2021年5月1日 会议主要内容概述:汇报两日工作. 一.进度情况 组员 负责 两日内已完成的工作 后两日计划完成的工作 工作中遇到的困难 李明昕 后端 Task ...

  2. FastAPI 学习之路（五十六）将token存放在redis

    在之前的文章中,FastAPI 学习之路(二十九)使用(哈希)密码和 JWT Bearer 令牌的 OAuth2,FastAPI 学习之路(二十八)使用密码和 Bearer 的简单 OAuth2,Fa ...

  3. [CSP-S 2021] 廊桥分配 题解

    写篇题解来纪念我炸掉的CSP 唯一会做的题代码写挂了(痛苦面具 思路 我看到这道题第一眼想到的是线段树,感觉可以用线段树维护飞机入站到出战的这段时间,想了半天想不到代码怎么写. 国内机场与国外机场要分 ...

  4. 『学了就忘』Linux基础 — 15、了解Linux系统的目录结构

    目录 1.一级目录说明 (1)一级目录列表 (2)/bin/和/sbin/目录说明 (3)/boot/目录说明 (4)/lib/和/lib64/目录说明 (5)/lost+found/目录说明 (6) ...

  5. ACM 数据读写/对拍

    freopen()函数在ACM中的使用 - cfzjxz的专栏 - 博客频道 - CSDN.NET 在做acm题目的过程中,我们需要在本地机器上调试.调试过程中,如果输入数据少还可以接受,但如果输入数 ...

  6. PWN学习之格式化字符串漏洞

    目录 PWN学习之格式化字符串漏洞 格式化输出函数 格式化字符串漏洞 漏洞利用 使程序崩溃 栈数据泄露 任意地址内存泄漏 栈数据覆盖 任意地址内存覆盖 PWN学习之格式化字符串漏洞 格式化输出函数 可 ...

  7. Openssl基本组成与应用

    SSL与Openssl有什么关系? ssl是一种应用,表示安全的套接字层,是为那些明文应用提供加密机制的应用,openssl是一个实现该协议的库,当然还实现了其他很多东西,并且是open source ...

  8. kvm 安装 windows 虚拟机

    作者:SRE运维博客 博客地址: https://www.cnsre.cn/ 文章地址:https://www.cnsre.cn/posts/211108848062/ 相关话题:https://ww ...

  9. 环境（6）Linux文件系统二

    一:计算机间的数据传输 windows---linux : lrzsz  :需要手动安装 yum  install  lrzsz  -y   ;   rz  将文件从window上传到linux  : ...

  10. Ubuntu20.04配置Java开发环境

    Ubuntu20.04配置Java开发环境 JDK 1.8 安装 下载地址 下载后进行解压 tar -xvzf jdk-8u301-linux-x64.tar.gz 配置环境变量 gedit ~/.b ...