输入

input.txt

ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

编码

file = open("input.txt")

output = open("trimmed.txt","w")

for dna in file:

    trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14

    trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1

    output.write(trimmed_dna)

    print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))

输出

trimmed.txt

TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列的更多相关文章

  1. 【Python小试】计算目录下所有DNA序列的Kmer并过滤

    背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Deno ...

  2. 【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

    已知 genomic_dna.txt TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATC ...

  3. fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

    高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的 ...

  4. 去除测序reads中的接头：adaptor

    之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量, ...

  5. strncmp函数——比较特定长度的字符串

    strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_ ...

  6. halcon算子之tuple_gen_const，用于生成特定长度的元组并且初始化其元素

    原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : ...

  7. Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录

    Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path usi ...

  8. Python关于去除字符串中空格的方法

    Python关于去除字符串中空格的方法 在编写程序时我们经常会遇到需要将字符串中的空格去掉的情况,通常我们可以使用下面几种解决方法: 1.strip()方法:该方法只能把字符串头和尾的空格去掉,但是不 ...

  9. python 中去除空格的方法

    python 中去除空格的方法: def trim(s): l=[] for i in s: if i!=' ': l.append(i) return ''.join(l) 其中可以使用下面的 '' ...

随机推荐

  1. UltraSoft - Beta - 测试报告

    UltraSoft - Beta - 测试报告 在测试过程中发现了多少Bug?有哪些是Beta阶段的新Bug?有哪些是Alpha阶段没有发现的Bug? 很多Bug在开发阶段就已经经过测试了,我们在Be ...

  2. 使用Mybatis的TypeHandler加解密数据

    使用Mybatis的TypeHandler加解密数据 一.背景 二.解决方案 三.需求 四.实现思路 1.编写一个实体类,凡是此实体类的数据都表示需要加解密的 2.编写一个加解密的`TypeHandl ...

  3. Noip模拟14 2021.7.13

    T1 队长快跑 本身dp就不强的小马看到这题并未反映过来是个dp(可能是跟题面太过于像那个黑题的队长快跑相似) 总之,基础dp也没搞出来,不过这题倒是启发了小马以后考试要往dp哪里想想 $dp_{i, ...

  4. linux安装后ping不通局域网其他主机的解决方式

    安装了linux后尝试进行机器间的相互通讯,发现自己虚拟机并不能查看ip地址,也不能够ping通任何一台局域网内的主机 上网查了一下发现是网卡并没有打开,需要进行如下配置 查看ls 一下/etc/sy ...

  5. python中yield的理解

    首先我要吐槽一下,看程序的过程中遇见了yield这个关键字,然后百度的时候,发现没有一个能简单的让我懂的,讲起来真TM的都是头头是道,什么参数,什么传递的,还口口声声说自己的教程是最简单的,最浅显易懂 ...

  6. 身份证归属地查询免费api接口

    描写叙述 :依据身份证编号 查询归属地信息. 调用地址: http://api.k780.com:88/? app=idcard.get&idcard=510103195309280011&a ...

  7. (转载)关于Linux C函数strtok的使用要点

    今天遇到了处理字符串的问题,比如分割问题,但是一时间想不起来什么方法,也不想手写一个类似java String中的split函数,于是百度了一下,发现了strtok这个好用的方法,以此作为总结. st ...

  8. 开发属于自己的包，并上传到npm上

    1.DIY开发包 1.1符合标准的包结构 一个规范的包,它的组成结构,必须符合以下3点要求: 包必须以单独的目录而存在 包的顶级目录下,必须包含package.json这个包管理文件 package. ...

  9. 这一篇 K8S(Kubernetes)集群部署 我觉得还可以！！！

    点赞再看,养成习惯,微信搜索[牧小农]关注我获取更多资讯,风里雨里,小农等你,很高兴能够成为你的朋友. 国内安装K8S的四种途径 Kubernetes 的安装其实并不复杂,因为Kubernetes 属 ...

  10. Java测试开发--Spring Tools Suite (STS) 简介（一）

    sts是一个定制版的Eclipse,专为Spring开发定制的,方便创建调试运行维护Spring应用. 官网下载之后,可以看到一个sts-bundle,里面有三个文件夹,一个法律信息,一个tc Ser ...