输入

input.txt

ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

编码

file = open("input.txt")

output = open("trimmed.txt","w")

for dna in file:

    trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14

    trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1

    output.write(trimmed_dna)

    print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))

输出

trimmed.txt

TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列的更多相关文章

  1. 【Python小试】计算目录下所有DNA序列的Kmer并过滤

    背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Deno ...

  2. 【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

    已知 genomic_dna.txt TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATC ...

  3. fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

    高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的 ...

  4. 去除测序reads中的接头：adaptor

    之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量, ...

  5. strncmp函数——比较特定长度的字符串

    strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_ ...

  6. halcon算子之tuple_gen_const，用于生成特定长度的元组并且初始化其元素

    原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : ...

  7. Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录

    Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path usi ...

  8. Python关于去除字符串中空格的方法

    Python关于去除字符串中空格的方法 在编写程序时我们经常会遇到需要将字符串中的空格去掉的情况,通常我们可以使用下面几种解决方法: 1.strip()方法:该方法只能把字符串头和尾的空格去掉,但是不 ...

  9. python 中去除空格的方法

    python 中去除空格的方法: def trim(s): l=[] for i in s: if i!=' ': l.append(i) return ''.join(l) 其中可以使用下面的 '' ...

随机推荐

  1. Noip模拟49 2021.9.7

    T1 reverse 又一道板子打假的挂分题,直接挂到倒二.. 考场上思路神奇,居然想到用$bfs$建边然后跑最短路, 其实当时也想到了直接$bfs$,但是不知道为啥觉得$dij$屌就没直接打$bfs ...

  2. Noip模拟5 2021.6.7

    T1 string(线段树优化) 看到数据范围就必须要想到优化,那么如何把26×M∗N 的复杂度降低呢?? 用到那个我们最不想打的数据结构--线段树...... 然而,这个线段树与往常不同,他只需要用 ...

  3. segyio库的使用

    最近在使用segyio库读取segy文件的时候默认读取总是出现问题,经过分析发现是我们通常所用的segy格式与本库的默认格式略有不同,修改参数就可以读取: 1) with segyio.open(fi ...

  4. 转载: VIVADO的增量综合流程

    http://xilinx.eetrend.com/content/2019/100044286.html 从 Vivado 2019.1 版本开始,Vivado 综合引擎就已经可以支持增量流程了.这 ...

  5. hdu 1058 Humble Numbers（构造？枚举？）

    题意: 一个数的质因子如果只是2,3,5,7中的若干个.则这个数叫做humble number. 例如:1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 15, 16, 1 ...

  6. 第07课 OpenGL 光照和键盘（2）

    下一段代码绘制贴图立方体.我只对新增的代码进行注解.如果您对没有注解的代码有疑问,回头看看第六课. int DrawGLScene(GLvoid) // 从这里开始进行所有的绘制 { glClear( ...

  7. Django settings.py设置 DEBUG=False后静态文件无法加载解决

    解决办法: settings.py 文件 DEBUG = False STATIC_ROOT = os.path.join(BASE_DIR,'static') #新增 urls.py文件(项目的) ...

  8. 关于docker中容器可以Ping通外网，真机无法Ping通容器的问题

    首先我们要知道整体的框架结构,docker是我们安装在centos7上的,而centos7是安装在vmware上.其中docker中还有若干容器运行. 整体框架图如下: 我们将它分为两部分,一部分是d ...

  9. 攻防世界 WEB 高手进阶区 csaw-ctf-2016-quals mfw Writeup

    攻防世界 WEB 高手进阶区 csaw-ctf-2016-quals mfw Writeup 题目介绍 题目考点 PHP代码审计 git源码泄露 Writeup 进入题目,点击一番,发现可能出现git ...

  10. Cannot find ./catalina.sh The file is absent or does not have execute permission This file is needed to run this program(问题解决)

    web项目没有打成包,直接放在了linux服务器上. 进入tomcat/bin目录,执行启动的时候出现如下错误: 解决方法: 在tomcat 的bin目录下 执行这条命令chmod +x *.sh   ...